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序列分析工具:MDDLogo 961506 謝勝任 961524 林宗慶指導教授:李宗夷教授

動機現今生物序列不斷被解碼，我們可以在各個生物資料庫中抓到序列資訊,但生物序列資料量龐大，我們應先將其做簡易分群，方便後續觀查。

目的使用一種統計方式來將序列分群，並以網頁方式呈現，使用者亦可下載source code使用。

使用工具 1.Weblogo 2.CHI-square

使用工具(1) Weblogo ：一個將序列圖像化的網站，用其呈現分類後的　樹狀圖，方便使用　者觀查分類後序列　群的特性。

使用工具(2) CHI-square公式: fi=觀察次數 ei=期望次數

使用工具(2)

分析流程 Step1:選擇分類特性，將各特性做成集合。 Step2:輸入序列長度、Central Position、Cluster Size。 Step3:輸入計算特徵分數方法(1.出現次數2.CHI-square)。 Step4:讀入FASTA格式的序列資料。 Step5:將序列依特性做CHI-square 計算，並得到序列各個位置的分數。 Step6:在最高分的位置上，依選擇的特徵計算方式找出特徵集合。 Step7:將找出的位置和特徵集合當作分類依據來分類。 Step8:將分類後的序列儲存。 Step9:重覆step4~Step8 直到序列數量小於Cluster Size。 Step10:程式結束。

分析流程圖

研究結果分群內容序列分類樹狀圖

網址 http://140.138.150.149/~s961524/MDD/create.php