Science Gateway implementati a Catania R. Rotondo INFN Catania

Outline Funzionalità Servizi implementati nei Science Gateway Portlet Repository Pro & Contro 08/07/20112

SG Architecture Grid Engine Users Tracking DB Science GW Interface JSAGA API Job Engine Data Engine Users Track & Monit. Science GW 1 Science GW 2 Science GW 3 Grid MW Liferay Portlets eToken Server

Funzionalità 08/07/20114 CMS GRID E-learning

Science Gateway Sviluppati INDICATE Science Gateway DECIDE Science Gateway VIRALGRID Science Gateway 08/07/20115 CHAIN Science Gateway EUMEDGRID SUPPORT Science Gateway GILDA Science Gateway (v. presentazione di M. Pappalardo) RICeVI Science Gateway

DECIDE Science Gateway (obiettivi) Fornire ad una comunità di Neurologi e Medici accesso ai servizi di una e-Infrastruttura dedicata; Diagnosi istantanea e attività di ricerca relative alla demenza precoce ed altre malattie cerebrali; Condivisione dei risultati e programma di training atto a promuovere l’e-Infrastruttura di DECIDE e i suoi servizi. 08/07/20116

DECIDE service architecture 08/07/20117

DECIDE Science Gateway in depth Requisito fondamentale per il DECIDE Science Gateway è facilitare l’accesso all’e-Infrastruttura da parte di una comunità di medici più ampia possibile attraverso una collezione specifica di applicazioni. 08/07/ SG Science Gateway integrated services: 1 - Authentication 2 - Authorization 3 - Robot Certificates 4 - Applications’ GUI 5 - Data and Metadata management 6 - Grid e-Infrastructure 7 - Final report download Neurologis ts Physicians Scientists

Autenticazione e Autorizzazione 08/07/20119

Workflow per l’accesso ai Science Gateway 08/07/ register User 2.n account denied 4. login 2. y account granted 2.y 2.n 2.y store credentials 2. has to be member ? Admin

Meccanismo di autenticazione 08/07/

Autorizzazione Gli utenti, se non facenti parti di nessun Identity Provider, vengono assegnati al nostro Idp (GrIDP). Credenziali degli utenti che salvati su un server LDAP esterno al Science Gateway. Differenti gruppi sull’LDAP sono mappati con differenti Ruoli sul Science Gateway per distinguere gli utenti con differenti privilegi. A livello GRID questa distinzione viene effettuata da differenti ruoli definiti nel voms. 08/07/

Robot Certificate 08/07/ eTokenServer MyProxy Server ask for VOMS AC attributes VOMS Server store long proxy get results The Grid! ask for a service list/create request execute service get results retrieve serials/proxy

Tool “dietro” Liferay 08/07/

Gestione Dati Un repository di immagini digitali di vario formato verrà implementato a favore del servizio di diagnostica. gLibrary Secure Storage System 08/07/

Upload workflow del database dei normali 08/07/ Server with Robot SE Secure Storage Keystore Images Metadata

E-Infrastruttura 08/07/

Download risultati Gli utenti più esperti possono lanciare un’analisi sulla base dei dati già presente nel database. Terminata l’analisi i dati vengono inviati direttamente via mail all’utente. 08/07/

INDICATE e-Culture Science Gateway (obiettivi) E-Culture Science Gateway (eCSG) creato per permettere l’accesso a tre differenti archivi digitali memorizzati sull’e- Infrastruttura Grid di COMETA e di EUChina: – Archivio delle opere archeologiche ed architettoniche del Mediterraneo; – Archivio digitale delle opere letterararie di Federico De Roberto; – Archivio digitale di reliquie cinesi. Accesso alle risorse ristretto secondo lo stesso schema di autenticazione e autorizzazione sviluppato per tutti gli Science Gateway. 08/07/201119

Workflow per l’accesso ai Science Gateway login 3. create a proxy with the robot certificate User 6. get the results 4. execute action 5. get output The Grid 2. authN/authZ GRID USAGE TRACEABILITY Common NameScience Gateway User Name as stored in LDAP IP + PortIP address and TCP port used by the requester TimestampIdentify the grid operation date/time Grid InteractionGrid Interaction Identification (Job “X” submission, file upload/download). The Science Gateway MUST classify all the grid operations allowed. This value will allow to identify both applications used and operation performed. Grid IDStore the actual GRID Interaction ID (Job ID for job submission and some other relevant information for data transfer) Proxy/Robot Certificate Identify the Robot Certificate used for the Grid Operation ActiveFlag identifying if Grid Interaction is running or ended (this value is useful for limiting the job submission rate )

INDICATE e-Culture Science Gateway 08/07/ gw.consorzio- cometa.it

INDICATE e-Culture Science Gateway 08/07/201122

The GARR-IDEM Identity Federation ( 08/07/ IDEM figures: 45 IDentity Providers: – 31 in production; – 14 in test; >2,700,000 end users (as of October 2010) ; ~50% of the Italian higher education & research community e-identified students in EU

INDICATE e-Culture Science Gateway 08/07/ Roberto Barbera, COMETA Barcelona, 15/06/ «catch-all» Identity Provider Identity Federations’ discovery service

INDICATE e-Culture Science Gateway 08/07/201125

INDICATE e-Culture Science Gateway 08/07/201126

INDICATE e-Culture Science Gateway 08/07/201127

INDICATE e-Culture Science Gateway 08/07/ Thanks to the collaboration with

Portale diretto ad una comunità di scienzati la cui ricerca è basata sulla simulazione e l’analisi riguardante il campo della filogenesi computazionale. Il portale rappresentare per tali utenti il punto unico di accesso all’e-Infrastruttura GRID. Un insieme di applicazioni appartenenti al campo della filogenesi computazionale sono state identificate da alcuni ricercatori per comporre analisi filogenetiche complete e rese accessibili agli utenti del portale. Per ciascuna applicazione sarà implementato un differente servizio sul portale pe effettuare l’analisi accedendo all’e- Infrastruttura di COMETA. 08/07/201129

Analisi con Mr. Bayes 08/07/201130

Esempio di Science Gateway dove le stesso framework utilizzato per accedere ai servizi offerti da un e-Infrastruttura viene utilizzato come Content Management System. A supporto delle attività del progetto, lo Science Gateway offre la più vasta Knowledge Base di e-Infrastrutture. Le informazioni sono disponibili per quasi la metà dei paesi del mondo e sono dinamicamente raccolte e mostrate prelevando da altri database (es., EGI). 08/07/201131

Chain Knowledge Base ( geomap) 08/07/201132

Chain Knowledge Base ( geomap) 08/07/201133

Chain Knowledge Base ( geomap) 08/07/201134

The CHAIN Application Database ( 08/07/

The CHAIN Application Database ( 08/07/

Science Gateway di supporto ad un altro progetto nato per supportare la diffusione dei servizi dell’e-Infrastruttura GRID nei paesi del mediterraneo. Strumenti come l’application database, e le statistiche create tramite integrazione di Google Charts sono stati inseriti e personalizzati in questo portale. Il portale viene attualmente utilizzato come CMS ma a breve saranno integrati anche servizi GRID. Fra gli sviluppi futuri vi sarà anche la possibilità di accedere come utenti della federazione IDEM 08/07/201137

EUMEDGRID Support Science Gateway 08/07/201138

RICEVI Science Gateway Scopo dello Science Gateway è offrire un portale web di E- learning e E-collaboration per il mondo accademico. I servizi offerti riguardano la didattica, la divulgazione di contenuti in un ambiene altamente collaborativo. Anche in questo caso come per altri Science Gateway chiunque è in possesso di credenziali Idem può fare richiesta di accesso al portale ed accedere con il proprio account. 08/07/201139

Servizi offerti dal portale 08/07/201140

Portlet repository 1/6 NomeDescrizioneStatoPortalePersone di riferimento Adobe Co nnect Log in Questa portlet permette ad un utente di accedere alla propr ia area riservata di Adobe Connect Server. Requiesti: il serve r dev'essere configurato per accettare HTTP Header Authen tication; l'utente deve avere un account sul server. develop ed vi.ct.infn.it Elisa Ingrà elisa.i Advance Web Form Portlet per la creazione di web form. Completamente dinamica e configurabile al 100%, permette l'invio simultaneo di un numero di illimitato di il cui body può essere in stile linux bash. Le informazioni inserite dall'utente possono essere lette e combinate nei campi dell' . Supporta pre e post elaborazione con utilizzo dei valori inseriti nei campi. Integra le funzionalità di log su database e su file con query e formato configurabili. in produzi one, v a.ct.infn.ithttps://gild a.ct.infn.it - w.se- italy.net w.se- italy.net marco.pappalard neering.it 08/07/201141

Portlet repository 2/6 NomeDescrizioneStatoPortalePersone di riferimento Applicatio nRegistry DB La portlet esegue una query al db mysql e i risultati della query sono rappresentati in versione tabellare, e possono essere personalizzati dall'utente ordinando i record con un criterio a scelta fra le colonne; e' possibile anche visualizzare solamente i record che soddisfano una stringa di ricerca inserita dall'utente. La portlet dà la possibilità all'amministratore di personalizzare i contenuti per progetto, area geografica, e visualizzazione grafici.Tools e plugins: datatables ( jQuery UI theme in produzi one ication.eu- decide.euhttps://appl ication.eu- decide.eu - w.chain- project.eu - ications.eu medgrid.eu w.chain- project.eu ications.eu medgrid.eu Marco Fargetta ct.infn.it; Salvatore Monforte salvatore.monfor Rita Ricceri fn.it; app-stat-*Portlet generate dal template app-stat-pie_template dove *=(area,country,domain,gender,language,middleware,profil e,status); ovvero vari campi del DB delle applicazioni di EUMEDGRID-Support in produzi one ications.eu medgrid.eu / t.infn.it app-stat- pie_templ ate Template portlet to generate a google pie t.infn.it 08/07/201142

Portlet repository 3/6 NomeDescrizioneStatoPortalePersone di riferimento CHAIN Event La portlet esegue una query al db mysql e i risultati della query sono rappresentati in versione tabellare, e possono essere personalizzati dall'utente ordinando i record con un criterio a scelta fra le colonne; e' possibile anche visualizzare solamente i record che soddisfano una stringa di ricerca inserita dall'utente. Tools e plugins: datatables ( jQuery UI theme in produzi one w.chain- project.eu Salvatore Monforte salvatore.monfor Rita Ricceri fn.it CHAIN Knowledg e Base La portlet esegue una query al db mysql e i risultati sono rappresentati in 3 modalita': per Continente / Nazione (mappa by ammap), per site Grid (google map v3) e una Tabella riassuntiva ( i record possono essere personalizzati dall'utente con un criterio a scelta fra le colonne; e' possibile anche visualizzare solamente i record che soddisfano una stringa di ricerca inserita dall'utente) in produzi one w.chain- project.eu Marco Fargetta ct.infn.it; Salvatore Monforte salvatore.monfor Rita Ricceri fn.it; 08/07/201143

Portlet repository 4/6 NomeDescrizioneStatoPortalePersone di riferimento DocsView erTable La portlet esegue una query al db mysql e i risultati della query sono rappresentati in versione tabellare, e possono essere personalizzati dall'utente ordinando i record con un criterio a scelta fra le colonne; e' possibile anche visualizzare solamente i record che soddisfano una stringa di ricerca inserita dall'utente. Tools e plugins: datatables ( jQuery UI theme in produzi one Salvatore Monforte salvatore.monfor Rita Ricceri fn.it gLibrary Browser Questa portlet consente la navigazione di repository grid creati con gLibrary, con supporto all'ordinamento e al filtering dinamico, consentendo il download dei digital objects dei repository tramite la selezione delle repliche su una mappa tridimensionale della dislocazione degli storage su un'infrastruttura grid in produzi one cate- gw.consorzi o-cometa.it antonio.calanduc java- portlet- template Template di portlet generica; contiene il codice necessario per dialogare tra jsp e classe java; gestire le modalità VIEW/EDIT/HELP, gestisce le preferenze. Il codice contiene gia' il disclaimer sia su codice che su jsp (HELP) da mettere in deploy t.infn.it 08/07/201144

Portlet repository 5/6 NomeDescrizioneStatoPortalePersone di riferimento Liferay Wiki Converter Convertitore da Twiki a Liferay Wiki, completamente automatico e configurabile, modulare (estensibile a qualunque grammatica in ingresso e uscita). Implementa la mappatura completa dei tag Twiki. Non richiede la conoscenza di creole all'utilizzatore. Traduce tutti in file in un solo passo, correggendo eventuali difformità dalla grammatica di Twiki. rilasciat o, v a.ct.infn.ithttps://gild a.ct.infn.it - w.se- italy.net w.se- italy.net marco.pappalard neering.it Mister Bayes applicatio n portlet Portlet che descrive l'applicazione MisterBayes. Tramite un input form è possibile definirne i parametri d'esecuzione, file di input ed output. Sfrutta diversi componenti quali: creazione e gestione di proxy robot ; comunicazione con il WMS e sottomissione del job creato a partire dai parametri di input su infrastruttura gLite. sviluppohttps://viral grid.ct.infn.i t 08/07/201145

Portlet repository 6/6 NomeDescrizioneStatoPortalePersone di riferimento Request Account Questa portlet permette ad un utente di richiedere un account sul portale. La procedura prevede: 1.) Acquisizione dei dati tramite form web; 2.) Conferma via della registrazione; 3.) Invio di una mail all'amministrazione del portale per inserire il nuovo utente in un server LDAP. develop ed *Elisa Ingrà fn.it Secure Terminal ecure Shell portlet che permette di connettersi a qualunque server SSH da qualunque postazione in mobilità. Non necessita di installazione di SSH Client ma solo di un browser. Autenticazione supportata: login/password o certificato personale. Supporto a connessioni SFTP per file transfer protetti. in produzi one, v a.ct.infn.ithttps://gild a.ct.infn.it - w.se- italy.net w.se- italy.net marco.pappalard neering.it 08/07/ *

Conclusioni Pro: – Massimizzazione delle risorse umane per lo sviluppo; – Integrazioni di funzionalità di un CMS con funzionalità GRID; – Maggiore facilità di utilizzo per gli utenti; – Servizi disponibili ad un bacino di potenziali utenti di dimensioni enormemente più grandi di quello attuale; Contro: – Ogni portale deve essere personalizzato (layout, servizi per le applicazioni, ecc.) secondo le esigenze della comunità alla quale si riferisce 08/07/ La tecnologia che stiamo sviluppando permetterà un rapido sviluppo di nuovi portali per diverse esigenze.

References Science Gateway URL: – – – – – – /07/201148