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课外作业 —— 第二章( ) 第一组:氨氧化作用、氨氧化细菌、氨氧化古菌 第二组:硫氧化作用、硫氧化细菌 第三组:甲烷厌氧氧化作用,甲烷厌氧氧化古菌 第四组:碱性磷酸酶、富营养化作用 第五组:土壤生物修复 第六组: DNA 测序技术 第七组:宏基因组学
是什么? 什么时候谁提出来的? 有什么作用? 目前国内外研究进展? 意义?
课外作业 —— 第三章( ) 第一组:氨氧化作用( ammonia oxidation )、氨氧化细菌( ammonia-oxidizing bacteria )、氨氧化古菌( ammonia-oxidizing archaea ) 第二组:硫氧化作用( sulfur oxidation ) 、硫氧化细菌( sulfur-oxidizing bacteria ) 第三组:甲烷厌氧氧化作用( anaerobic oxidation of methane ) ,甲烷厌氧氧化 古菌( anaerobic methanotrophs ) 第四组:碱性磷酸酶( alkaline phosphatase ) 、富营养化作用( eutrophication ) 第五组:土壤生物修复( soil bioremediation ) 第六组: DNA 测序技术( DNA sequencing technology ) 第七组:宏基因组学( metagenomics )
1.Lund MB, Smith JM, Francis CA. Diversity, abundance and expression of nitrite reductase (nirK)-like genes in marine thaumarchaea. ISME Journal 2012, 6:
大作业 1 —— ( ) 第一组:氨氧化作用、氨氧化细菌、氨氧化古菌 第二组:硫氧化作用、硫氧化细菌 第三组:甲烷厌氧氧化作用,甲烷厌氧氧化古菌 第四组:碱性磷酸酶、富营养化作用 第五组:土壤生物修复 第六组: DNA 测序技术 第七组:宏基因组学
课外作业 —— 第四章( ) 第一组:氨氧化古菌氨氮加氧酶基因 第二组:硫氧化细菌硫氧化酶基因 第三组:甲烷厌氧氧化古菌甲烷单加氧酶基因 第四组:碱性磷酸酶基因 第五组:氨氧化细菌氨氮加氧酶酶基因 第六组:反硝化酶基因 第七组:亚硫酸盐还原酶基因 检索并得到上述序列的 FASTA 格式
FASTA 格式
大作业 2 —— ( ) 对给定的序列进行 blast 分析,判断其来源及其最相似的序列。选取 5 条最相似的序列(已知菌的,不是 uncultured ),一起构建系统发育 进化树。作业需提交的内容: 1 )给定的序列与数据库中哪条(些)序列最相似,其核苷酸序列相 似性是多少,如果是功能基因,那么蛋白质序列相似性是多少; 2 )给定序列与 5 条序列 FASTA 格式的序列列表; 3 )给定的序列与 5 条已知菌的序列的系统发育进化树。
>Nitrososphaera sp. EN76 (CBY )TCCTTCCCCTACACGCCCGTAGCACACCCGCGCTGGCAGACGCCGGACTGGAGCTTCGGC ATCCGCGACGAAGACATGCAGCAGGCGGTGGACGCCGCGCGCGGCGAGGGCGCGCAGGTGGTGGTCG TGCTGTCGCACAACGGCATGGATGTCGACCTGAAGATGGCCAGCCGCGTCACCGGCATCGACGCCATCT TCGGCGGCCACACCCACGACGGCATGCCTGCGCCCACCATCGTCGACAACGCCGGTGGCAAGACCCTG GTGACCAACGCCGGCTCCAACGGCAAGTTCCTCGGCGTGATGGACTTCGAGGTCAGGGACGGCAAGGT GGCGGATTTCCGCTACAAGCTGCTGCCGGTGTTCTCCAACCTGCTGCCGGCCGACCCGGAGATGGCCGC CTTCATCGACAGGACGCGTGCGCCCTTCCTCGACAAGCTCACCGAGAAGCTCGCCGTCACCGAGGGCCT GCTGTACCGCCGCGGCAACTTCACCGGCACCTGGGACCAA >Nitrososphaera gargensis Ga9.2 (YP_ )TCCTTCCCCTACACGCCCGTCGCAAACCCGCGCTACATGGTCAAGGACTGGGAATTCG GCATCCAGGACGAGAACATGCAGAAGATGGTCGACGAGGCCCGCGCCAAGGGCGCGCAGGTCGTCGTC GTCGTCAGCCACAACGGCATGGACGTGGACCTGAAGATGGCCAGCCGCGTCACCGGCATCGACGCCAT CTTCGGCGGCCACACCCACGACGGCATGCCTGCGCCCACCATCGTCGACAACGCCGGTGGCAAGACCC TGGTGACCAACGCCGGCTCCAACGGCAAGTTCCTCGGCGTGATGGACTTCGAGGTCAGGGACGGCAAG GTGGCGGATTTCCGCTACAAGCTGCTGCCGGTGTTCTCCAACCTGCTGCCGGCCGACCCGGAGATGGCC GCCTTCATCGACAGGACGCGTGCGCCCTTCCTCGACAAACTCACCGAGAAGCTCGCCGTCACCGAGGG CCTGCTGTACCGCCGCGGCAACTTTGACGGCACCTGGGACCAAA >Nitrosoarchaeum limnia SFB1 (WP_ )TCCTTCCCCTACACGCCCATAGCTCACCCGGCCTGGATGACCGAGGGCTGGTCCATCG GCATCCGTGACGAGGAAATGCAGGAAGTGGTCGACCAGGCCCGCGGCGAAGGCGCCCAGGCCGTGATC GTGCTGTCCCACAACAGCATGGACGTGGACCTGAAGATGGCCTCCCGCGTGCGCGGCATCGACGCCATC ATGGGCGGCCACACCCACGACGCCGTTCCGTACCCGACCCTGGTCAAGAACAGCGGCGGCCAGACCCT GGTCTGCAACGCCGGTTCCAACAGCAAGTACCTCGGCGTGCTGGACCTGGACGTCAAGGGCAACAAGG TTGCCGGCTTCAAGTACCGTCTGCTCCCGGTCTTCTCGAATTTCATCGAGGCCGACAAGGAGATGGAAG CCCTGCTGGAGAAGCTGCACAAGCAGACCATCCGCTTCCAGGGCAAGGAGTTCGTGGCTGAAGATCGC CTGAACAAGGTACTCGCCAAGAACGACGTTACCCTGTATCGCCGCGGAAACTTCAACGGCACCTGGGAC CAA
> Nitrososphaera sp. EN76 SFPYTPVAHPRWQTPDWSFGIRDEDMQQAVDAARGEGAQVVVVLSHNGMDVDLKMASRVT GIDAIFGGHTHDGMPAPTIVDNAGGKTLVTNAGSNGKFLGVMDFEVRDGKVADFRYKLLPVF SNLLPADPEMAAFIDRTRAPFLDKLTEKLAVTEGLLYRRGNFTGTWDQ >Nitrososphaera gargensis Ga9.2 SFPYTPVANPRYMVKDWEFGIQDENMQKMVDEARAKGAQVVVVVSHNGMDVDLKMASRV TGIDAIFGGHTHDGMPAPTIVDNAGGKTLVTNAGSNGKFLGVMDFEVRDGKVADFRYKLLPV FSNLLPADPEMAAFIDRTRAPFLDKLTEKLAVTEGLLYRRGNFDGTWDQ >Nitrosoarchaeum limnia SFB1 SFPYTPIAHPAWMTEGWSIGIRDEEMQEVVDQARGEGAQAVIVLSHNSMDVDLKMASRVRGI DAIMGGHTHDAVPYPTLVKNSGGQTLVCNAGSNSKYLGVLDLDVKGNKVAGFKYRLLPVFS NFIEADKEMEALLEKLHKQTIRFQGKEFVAEDRLNKVLAKNDVTLYRRGNFNGTWDQ >Nitrosopumilus maritimus (ADJ ) SFPYTPVAHPRWMVPDWSFGIRDDGMQKWVDDARANGAQVVVVLSHNGMDVDLKMASRV TGIDAIFGGHTHDGVPQPVQVKNAKGVTLVTNAGSNGKFLGVLDFEVRGKRVASYKYRLLPV FSNLLPADKDMDAFIKTVRAPYEPKLNETLAVTDDFLYRRGNFAGTWDQ >archaeon SJ (AFN ) SFPYTPVANPRWQTPDWSFGIQDENMQKMVDEARAKGAQVVVVVSHNGMDVDLKMASRVR GIDAIMGGHTHDGMPVASVVKNAGGQTLVANAGSNGKFLGVLDFDVKNGKVADYRYKLLPA FANMLPADKDMDSLISKIRAPYEAKLSEQLAVTEGLLYRRENFTGTWTK
>team 1 GAGCTTGCTCCTGGTGGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATGCGTCGGAACGTACCGAGTA ATGGGGGATAACGCAGCGAAAGCTNTGCTAATACCGCATACGNCCTGAGGGGGAAAGTGG GGGATCGCAAGACCTCACGTTATTCGAGCGGCCGACGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTA ATGGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCGGGTCTGAGAGGATGATCCGCCACACTGGAAC TGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGGGCA ACCCTGATCCAGCCATTCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCTCTTTCAGC TGGAACGAAACGGTACGCTCTAACATAGCGTGCTAATGACGGTACCGGCAGAAGAAGCAC CGGCTAACTACGTGCCAGCAGCGGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTAC TGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGATTGTTAAGCAAGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCT GGGAATGGCATTTTGAACTGGCAGTCTAGAGTGCGTCAGGAGGGGGGTGGAATTCCACGT GTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGGAACACCAATGGCGAAGGCAGCCCCCTGGG ATGACACTGACGCTCATGTACGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT CCAVGCCCTAAACGATGTCAACTGGTTGRGGGGGGAGTGAAATCCCTTAGTAACGAASTAA CSCGTGAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAGATTAAACTCAAAGGAATTGACGGG GACCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAACCTTACCTACC CTTGACATGTCCGGAATCCTGCAGAGATGCGGGAGTGCTCGAAAGAGAACCGGAACACAG GTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCG CAACCCTTATCATTAGTTSTACGCAAGGGCACTCTAATGAGACTGCCGGTGACAAACCGGA GGAAGGTGGGGATGACGTNAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGTAGGGCTTCACACGTCATAC AATGGTCGGTACAGAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGGAGCCAATCCCAGAAAGCCGATCG TAGTCCGGATTGTTCTCTGCAACTCGAGAGCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGAT CAGCATGTCGCGGTGAATACGTT
>team 2 AGTCGAACGGCAGCACGAGAGAGCTTGCTCTCTTGGTGGCGAGTGGCGGACGGGTGAGTA ATATATCGGAACGTGCCCAGTAGCGGGGGATAACTACTCGAAAGAGTGGCTAATACCGCAT ACGCCCTACGGGGGAAAGGGGGGGATCGCAAGACCTCTCACTATTGGAGCGGCCGATATC GGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCTCACCAAGGCAACGATCCGTAGCTGGTTTGAGA GGACGACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTG GGGAATTTTGGACAATGGGGGAAACCCTGATCCAGCCATCCCGCGTGTATGATGAAGGCCT TCGGGTTGTAAAGTACTTTTGGCAGAGAAGAAAAGGCATCCCCTAATACGGGATGCTGCTG ACGGTATCTGCAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGG TGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGTGTAGGCGGTTCGGAAAGAAAGA TGTGAAATCCCAGGGCTCAACCTTGGTACTGCATTTTTAACTGCCGAGCTAGAGTATGTCAG AGGGGGGTAGAATTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGTGGAGGAATACCGATGG CGAAGGCAGCCCCCTGGGATAATACTGACGCTCAGACACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAG GATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGTCAACTAGCTGTTGGGGCCGTTAGG CCTTAGTAGCGCAGCTAACGCGTGAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAA AACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGATTAATTCGATGCA ACGCGAAAAACCTTACCTACCCTTGACATGTCTGGAATGCCGAAGAGATTTGGCAGTGCTC GCAAGAGAACCGGAACACAGGTGCTTCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATG AGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTAT GGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGGTCGGGACAGAGGGTCGCCAACCCGCGAGGGGG AGCCAATCTCAGAAACCCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGT CGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACA CACCGCCCGTCACACCAT
>team 3 SSCFGPAYEFAFIMDADLRKRRIRSKVPMTYVTAEPYIGHLGLGGVGDSKSMLESELRQHHIK WICNAKVMRVEPDKMFVAEHNEQGEVIKEHELPFKYSMLIPGFKGVDAVAKAGEKLVNPRGF VKVDEFQRNPAWHNIYSLGVCIAIPPLEATPVPTGMPKTGYMIESME
>team 4 SFPYTPVAHPRWQTPDWSFGIRDEDMQQAVDAARGEGAQVVVVLSHNGMDVDLKMASRVT GIDAIFGGHTHDGMPAPTIVDNAGGKTLVTNAGSNGKFLGVMDFEVRDGKVADFRYKLLPVF SNLLPADPEMAAFIDRTRAPFLDKLTEKLAVTEGLLYRRGNFTGTWDQ
>team 5 AGTCGAACGGGCGTAGCATACGTCAGTGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAACGTACC TTTTGGTTCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATACCGGATAAGCCCTTACGGGGAAA GATTTATCGCCGAAAGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCCCACC AAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGG CCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAAGCCTGATCC AGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTTTTGTGCGGGAAGATA ATGACGGTACCGCAAGAATAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAA GGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGGTTTCTAAGTC AGAGGTGAAAGCCTGGAGCTCAACTCGAGAACTGCCTTTGATACTGGAAGTCTTGAGTAT GGCAGAGGTGAGTGGAACTGCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACAC CAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGGCCATTACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAG CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCCAGCCGTTAGTGG GTTTACTCACTAGTGGCGCAGCTAACGCTTTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAA GATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATT CGACGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATGTCCAGGACCGGTCGCAGAGATGT G
>team 6 HVFTCHWEATYGKERMLQGIKDLESSTNLEFVAQNIRDFDFEDYVFKPYSMREQNGVKIAIIG KVFPYTPIANPRWMTEGWTFGIDEDNMQHVVNKARSEGAEVVVVLSHNGMDVDIKMASRV TGIDVIFGGHTHDTTPVPTIVKNKSGQTIVTNAGTNSLYLGVMDLEVKGGKVKGFKYNLLPVF SDFIEPDKEMAAYLEKSHNQDVTFDGKTFNAGKRLKEVVATNDALLYRRGNFTGTWDQLICE ALIDENDAQISFSPGVRWGTSLIPGEPITYEDMMTECALTYPNVTRNEFTGKQIKGILEDVCDN LSSKDP
>team 7 AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGC GGTTGAGGGTAGCTTGCTACCTGATGCAGCGGCGAACGGGTGAGTAATGCATGGGAATCTG CCTGGTAGTGGGGGACAACGTCTCGAAAGGGACGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGG AAAGGGGGGGATCTTCGGACCTCCTGCTATCAGATGAGCCCATGTCAGATTAGCTTGTTGG TGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGACGATCTGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACA CTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAAT GGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCA CTTTCAGTGGGGAGAAAGGCCTTTTGCCTAATACGCAAGAGGATTGATGTTACCCACAGAA GAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATC GGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGTGGTTTGTTAAGCTAGCTGTGAAATCCCCGGG CTCAACCTGGGCACTGCAGTTAGAACTGGCAAGCTAGAGTAGGGTAGAGGGGTGTGGAAT TCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCTGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGACAC CCTGGACTCATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTAGCCGTTGGGAGCCTTGAGCTCTTAGTGGCG CAGCTAACGCACTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGA ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAA CCTTACCAGGTCTTGACATCTAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCT AAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTA ACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTGCCAGCGCGTAATGGCGGGAACTCTAAGGAGACTG CCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCTG GGCTACACACGTGCTACAATGGGCGGTACAAAGGGTTGCCAAACCGCGAGGTGGAGCTAA TCCCATAAAACCGTTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAAT CGCTAGTAATCGCAAATCAGAACGTTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGC CCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGCTAGTCTAACCGCAAGGGGGACGG TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA