Блок 3. Семейства белков I. Множественное выравнивание Первый курс, весна 2008, А.Б.Рахманинова.

Slides:

Advertisements

Similar presentations

МОДНЫЙ ДЕСАНТ от GLANCE Комендантский. Что такое «Модный Десант»? -Это специальная акция магазина дизайнерской женской одежды GLANCE Комендантский -Это.

Advertisements

ЗАРЯДКА НА АНГЛИЙСКОМ ЯЗЫКЕ.  Зарядка на уроке английского языка может стать самым любимым и веселым занятием для детей, при том, что она проходит исключительно.

Филогенетические деревья Что это такое Общий план действий Программы, которые строят деревья The time will come, I believe, though I shall not live to.

Деревья (trees) «…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными.

Работа выполнена учителем физики Паниной О. В. Руководитель:

IV семестр «Функция и эволюция» БЛОК 1 «Эволюция» – 4 занятия Молекулярная филогенетика. Задачи и подходы. Лекция- семинар, (АБР) Реконструкция.

Автоматическая генерация кода программ с явным выделением состояний Канжелев С.Ю. магистрант СПбГУ ИТМО Шалыто А.А. доктор технических наук профессор СПбГУ.

Системы отбора. Условные обозначения (1) (2) (3) (4) (5) (6) (7) Математическое моделирование процессов отбора2.

 Максимум информации, которую мы можем получить из современных сайтов кулинарных рецептов, это список ингредиентов и руководство по приготовлению  Но.

Савенко Мария Олеговна, 361 группа Научный руководитель: старший преподаватель В.С.Полозов.

Некомпенсаторное агрегирование и рейтингование студентов Авторы: Гончаров Алексей Александрович, Чистяков Вячеслав Васильевич. НФ ГУ ВШЭ 2010 год.

Всевоволод Головизнин, MVC – паттерн проектирование, в котором бизнес - логика, управляющая логика и интерфейс разделены на три отдельных компонента.

Bank ownership and lending behavior Alejandro Micco, Ugo Panizza Politicians and banks: Political influences on government-owned banks in emerging markets.

АВДАШЕВА СВЕТЛАНА КАФЕДРА ЭКОНОМИЧЕСКОГО АНАЛИЗА ОРГАНИЗАЦИЙ И РЫНКОВ 2011/2012 УЧЕБНЫЙ ГОД Теория отраслевых рынков (по выбору для 3 курса факультета.

Учитель математики Кулакова Т.М. МОУ ООШ №15 г.о Новокуйбышевск Самарской области Сентябрь 2011г.

Что называют химической реакцией? ? Перечислите условия протекания химических реакций. ?

Что за хулиган толкает пассажиров автобуса то вперед, то назад? Этот хулиган, вернее, хулиганка -

Приложение 3.1. (3.30) (П3.1.-1) (П3.1.-2) (П3.1.-3) (П3.1.-4) (3.31)

Функции IV. Биоинформатические ресурсы для работы с мембранными белками А.Б.Рахманинова (3 и 4 апреля 2007г.)

Анализ аминокислотной последовательности: паттерны, домены, семейства … или что, где и как искать?

BLAST Что такое выравнивание Выравнивание 2х последовательностей

Основы цифровой обработки речевых сигналов. Общая схема процесса речеобразования x[n] – дискретные отсчеты сигнала возбуждения y[n] – дискретные отсчеты.

Growing Neural Gas Method Нейросетевой метод построения неструктурированных адаптивных сеток.

Apache Harmony или как сделать курсовую работу в рамках этого проекта Фурсов Михаил.

Программа построения институционального партнерства Тасис (IBPP) “УКРЕПЛЕНИЕ КУЛЬТУРЫ ПРАВ ЖЕНЩИН В КАЗАХСТАНЕ” В КАЗАХСТАНЕ” ИНТЕГРИРОВАННЫЙ ПРОЕКТ ПО.

Структура белка Как предсказать вторичную структуру белка? Как найти и анализировать пространственную структуру, если она известна? Что можно делать, если.

 Нужно много различных протоколов связи  Каждый из них может реализовываться на разных платформах Современные сети Много устройств, компьютеров и сетей.

Снегурочка «Здравствуйте, ребята! Пишет вам Снегурочка. Мне бы хотелось рассказать, как вы можете стать волшебни- ками. Это совсем нетрудно, просто нужно.

Деревья (trees) «…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными.

Почему, на Ваш взгляд, в роли рационирующего субъекта как правило выступает коллективный орган?

"The European Molecular Biology Open Software Suite"

Формантный синтезатор речи. Часть 1. Полюсы и нули – иное понимание Полюс – это пара чисел (B, F), B – ширина форманты, F – частота форманты Нуль – это.

Оптимизация Just – in - time компилятора методом профилирования значений Соколов Андрей Владимирович, ФФ НГУ, 3 курс, Руководитель:

Множественные выравнивания как метод исследования Материалы к занятиям IV блока курса биоинформатики, 2006 А.Б.Рахманинова.

Множественные выравнивания Зачем все это нужно? Глобальные множественные выравнивания – основы алгоритма, программы Где искать на Web? Можно ли редактировать.

Д.А. Равчеев (14 апреля 2009 г.) Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр Функции Трансмембранные белки.

Симулятор квантовых вычислений Выполнил: Гедерцев А.С. Руководитель, д.ф.-м.н., профессор: Граничин О.Н.

Алгоритмы биоинформатики ФББ 2004 г., осенний семестр, 3-й курс. Миронов Андрей Александрович.

Ряды и произведения sum(expr, n=a..b), где expr – выражение, зависящее от индекса суммирования, a..b – пределы индекса суммирования, Если требуется вычислить.

Вычисление типов в императивных динамически типизированных языках. Михаил Калугин, студент 3 курса ММФ Научные руководители: Игорь Николаевич Скопин Андрей.

Кураева Екатерина Анатольевна, заместитель директора по УВР, учитель математики сш № 29.

Реализация XPath над S-выражениями 2007 Миленин Евгений, гр. 544 Кафедра Системного Программирования Математико-Механический ф-т, СПбГУ Научный руководитель:

Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация выполнена вручную группой профессиональных.

Поиск оптимального набора значений опций компиляции Студент: Чирцов Артём, ФИТ/IV Руководитель: Илья Чёрный

Чем объясняется факт существования во многих странах мира практики обязательного медицинского страхования?

Применение генетических алгоритмов к генерации тестов для автоматных программ Законов Андрей Юрьевич Научный руководитель: Степанов Олег Георгиевич, к.т.н.,

ТЕОРИЯ И ПРАКТИКА МНОГОПОТОЧНОГО ПРОГРАММИРОВАНИЯ Тема 5 Некоторые понятия, используемые при разработке параллельных программ Д. ф.- м. н., профессор А.

Деревья (trees) «…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными.

Применение генетических алгоритмов для генерации тестов к олимпиадным задачам по программированию Буздалов М.В., СПбГУ ИТМО.

Формализованы ли цели? Устраивает ли вас команда? Каковы этапы процесса? Изменение ИТ структуры? Нужны подрядчики? 1.

Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок? Как найти последовательность ДНК, кодирующую Ваш белок: – Ссылки из белковых баз данных – Прямой поиск.

Cравнение биологических последовательностей А.Б.Рахманинова, 2008.

Анализ аминокислотной последовательности: паттерны, домены, семейства … или что, где и как искать?

TMG Tel: 8 (495) Fax: 8 (477) Technology Management Group ООО «TMG» PayKeeper.

Множественное выравнивание С.А.Спирин, весна

Учитель Антонова О.Я. Учитель Антонова О.Я. Зерноградская поликлиника.

Классификация, кластеризация и поиск изображений на основе низкоуровневых характеристик Наталья Васильева Руководитель: Новиков Б. А.

XML Схемы XML документов. XML Schema созданая Microsoft позволяет избавиться от DTD блоков. Основа – использование пространств имен и очень точная типизация.

Обработка исключений в C# Единая техника обнаружения ошибок времени выполнения и передачи информации о них.

Захватывающее предложение по организации игры «Мафия» для event-агентств наши клиенты: тел.: сайт: (495)

Захватывающее предложение по организации игры «Мафия» для event-агентств наши клиенты: тел.: сайт: (495)

Feerverki.Ru Комплексное решение пиротехнических задач

Урок-сказка по математике в 5 классе.

Решение типовых расчетных задач по формулам. Определение массовой доли элементов Массовая доля элемента ω(Э) % - это отношение массы данного элемента.

10 интересных фактов о Японии и Японцах. В состав Японии входит островов. При этом четыре наиболее крупных из них - Кюсю, Хонсю, Хоккайдо и Сикоку,

ПРИНЯТИЕ БРОНИ.

ПРИНЯТИЕ БРОНЕЙ. ОСНОВНЫЕ ФРАЗЫ ПРИ ПРИНЯТИИ БРОНИ ПО ТЕЛЕФОНУ 1. Leto Lounge, (Петровка, Дубровка, Фрунзенская)/ Проект 6/2, имя, приветствие. 2. Уточнение.

Presentation transcript:

Блок 3. Семейства белков I. Множественное выравнивание Первый курс, весна 2008, А.Б.Рахманинова

Построить выравнивание? Первый курс, весна 2008, А.Б.Рахманинова Написать последовательности друг под другом, вставляя гэпы, так, чтобы последовательности имели одинаковую длину, а вес выравнивания был максимально возможным. P1 DFRLLA P2 EY-LLA 1. P1 DFRLLA P2 EYL-LA 2. P1 DFRLLA P2 E-YLLA 3. P1 DFRLLA P2 EYLL-A 4....??

Множественное выравнивание, весна 2008 Что мы можем узнать нового? Множественное выравнивание: Попарное выравнивание:

Множественное выравнивание, весна 2008 Для чего строят множественные выравнивания? Это модель позволяет оценить эволюционные отношения Построение множественных выравниваний — необходимый этап решения многих задач молекулярной биологии поиск активного центра позволяет найти общее мотивы, паттерны, профили предсказание 3D-структуры реконструкция эволюции

Множественное выравнивание, весна 2008 Попарное и множественное выравнивание 1.Любое множественное выравнивание порождает набор попарных не обязательно оптимальных выравниваний 2. Не любой набор попарных выравниваний можно просто "сложить" во множественное выравнивание. Пример: P1 ALGTEEI-C P2 ALGT--IAC + P1 AL-GTEEI-C P1 AL-GTEEI-C P2 AL-GT--IAC P3 ALVGTE-IAC + P2 AL-GT-IAC P3 ALVGTEIAC 

Множественное выравнивание, весна 2008 Змей-Горыныч биоинформатики Биологическая задача  поставить друг под другом гомологичные позиции Математическая задача  найти способ количественного сравнения качества выравниваний. Программирование  создание эффективного алгоритма и его реализация

Множественное выравнивание, весна 2008 Можно ли построить единственное оптимальное множественное выравнивание? Можно найти самое лучшее выравнивание за время t seq1: MA-RR seq2: CADRQ при условии,что вес совпадения: 2 вес замены: -1 штраф за делецию: -2 Построение парного выравнивания по алгоритму Нидельмана-Вунша (пример из упр. студента ФББ) Да, можно, но за t =L N !!! Программа MSA строит оптимальное выравнивание в соответствии c матрицами замен.

Руководящее дерево Очевидные недостатки : результат зависит от порядка выравниваний; «один раз гэп – всегда гэп» Алгоритм ClustalW – пример эвристического прогрессивного алгоритма

Множественное выравнивание, весна 2008 Muscle или как исправить ClustalW

Множественное выравнивание, весна 2008 Наиболее известные программы множественного выравнивания: 1.MSA => оптимальное выравнивание, если дождаться результата 2. ClustalW (реализации  ClustalX, emma из EMBOSS)  до сих пор самый популярный алгоритм, в сложных случаях может ошибиться. 3. Muscle  итеративный прогрессивный алгоритм, точнее и быстрее ClustalW 4. Т-COFFEE – немного точнее, но существенно медленнее 5. HMMER – часто ошибается, но хорошо строит профили

Множественное выравнивание, весна 2008 Как сравнивают разные программы множественного выравнивания? Эталонные выравнивания: BALIBASE (3D!): BLOCKS: Pfam: SMART: