Analiza cenzuriranih podataka i krivulje preživljenja PDDS Biologija novotvorina Analiza medicinskih podataka, akad.g. 2006./2008. Analiza cenzuriranih podataka i krivulje preživljenja Ivica Lukšić, Mladen Petrovečki Klinika za kirurgiju čeljusti i lica, Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu Katedra za medicinsku informatiku, Medicinski fakultet Sveučilišta u Rijeci Klinička bolnica Dubrava, Zagreb

probrano za objavu na mrežnim stranicama

Analiza preživljenja temeljni pojmovi izračun vjerojatnosti preživljenja tablice preživljenja Kaplan-Meierov postupak rizik umiranja programska potpora usporedba podataka o preživljenju statističko zaključivanje regresijska analiza cenzuriranih podataka

Svako istraživanje u kliničkoj onkologiji je studija o preživljenju!! Analiza preživljenja satističke metode kojima se prikazuju podaci o preživljenju podaci iz laboratorijskih ispitivanja na životinjama ili kliničkih i epidemioloških studija podaci o preživljenju mogu se odnositi na akutne ili kronične bolesti Svako istraživanje u kliničkoj onkologiji je studija o preživljenju!!

Prvo kliničko istraživanje James Lind 1747. prvo kliničko istraživanje u povijesti medicine: 12 mornara oboljelih od skorbuta u 6 skupina: 1 – jabučni ocat 2 – ulje vitriola (sumporna kiselina) 3 – vinski ocat 4 – morska voda 5 – 2 naranče i 1 limun 6 – ječam začinjen mirodijama

Prvo kliničko istraživanje James Lind 1747. prvo kliničko istraživanje u povijesti medicine: 12 mornara oboljelih od skorbuta u 6 skupina: 1 – jabučni ocat - poboljšanje 2 – ulje vitriola (sumporna kiselina) 3 – vinski ocat 4 – morska voda 5 – 2 naranče i 1 limun - izlječenje za 6 dana!! 6 – ječam začinjen mirodijama kiseline spriječavaju truljenje tkiva (vitamini još nepoznati) agrumi preveniraju skorbut

Obrada podataka o preživljenju analiza preživljenja (survival analysis) ponekad analiza tablica preživljenja analiza osiguravateljskih (aktuarskih) podataka (actuarial analysis)

Aktuarske tablice preživljenja (tablice smrtnosti)

Analiza preživljenja analiza podataka vezanih uz vremensko praćenje događaja dvije točke praćenja: početak (P) (time origin) kraj (K) (end point) P K vrijeme praćenja (follow-up) vrijeme

Početak praćenja rođenje pojava znaka bolesti postavljanje dijagnoze početak liječenja dan operacije P K vrijeme praćenja vrijeme

Kraj praćenja smrt od osnovne bolesti smrt (svi ostali uzroci) ponovno javljanje bolesti postizanje učinka liječenja gubitak iz uzorka (ispitne skupine) P K vrijeme praćenja vrijeme

Vrijeme praćenja raspodjela u pravilu nije simetrična podaci su nepotpuni, praćenje je nepotpuno, “cenzurirano” (censored data) vrijeme praćenja je varijabla precizno određena svojim početkom i točno definiranim krajem (početak istraživanja, datum operacije ili sl. do točno definiranog kraja perioda istraživanja)

Vrijeme praćenja podaci za primjere: istraživanje karcinoma usne šupljine, Klinika za kirurgiju čeljusti i lica KB Dubrava, Zagreb n = 52; 1. siječnja 2000. – 31. prosinca 2004. reprezentativni probrani uzorak dio populacije tog razdoblja prva dg. karcinoma, bez regionalnih metastaza, itd.

Vrijeme praćenja raspodjela u pravilu nije simetrična

Vrijeme praćenja potpuni podaci (potpuno praćenje) P1 K1 P2 K2 vrijeme vrijeme istraživanja

Vrijeme praćenja podaci su nepotpuni, praćenje je nepotpuno, “cenzurirano” cenzurirano vrijeme praćenja = jedinka tijekom praćenja ne dostiže očekivani događaj P1 K1 P2 K2 vrijeme vrijeme istraživanja

Vrijeme praćenja podaci su nepotpuni, praćenje je nepotpuno, “cenzurirano” cenzurirano vrijeme praćenja = jedinka tijekom praćenja ne dostiže očekivani događaj P1 K1 P2 gubitak (K2 = ?) vrijeme vrijeme istraživanja

Cenzuriranje događaj se ostvaruje = 1 sve ostalo = 0 (cenzurirani podaci) kraj istraživanja (end of the study) gubitak iz praćenja (lost to follow-up) ostali događaji

“Izgubljen iz praćenja” Figure 3. Outcome The mean length of survival for our patients was 7 months. Patient 3 was lost to follow up.

Cenzuriranje: bolesnici s postavljenom dijagnozom (P) u zadanih pet godina P1 K1 1 X P2 K2 P3 P4 ??? (gubitak) P5 smrt ≠ K5 vrijeme 1. siječnja 00. vrijeme istraživanja 31. prosinca 04.

Cenzuriranje: bolesnici liječeni u zadanom petogodišnjem razdoblju P1 K1 1 P2 K2 P3 P4 ??? (gubitak) P5 smrt ≠ K5 vrijeme 1. siječnja 00. vrijeme istraživanja 31. prosinca 04.

Cenzuriranje: bolesnici liječeni u zadanom petogodišnjem razdoblju danas P1 K1 1 P2 K2 P3 kraj istraživanja P4 gubitak P5 ostalo vrijeme vrijeme praćenja bolesnika (patient time)

Cenzuriranje nije lijevo neinformativno (non informative) desno (right censoring) nije lijevo nije intervalno neinformativno (non informative) nije “informativno” vrijeme preživljenja neke jedinke neovisno je od svakog mogućeg mehanizma koji može uzrokovati da ista jedinka bude cenzurirana (npr. cenzuriranje bolesnika s pogoršanjem zdravstvenog stanja)

Zaključak: podaci o preživljenju vjerojatnost preživljenja S(t) rizik umiranja H(t) = - log S(t)

Izračunavanje preživljenja neparametrijski postupci Cutler - Edererov postupak (tablice preživljenja) Kaplan - Meireov postupak parametrijski

Tablice preživljenja osiguravateljske tablice tablice smrtnosti

Kako do preživljenja? upis podataka preuređenje podataka izračun podataka

Kaplan-Meierov postupak nema zadane intervale praćenja vjerojatnost preživljenja se izračunava za svakog bolesnika koji umre cenzurirani ispitanici nisu dio izračunavanja vjerojatnosti dugotrajno izračunavanje kod velikih skupina ispitanika

Preživljenje generalno: preživljenje (survival) praćenje početak smrt od osnovne bolesti posebno: preživljenje bez znakova bolesti (disease-free survival - DFS) relaps bolesti ili smrt od osnovne bolesti

Literatura External links The International Biometric Society BIOREL resource for quantitative estimation of the gene network bias in relation to available database information The American Statistical Association The Royal Statistical Society The Collection of Biostatistics Research Archive The American Association of Schools of Public Health Journals Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology Statistics in Medicine The International Journal of Biostatistics Journal of Biopharmaceutical Statistics Biostatistics Biometrics Biometrika Biometrical Journal Retrieved from "http://en.wikipedia.org/wiki/Biostatistics" Take Out