Sense (Gene) Anti-sense Anti- sense

א. מצא את מסגרת הקריאה הארוכה ביותר המצויה ברצף זה 5’ CTAGAAGATCTCGGGCAGCCCGCACTTGCCAATATCCGCGTAAGGCGACAAC 3’ GATCTTCTAGAGCCCGTCGGGCGTGAACGGTTATAGGCGCATTCCGCTGTTG CCTGCTGAATAATTCACCGA CAT ATATGCAGAGATAAGCGAACCCAGGCTT GGACGACTTATTAAGTGGCT GTA TATACGTCTCT ATT CGCTTGGGTCCGAA GGACTTTTGTGGATCAGAGCCAACCTGGTCAGTGTCTCCGAGCA 3’ CC TGAAAACACCTAGTCTCGGTTGGACCAGTCACAGAGGCTCGT 5’ לפניכם רצף דנ"א א. מצא את מסגרת הקריאה הארוכה ביותר המצויה ברצף זה ב.ציין מהו גדיל ה Sense ומהו גדיל ה Anti sense ג.כתוב את רצף הmRNA ואת רצף החלבון המתקבל STOP ATG - CAG - AGA - TAA Met - Gln - Arg - stop

5’ ATG-TCG-GTG-AAT-TAT-TCA-GCA-GGG-TTG-TCG-CCT-TAC-GCG-GAT-ATT- 5’ CTAGAAGATCTCGGGCAGCCCGCACTTGCCAATATCCGCGTAAGGCGACAAC 3’ GATCTTCTAGAGCCCGTCGGGCGTGAACGGTTATAGGCGCATTCCGCTGTTG CCTGCTGAATAATTCACCGA CAT ATATGCAGAGATAAGCGAACCCAGGCTT GGACGACTTATTAAGTGGCT GTA TATACGTCTCT ATT CGCTTGGGTCCGAA GGACTTTTGTGGATCAGAGCCAACCTGGTCAGTGTCTCCGAGCA 3’ CC TGAAAACACCTAGTCTCGGTTGGACCAGTCACAGAGGCTCGT 5’ STOP DNA-SENSE 5’ ATG-TCG-GTG-AAT-TAT-TCA-GCA-GGG-TTG-TCG-CCT-TAC-GCG-GAT-ATT- GGC-AAG-TGC-GGG-CTG-CCC-GAG-ATC-TTC-TAG 3’ mRNA 5’ AUG-UCG-GUG-AAU-UAU-UCA-GCA-GGG-UUG-UCG-CCU-UAC-GCG-GAU- AUU- GGC-AAG-UGC-GGG-CUG-CCC-GAG-AUC-UUC-UAG 3’

MSVNYSAGLSPYADKGKCGLPEIF mRNA 5’ AUG-UCG-GUG-AAU-UAU-UCA-GCA-GGG-UUG-UCG-CCU-UAC-GCG-GAU- AUU- GGC-AAG-UGC-GGG-CUG-CCC-GAG-AUC-UUC-UAG 3’ PROTEIN N- MSVNYSAGLSPYADKGKCGLPEIF - C

מה יקרה לחלבון בעקבות המוטציה הבאה: 5’ CTAGAAGATCTCGGGCAGCCCGCACTTGCCAATATCCGCGTAAGGCGACAAC 3’ GATCTTCTAGAGCCCGTCGGGCGTGAACGGTTATAGGCGCATTCCGCTGTTG CCTGCTGAATAATTCACCGA CAT ATATGCAGAGATAAGCGAACCCAGGCTT GGACGACTTATTAAGTGGCT GTA TATACGTCTCT ATT CGCTTGGGTCCGAA GGACTTTTGTGGATCAGAGCCAACCTGGTCAGTGTCTCCGAGCA 3’ CC TGAAAACACCTAGTCTCGGTTGGACCAGTCACAGAGGCTCGT 5’ T A מה יקרה לחלבון בעקבות המוטציה הבאה: א.נוקלאוטידים AוT המסומנים יהפכו ל Tו A בהתאם? יווצר ה STOP CODON TAA:

אם נתון שאתם באמצעה של מסגרת קריאה 5’ CTAGAAGATCTCGGGCAGCCCGCACTTGCCAATATCCGCGTAAGGCGACAAC 3’ GATCTTCTAGAGCCCGTCGGGCGTGAACGGTTATAGGCGCATTCCGCTGTTG CCTGCTGAATAATTCACCGA CAT ATATGCAGAGATAAGCGAACCCAGGCTT GGACGACTTATTAAGTGGCT GTA TATACGTCTCT ATT CGCTTGGGTCCGAA GGACTTTTGTGGATCAGAGCCAACCTGGTCAGTGTCTCCGAGCA 3’ CC TGAAAACACCTAGTCTCGGTTGGACCAGTCACAGAGGCTCGT 5’

חוקי Wobble טבלת חוקי :Wobble משמעות: הקוד הגנטי, וגם חוקי Wobble, מותאמים אבולוציונית למוטציות transition, שהן המוטציות היותר נפוצות!

שאלה: איזה אנטיקודון ניתן להציע עבור tRNA הנושא איזו-לאוצין? האם יש מספר אפשרויות? UAG UAI UAA UAG UAI UAU UAI אנטי- קודונים GCAUI U or C G U A or G U,C or A AUU AUA AUC קודונים תשובה: הקודונים של איזולאוצין הם – AUU, AUC ו-AUA. אנטיקודונים: UAA – מתאים ל-AUU בלבד. UAG – מתאים ל-AUU ו-AUC. UAI – מתאים לשלושתם! ל- AUU, AUC ו-AUA UAU – מתאים ל-AUA אבל גם ל-AUG שהוא קודון למתיונין, כך שהוא עלול להכניס איזולאוצין במקום מתיונין. (ואכן – אנטי קודון זה הוא יחסית נדיר בהרבה אורגניזמים)  

שאלה: איזה אנטיקודון ניתן להציע עבור tRNA הנושא איזו-לאוצין? האם יש מספר אפשרויות? UAG UAI UAA UAG UAI UAU UAI אנטי- קודונים GCAUI U or C G U A or G U,C or A AUU AUA AUC קודונים תשובה: הקודונים של איזולאוצין הם – AUU, AUC ו-AUA. אנטיקודונים: UAA – מתאים ל-AUU בלבד. UAG – מתאים ל-AUU ו-AUC. UAI – מתאים לשלושתם! ל- AUU, AUC ו-AUA UAU – מתאים ל-AUA אבל גם ל-AUG שהוא קודון למתיונין, כך שהוא עלול להכניס איזולאוצין במקום מתיונין. (ואכן – אנטי קודון זה הוא יחסית נדיר בהרבה אורגניזמים)  

מרקרים מולקולריים משמשים כלוקוסים בעת ביצוע מיפוי גנטי מיפוי בעזרת מרקרים מולקולריים מרקרים מולקולריים משמשים כלוקוסים בעת ביצוע מיפוי גנטי Single nucleotide polymorphisms (SNPs) “snips” AACGTCATCG vs. AACGTTATCG Microsatellites - examined in lecture on a pedigree Simple sequence length polymorphisms (SSLPs) CGCGCG vs. CGCGCGCGCG vs. CGCG The idea of Haplotypes

דוגמא למפה המפרטת את הרכב ומבנה הכרומוזום 249 Mbp 4000+ genes

בעכברים, האלל הדומיננטי R של הגן "ריסים" אחראי על ריסים שחורים, והאלל r אחראי על ריסים חומים. אתה מעוניין למפות את הגן תוך שימוש ביכולת שלך לפענח, בו זמנית, מספר רצפי SNP (עבור כל עכבר). לפניך הצאצים של הכלאה בין עכברים הטרוזיגוטים ל-R והטרוזיגוטים לסדרה של SNPs עם נקבות בעלות ריסים חומים והומוזיגוטיות לכל אותם SNPs. P: R/r SNP_A/SNP_a X r/r SNP_a/SNP_a . ריסים: SNP sequence seen: Black A/a 24% B/b 25% C/c 27% D/d 46% E/e 26% F/f 24% G/g 23% H/h 1% I/i 25% Black a/a 26% b/b 25% c/c 23% d/d 2% e/e 25% f/f 25% g/g 24% h/h 49% i/i 26% Brown A/a 26% B/b 24% C/c 25% D/d 4% E/e 25% F/f 27% G/g 25% H/h 49% I/I 25% Brown a/a 24% b/b 26% c/c 25% d/d 48% e/e 24% f/f 23% g/g 28% h/h 1% i/i 25% SNP Position of SNP centiMorgan seq. of seq. of Pair SNP is on )In million b.p.) position of SNP variant SNP variant Name chrom. #: on Chromosome SNP on Chrom. “x” “X” A/a 1 194.7 243 ..agcagctcca.. ..agcagTtcca.. B/b 4 64.5 153 ..gctcgtctta.. ..gAtcgtctta.. C/c 7 10.3 14 ..cacccttttc.. ..cacTcttttc.. D/d 8 49.8 97 ..attaacagca.. ..attCacagca.. E/e 14 25.1 29 ..ctcctgcttc.. ..ctcctgGttc.. F/f 1 198.3 250 ..gatcaaccct.. ..gatTaaccct.. G/g 17 9.8 20 ..gggagcgtac.. ..gggagcCtac.. H/h 8 53.8 105 ..acagaaacag. ..acTgaaacag.. I/i 4 72.6 168 ..gtcccccgag.. ..gtccTccgag.. א. באיזה כרומוזום נמצא הגן "ריסים"? בכרומוזום 8

ב. היכן נמצא הגן "ריסים" במפה הגנטית של העכבר? אחוז הצאצאים הרקומביננטיים בין הגן Rל-SNP-H הוא 2%, על כן, המרחק בין הגן R ל-SNP-H הוא 2 m.u. אחוז הצאצאים הרקומביננטיים בין הגן Rל-SNP-D הוא 6%, על כן, המרחק בין הגן R ל-SNP-H הוא 6 m.u. SNP Position of SNP centiMorgan seq. of seq. of Pair SNP is on )In million b.p.) position of SNP variant SNP variant Name chrom. #: on Chromosome SNP on Chrom. “x” “X” A/a 1 194.7 243 ..agcagctcca.. ..agcagTtcca.. B/b 4 64.5 153 ..gctcgtctta.. ..gAtcgtctta.. C/c 7 10.3 14 ..cacccttttc.. ..cacTcttttc.. D/d 8 49.8 97 ..attaacagca.. ..attCacagca.. E/e 14 25.1 29 ..ctcctgcttc.. ..ctcctgGttc.. F/f 1 198.3 250 ..gatcaaccct.. ..gatTaaccct.. G/g 17 9.8 20 ..gggagcgtac.. ..gggagcCtac.. H/h 8 53.8 105 ..acagaaacag. ..acTgaaacag.. I/i 4 72.6 168 ..gtcccccgag.. ..gtccTccgag.. 105 SNP_H 97 SNP_D 103 RISIM ג. היכן נמצא הגן "ריסים" במפה הפיזית של העכבר? עד כמה המיפוי שביצעת מדוייק? 53.8 SNP_H 49.8 SNP_D ? RISIM