Hľadanie motívov v reťazcoch DNA Róbert Cuprik Vedúci práce: Návrat Pavol, prof. Ing. PhD.
DNA motív Krátky podreťazec Normálne 5 – 20 bázových párov (bp) Opakuje sa v rôznych génoch alebo v rámci génu Mutácie – insertion/deletion/substitution
DNA motív Mutácie – insertion/deletion/substitution
DNA motív
DNA motív
DNA motív
Rojová inteligencia Multiagentový systém Nie je riadený centrálne Agent alebo jeho poloha predstavuje jedno možné riešenie problému Agenti interagujú a menia svoj stav
MOABC Comparing multiobjective swarm intelligence metaheuristics for DNA motif discovery ́ David L. Gonzalez-Alvarez n, Miguel A. Vega-Rodrıguez, Juan A. Gomez-Pulido, Juan M. Sanchez-Perez
MOABC Opposition based lévy flight artificial bee colony Harish Sharma · Jagdish Chand Bansal · K. V. Arya
MOABC Objectives : Constraints : Length of motif Support Similiarity Motif length 7 - 64 Minimum Support value Complexity Comparing multiobjective swarm intelligence metaheuristics for DNA motif discovery ́ David L. Gonzalez-Alvarez n, Miguel A. Vega-Rodrıguez, Juan A. Gomez-Pulido, Juan M. Sanchez-Perez
MOABC Comparing multiobjective swarm intelligence metaheuristics for DNA motif discovery ́ David L. Gonzalez-Alvarez n, Miguel A. Vega-Rodrıguez, Juan A. Gomez-Pulido, Juan M. Sanchez-Perez
MOABC Objectives : Constraints : Length of motif – dané zdrojom potravy Support – v koľkých sekvenciách sa nachádza Similiarity – z PFM Constraints : Motif length 7 - 64 Minimum Support value Complexity Comparing multiobjective swarm intelligence metaheuristics for DNA motif discovery ́ David L. Gonzalez-Alvarez n, Miguel A. Vega-Rodrıguez, Juan A. Gomez-Pulido, Juan M. Sanchez-Perez
Dominancia v1 = (0.9, 0.8, 0.9) v2 = (0.8, 0.9, 0.8) v3 = (0.5, 0.5, 0.5) v1 > v3 v2 > v3 2*0.9 + 0.8 > 2*0.8 + 0.9
MOABC
MOABC Opposition based lévy flight artificial bee colony Harish Sharma · Jagdish Chand Bansal · K. V. Arya
OBOM Vyrobíme op včely Zoradíme ich spolu s originálmi Vrátime n najlepších
Evaluácia http://bio.cs.washington.edu/assessment/ Human, mouse, fly, yeast Real Generic Markov chain
Ďakujem za pozornosť