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课件共享 课外作业 —— 第二章（ 2013.9.10 ） 第一组：氨氧化作用、氨氧化细菌、氨氧化古菌 第二组：硫氧化作用、硫氧化细菌 第三组：甲烷厌氧氧化作用，甲烷厌氧氧化古菌 第四组：碱性磷酸酶、富营养化作用 第五组：土壤生物修复.

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1 课件共享 http://blog.sciencenet.cn/u/ljfjf2002

2 课外作业 —— 第二章（ 2013.9.10 ） 第一组：氨氧化作用、氨氧化细菌、氨氧化古菌 第二组：硫氧化作用、硫氧化细菌 第三组：甲烷厌氧氧化作用，甲烷厌氧氧化古菌 第四组：碱性磷酸酶、富营养化作用 第五组：土壤生物修复 第六组： DNA 测序技术 第七组：宏基因组学

3  是什么？  什么时候谁提出来的？  有什么作用？  目前国内外研究进展？  意义？

4 课外作业 —— 第三章（ 2013.9.24 ） 第一组：氨氧化作用（ ammonia oxidation ）、氨氧化细菌（ ammonia-oxidizing bacteria ）、氨氧化古菌（ ammonia-oxidizing archaea ） 第二组：硫氧化作用（ sulfur oxidation ） 、硫氧化细菌（ sulfur-oxidizing bacteria ） 第三组：甲烷厌氧氧化作用（ anaerobic oxidation of methane ） ，甲烷厌氧氧化 古菌（ anaerobic methanotrophs ） 第四组：碱性磷酸酶（ alkaline phosphatase ） 、富营养化作用（ eutrophication ） 第五组：土壤生物修复（ soil bioremediation ） 第六组： DNA 测序技术（ DNA sequencing technology ） 第七组：宏基因组学（ metagenomics ）

5 1.Lund MB, Smith JM, Francis CA. Diversity, abundance and expression of nitrite reductase (nirK)-like genes in marine thaumarchaea. ISME Journal 2012, 6: 1966-1977.

6 大作业 1 —— （ 2013.9.24 ） 第一组：氨氧化作用、氨氧化细菌、氨氧化古菌 第二组：硫氧化作用、硫氧化细菌 第三组：甲烷厌氧氧化作用，甲烷厌氧氧化古菌 第四组：碱性磷酸酶、富营养化作用 第五组：土壤生物修复 第六组： DNA 测序技术 第七组：宏基因组学

7 课外作业 —— 第四章（ 2013.10.22 ） 第一组：氨氧化古菌氨氮加氧酶基因 第二组：硫氧化细菌硫氧化酶基因 第三组：甲烷厌氧氧化古菌甲烷单加氧酶基因 第四组：碱性磷酸酶基因 第五组：氨氧化细菌氨氮加氧酶酶基因 第六组：反硝化酶基因 第七组：亚硫酸盐还原酶基因 检索并得到上述序列的 FASTA 格式

8 FASTA 格式

9 大作业 2 —— （ 2013.10.22 ） 对给定的序列进行 blast 分析，判断其来源及其最相似的序列。选取 5 条最相似的序列（已知菌的，不是 uncultured ），一起构建系统发育 进化树。作业需提交的内容： 1 ）给定的序列与数据库中哪条（些）序列最相似，其核苷酸序列相 似性是多少，如果是功能基因，那么蛋白质序列相似性是多少； 2 ）给定序列与 5 条序列 FASTA 格式的序列列表； 3 ）给定的序列与 5 条已知菌的序列的系统发育进化树。

10 >Nitrososphaera sp. EN76 (CBY93673.1)TCCTTCCCCTACACGCCCGTAGCACACCCGCGCTGGCAGACGCCGGACTGGAGCTTCGGC ATCCGCGACGAAGACATGCAGCAGGCGGTGGACGCCGCGCGCGGCGAGGGCGCGCAGGTGGTGGTCG TGCTGTCGCACAACGGCATGGATGTCGACCTGAAGATGGCCAGCCGCGTCACCGGCATCGACGCCATCT TCGGCGGCCACACCCACGACGGCATGCCTGCGCCCACCATCGTCGACAACGCCGGTGGCAAGACCCTG GTGACCAACGCCGGCTCCAACGGCAAGTTCCTCGGCGTGATGGACTTCGAGGTCAGGGACGGCAAGGT GGCGGATTTCCGCTACAAGCTGCTGCCGGTGTTCTCCAACCTGCTGCCGGCCGACCCGGAGATGGCCGC CTTCATCGACAGGACGCGTGCGCCCTTCCTCGACAAGCTCACCGAGAAGCTCGCCGTCACCGAGGGCCT GCTGTACCGCCGCGGCAACTTCACCGGCACCTGGGACCAA >Nitrososphaera gargensis Ga9.2 (YP_006863114.1)TCCTTCCCCTACACGCCCGTCGCAAACCCGCGCTACATGGTCAAGGACTGGGAATTCG GCATCCAGGACGAGAACATGCAGAAGATGGTCGACGAGGCCCGCGCCAAGGGCGCGCAGGTCGTCGTC GTCGTCAGCCACAACGGCATGGACGTGGACCTGAAGATGGCCAGCCGCGTCACCGGCATCGACGCCAT CTTCGGCGGCCACACCCACGACGGCATGCCTGCGCCCACCATCGTCGACAACGCCGGTGGCAAGACCC TGGTGACCAACGCCGGCTCCAACGGCAAGTTCCTCGGCGTGATGGACTTCGAGGTCAGGGACGGCAAG GTGGCGGATTTCCGCTACAAGCTGCTGCCGGTGTTCTCCAACCTGCTGCCGGCCGACCCGGAGATGGCC GCCTTCATCGACAGGACGCGTGCGCCCTTCCTCGACAAACTCACCGAGAAGCTCGCCGTCACCGAGGG CCTGCTGTACCGCCGCGGCAACTTTGACGGCACCTGGGACCAAA >Nitrosoarchaeum limnia SFB1 (WP_007402980.1)TCCTTCCCCTACACGCCCATAGCTCACCCGGCCTGGATGACCGAGGGCTGGTCCATCG GCATCCGTGACGAGGAAATGCAGGAAGTGGTCGACCAGGCCCGCGGCGAAGGCGCCCAGGCCGTGATC GTGCTGTCCCACAACAGCATGGACGTGGACCTGAAGATGGCCTCCCGCGTGCGCGGCATCGACGCCATC ATGGGCGGCCACACCCACGACGCCGTTCCGTACCCGACCCTGGTCAAGAACAGCGGCGGCCAGACCCT GGTCTGCAACGCCGGTTCCAACAGCAAGTACCTCGGCGTGCTGGACCTGGACGTCAAGGGCAACAAGG TTGCCGGCTTCAAGTACCGTCTGCTCCCGGTCTTCTCGAATTTCATCGAGGCCGACAAGGAGATGGAAG CCCTGCTGGAGAAGCTGCACAAGCAGACCATCCGCTTCCAGGGCAAGGAGTTCGTGGCTGAAGATCGC CTGAACAAGGTACTCGCCAAGAACGACGTTACCCTGTATCGCCGCGGAAACTTCAACGGCACCTGGGAC CAA

11 > Nitrososphaera sp. EN76 SFPYTPVAHPRWQTPDWSFGIRDEDMQQAVDAARGEGAQVVVVLSHNGMDVDLKMASRVT GIDAIFGGHTHDGMPAPTIVDNAGGKTLVTNAGSNGKFLGVMDFEVRDGKVADFRYKLLPVF SNLLPADPEMAAFIDRTRAPFLDKLTEKLAVTEGLLYRRGNFTGTWDQ >Nitrososphaera gargensis Ga9.2 SFPYTPVANPRYMVKDWEFGIQDENMQKMVDEARAKGAQVVVVVSHNGMDVDLKMASRV TGIDAIFGGHTHDGMPAPTIVDNAGGKTLVTNAGSNGKFLGVMDFEVRDGKVADFRYKLLPV FSNLLPADPEMAAFIDRTRAPFLDKLTEKLAVTEGLLYRRGNFDGTWDQ >Nitrosoarchaeum limnia SFB1 SFPYTPIAHPAWMTEGWSIGIRDEEMQEVVDQARGEGAQAVIVLSHNSMDVDLKMASRVRGI DAIMGGHTHDAVPYPTLVKNSGGQTLVCNAGSNSKYLGVLDLDVKGNKVAGFKYRLLPVFS NFIEADKEMEALLEKLHKQTIRFQGKEFVAEDRLNKVLAKNDVTLYRRGNFNGTWDQ >Nitrosopumilus maritimus (ADJ95197.1) SFPYTPVAHPRWMVPDWSFGIRDDGMQKWVDDARANGAQVVVVLSHNGMDVDLKMASRV TGIDAIFGGHTHDGVPQPVQVKNAKGVTLVTNAGSNGKFLGVLDFEVRGKRVASYKYRLLPV FSNLLPADKDMDAFIKTVRAPYEPKLNETLAVTDDFLYRRGNFAGTWDQ >archaeon SJ (AFN65616.1) SFPYTPVANPRWQTPDWSFGIQDENMQKMVDEARAKGAQVVVVVSHNGMDVDLKMASRVR GIDAIMGGHTHDGMPVASVVKNAGGQTLVANAGSNGKFLGVLDFDVKNGKVADYRYKLLPA FANMLPADKDMDSLISKIRAPYEAKLSEQLAVTEGLLYRRENFTGTWTK

12

13 >team 1 GAGCTTGCTCCTGGTGGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATGCGTCGGAACGTACCGAGTA ATGGGGGATAACGCAGCGAAAGCTNTGCTAATACCGCATACGNCCTGAGGGGGAAAGTGG GGGATCGCAAGACCTCACGTTATTCGAGCGGCCGACGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTA ATGGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCGGGTCTGAGAGGATGATCCGCCACACTGGAAC TGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGGGCA ACCCTGATCCAGCCATTCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCTCTTTCAGC TGGAACGAAACGGTACGCTCTAACATAGCGTGCTAATGACGGTACCGGCAGAAGAAGCAC CGGCTAACTACGTGCCAGCAGCGGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTAC TGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGATTGTTAAGCAAGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCT GGGAATGGCATTTTGAACTGGCAGTCTAGAGTGCGTCAGGAGGGGGGTGGAATTCCACGT GTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGGAACACCAATGGCGAAGGCAGCCCCCTGGG ATGACACTGACGCTCATGTACGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT CCAVGCCCTAAACGATGTCAACTGGTTGRGGGGGGAGTGAAATCCCTTAGTAACGAASTAA CSCGTGAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAGATTAAACTCAAAGGAATTGACGGG GACCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAACCTTACCTACC CTTGACATGTCCGGAATCCTGCAGAGATGCGGGAGTGCTCGAAAGAGAACCGGAACACAG GTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCG CAACCCTTATCATTAGTTSTACGCAAGGGCACTCTAATGAGACTGCCGGTGACAAACCGGA GGAAGGTGGGGATGACGTNAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGTAGGGCTTCACACGTCATAC AATGGTCGGTACAGAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGGAGCCAATCCCAGAAAGCCGATCG TAGTCCGGATTGTTCTCTGCAACTCGAGAGCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGAT CAGCATGTCGCGGTGAATACGTT

14 >team 2 AGTCGAACGGCAGCACGAGAGAGCTTGCTCTCTTGGTGGCGAGTGGCGGACGGGTGAGTA ATATATCGGAACGTGCCCAGTAGCGGGGGATAACTACTCGAAAGAGTGGCTAATACCGCAT ACGCCCTACGGGGGAAAGGGGGGGATCGCAAGACCTCTCACTATTGGAGCGGCCGATATC GGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCTCACCAAGGCAACGATCCGTAGCTGGTTTGAGA GGACGACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTG GGGAATTTTGGACAATGGGGGAAACCCTGATCCAGCCATCCCGCGTGTATGATGAAGGCCT TCGGGTTGTAAAGTACTTTTGGCAGAGAAGAAAAGGCATCCCCTAATACGGGATGCTGCTG ACGGTATCTGCAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGG TGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGTGTAGGCGGTTCGGAAAGAAAGA TGTGAAATCCCAGGGCTCAACCTTGGTACTGCATTTTTAACTGCCGAGCTAGAGTATGTCAG AGGGGGGTAGAATTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGTGGAGGAATACCGATGG CGAAGGCAGCCCCCTGGGATAATACTGACGCTCAGACACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAG GATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGTCAACTAGCTGTTGGGGCCGTTAGG CCTTAGTAGCGCAGCTAACGCGTGAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAA AACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGATTAATTCGATGCA ACGCGAAAAACCTTACCTACCCTTGACATGTCTGGAATGCCGAAGAGATTTGGCAGTGCTC GCAAGAGAACCGGAACACAGGTGCTTCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATG AGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTAT GGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGGTCGGGACAGAGGGTCGCCAACCCGCGAGGGGG AGCCAATCTCAGAAACCCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGT CGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACA CACCGCCCGTCACACCAT

15 >team 3 SSCFGPAYEFAFIMDADLRKRRIRSKVPMTYVTAEPYIGHLGLGGVGDSKSMLESELRQHHIK WICNAKVMRVEPDKMFVAEHNEQGEVIKEHELPFKYSMLIPGFKGVDAVAKAGEKLVNPRGF VKVDEFQRNPAWHNIYSLGVCIAIPPLEATPVPTGMPKTGYMIESME

16 >team 4 SFPYTPVAHPRWQTPDWSFGIRDEDMQQAVDAARGEGAQVVVVLSHNGMDVDLKMASRVT GIDAIFGGHTHDGMPAPTIVDNAGGKTLVTNAGSNGKFLGVMDFEVRDGKVADFRYKLLPVF SNLLPADPEMAAFIDRTRAPFLDKLTEKLAVTEGLLYRRGNFTGTWDQ

17 >team 5 AGTCGAACGGGCGTAGCATACGTCAGTGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAACGTACC TTTTGGTTCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATACCGGATAAGCCCTTACGGGGAAA GATTTATCGCCGAAAGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCCCACC AAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGG CCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAAGCCTGATCC AGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTTTTGTGCGGGAAGATA ATGACGGTACCGCAAGAATAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAA GGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGGTTTCTAAGTC AGAGGTGAAAGCCTGGAGCTCAACTCGAGAACTGCCTTTGATACTGGAAGTCTTGAGTAT GGCAGAGGTGAGTGGAACTGCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACAC CAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGGCCATTACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAG CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCCAGCCGTTAGTGG GTTTACTCACTAGTGGCGCAGCTAACGCTTTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAA GATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATT CGACGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATGTCCAGGACCGGTCGCAGAGATGT G

18 >team 6 HVFTCHWEATYGKERMLQGIKDLESSTNLEFVAQNIRDFDFEDYVFKPYSMREQNGVKIAIIG KVFPYTPIANPRWMTEGWTFGIDEDNMQHVVNKARSEGAEVVVVLSHNGMDVDIKMASRV TGIDVIFGGHTHDTTPVPTIVKNKSGQTIVTNAGTNSLYLGVMDLEVKGGKVKGFKYNLLPVF SDFIEPDKEMAAYLEKSHNQDVTFDGKTFNAGKRLKEVVATNDALLYRRGNFTGTWDQLICE ALIDENDAQISFSPGVRWGTSLIPGEPITYEDMMTECALTYPNVTRNEFTGKQIKGILEDVCDN LSSKDP

19 >team 7 AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGC GGTTGAGGGTAGCTTGCTACCTGATGCAGCGGCGAACGGGTGAGTAATGCATGGGAATCTG CCTGGTAGTGGGGGACAACGTCTCGAAAGGGACGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGG AAAGGGGGGGATCTTCGGACCTCCTGCTATCAGATGAGCCCATGTCAGATTAGCTTGTTGG TGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGACGATCTGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACA CTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAAT GGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCA CTTTCAGTGGGGAGAAAGGCCTTTTGCCTAATACGCAAGAGGATTGATGTTACCCACAGAA GAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATC GGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGTGGTTTGTTAAGCTAGCTGTGAAATCCCCGGG CTCAACCTGGGCACTGCAGTTAGAACTGGCAAGCTAGAGTAGGGTAGAGGGGTGTGGAAT TCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCTGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGACAC CCTGGACTCATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTAGCCGTTGGGAGCCTTGAGCTCTTAGTGGCG CAGCTAACGCACTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGA ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAA CCTTACCAGGTCTTGACATCTAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCT AAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTA ACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTGCCAGCGCGTAATGGCGGGAACTCTAAGGAGACTG CCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCTG GGCTACACACGTGCTACAATGGGCGGTACAAAGGGTTGCCAAACCGCGAGGTGGAGCTAA TCCCATAAAACCGTTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAAT CGCTAGTAATCGCAAATCAGAACGTTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGC CCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGCTAGTCTAACCGCAAGGGGGACGG TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA

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