by Sagiv Frankel & Ayana Wiener, Advised by Dr. Chen Keasar Advised by Dr. Chen Keasar & Mr. Ran Yahalom & Mr. Ran Yahalom

מוטיבציה 1. חשיפה ע"י ממשק רשתי של כלי ביואינפורמטי חדש. 2. תקשורת עם צד שלישי -CONSURF : כלי קיים על הרשת, שהוספת נתונים ממנו הינה בעלת חשיבות ביולוגית גבוהה. 3. פלטפורמה לפיתוח עתידי.

הבעיה: זיהוי שיירים קטליטיים בחלבון לכול חלבון שיירים רבים (מאות) ומתוכם אחדים קטליטיים. זיהוי שייר קטליטי – הינה שאלה יסודית בהבנת הפונקציונליות של אנזימים. שיירים. השאלה: קטליטיים – כן או לא ?

הפתרון: Meshifun זיהוי שיירים קטליטיים בעזרת מכונת למידה. השאיפה היא למקסימום זיהוי צודק של שיירים קטליטיים ומינימום זיהוי שגוי. התוצאה הסופית כפי שמופיעה באתר:

Me SHIFUN מחשב את תוצאותיו לפי סט של פרמטים מבניים: מידת ההידרופוביות. נטיית השייר לקטליטיות. הזוויות בין קשרים אטומיים. פקטור טמפרטורה. מידת הקבירות של האטומים. מסיסות (קובינציה א-ליניארית של קשרי מימן וקבירות אטומית)

תוספת שלנו: שיפור ע"י אינפורמציה אבולוציונית Consurf siteמ- השימוש שלנו: הוספת ציון השימור האבולוציוני של כל שייר, במטרה לשפר את התוצאות של meshifun Consurf site לאתר ניתן להגיש קובץ המכיל חלבון ולקבל מידע על השמירות האבולוציונית של השיירים בו.

האם Consurf עזר לנו בזיהוי מדוייק של שיירים קטליטיים? מדד MCC: מדד בין 1- ל 1 המתאר את מידת האמינות של התוצאות ביחס למה שידוע באמת. תוצאות מרשימות במיוחד לנוכח העובדה שמדד הMCC הטוב ביותר הידוע הוא 0.32!!! Structure-based prediction Average of 10*CV10 Experiments MCC (±0.013) TPR0.619 (±0.035) PRC0.172 (±0.008) ACC (%)98.77 (±0.049) AUC0.892 (±0.007) FPR0.036 (±0.002) Structure and Evolutionary based prediction Average of 10*CV10 Experiments MCC (± ) TPR0.485 (±0.044) PRC0.289 (±0.044) ACC (%)98.81 (±0.044) AUC0.896 (±0.008) FPR0.017 (±0.004)

דוגמה : ADP-ribosyltransferase ללא שימוש במידע אבולוציוני עם שימוש במידע אבולוציוני שיירים שזהו כקטליטים שיירים שזהו כקטליטים ואכן קטליטים. ואכן קטליטים. שיירים שזוהו כקטיליטים שיירים שזוהו כקטיליטים אך אינם קטליטים. אך אינם קטליטים. שיירים קטליטים שלא שיירים קטליטים שלא זוהו. זוהו.

תרשים זרימה של Meshifun קבלת INPUT מהמשתמש קבלת קובץ תשובה מ-CONSURF פרסום התוצאה באתר שליחת הקובץ לאתר COUNSURF הרצת SVM ללא CONSURF הרצת SVM עם CONSURF חיובישלילי חוסר תקשורת

Data Base Math-Lab Consurf java Perl script Cron PHP – communication class Proc-mail

אז בואו לבקר...