Lehninger Principles of Biochemistry David L. Nelson and Michael M. Cox Lehninger Principles of Biochemistry Fourth Edition Part II: Bioenergetics and Metabolism Copyright © 2004 by W. H. Freeman & Company

Hringrás kolefnis í náttúrunni

Hringrás niturs í náttúrunni

Orka, niðurbrot og nýsmíð

Efnaskiptaferli Flest efnaskiptaferli eru ógagnhverf Ferli niðurbrots og nýsmíðar eru ólík Ferlin hafa skuldbindingarskref (committed steps) sem eru ógagnhverf stýriskref Ferlunum er stýrt Ferlin eru staðsett í ólíkum frumuhlutum

Nafngiftir og flokkun ensíma Oftast eru ensím kennd með stuttnefnum við hvörfin sem þau hvetja (alkóhóldehýdrógenasi) eða þau hafa eldri, hefðbundin nöfn (pepsín) Reynið að tengja saman efnahvörfin sem ensím hvetur og nafn þess Ensímum er skipt í sex flokka og þau bera flókin, kerfisbundin nöfn Oxídóredúktasar Transferasar Hýdrólasar Lýasar (sýnþasar) Ísómerasar Lígasar (sýnþetasar)

Efnaskiptaferli stefna saman (a), greinast (b), eru hringlaga (c)

Einnig má flokka ensímhvött efnahvörf með öðrum hætti Oxun/afoxun Tengi rofin milli kolefnisatóma Brottnám, ísómerisering Flutningur hópa Stakeindahvörf (free radical reactions)

Rof tengja milli kolefnisatóma

Oxunarstig lífrænna sameinda

Oxunar- og afoxunarhvörf

Myndun og rof C-C tengja

Flutningur hópa

Brottnám og álagning vatns

Ísómerisering - hverfun

Resonansmyndir fosfats - vok

Resonansmyndir fosfats 2

Flutningur fosfathóps frá ATP á glúkósa

Pentakóvalent millistig myndast

Hvarfagangar í lífefnafræði og lífrænni efnafræði Oftast eru ensímhvattir hvarfagangar svipaðir og í lífrænni efnafræði Nokkrir hvarfagangar verða teknar sérstaklega fyrir Þekking á hvarfagöngum ensíma nýtist við hönnun lyfja eða í erfðatækni Hvarfagangur serínpróteinasa er gott dæmi Fjölmargir aðrir hýdrólasar hafa svipaðan hvarfagang (esterasar, lípasar)

Nokkrir áhugaverðir hvarfagangar í efnaskiptaferlum Glýkólýsa; Fosfóglúkóísómerasi, fosfóglýserómútasi Þessir hvarfagangar koma endurtekið fyrir í öðrum ferlum Glýseraldehýð-3-fosfatdehýdrógenasi Sítrónusýruhringur Pýrúvatdehýdrógenasakomplex og alfaketóglútaratdehýdrógenasakomplex (berið saman við glýseraldehýð-3-fosfatdehýdrógenasa)

Nokkrir áhugaverðir hvarfagangar í efnaskiptaferlum 2 Meginatriði ATP-sýnþasa Virkjun fitusýra og lípasar Sýklóoxýgenasi Transamination (lauslega) MeþýlmalónýlCoA-mútasi (lauslega) Ríbónúkleotíðaredúktasi (lauslega) Í báðum hvarfagöngum koma stakeindir (free radicals) fyrir sem millistig Samanburður á skrefum í sítrónusýruhring og oxun fitusýra Samanburður á skrefum í sítrónusýruhring og þvagefnishring