1. URL HTTP://WWW.INSILICOGEN.COM PHONE 031.278.0061 FAX 031.278.0062 E-MAIL INFO@INSILICOGEN.COM ADDRESS #909, VENTURE VALLEY, 958, GOSAEK-DONG, GWONSEON-GU,SUWON, GYEONGGI-DO, KOREA 441-813 Copyright ⓒ Insilicogen, Inc. 2009. All rights reserved. Pathway Studio 7 특징 Pathway Studio 7 특징 Bioinformatics Division Kim, Kyung-ui

2. Contents 1 1 2 2 2

3. URL HTTP://WWW.INSILICOGEN.COM PHONE 031.278.0061 FAX 031.278.0062 E-MAIL INFO@INSILICOGEN.COM ADDRESS #909, VENTURE VALLEY, 958, GOSAEK-DONG, GWONSEON-GU,SUWON, GYEONGGI-DO, KOREA 441-813 Copyright ⓒ Insilicogen, Inc. 2009. All rights reserved. What’s New in Pathway Studio 7 1 1

4. 4 New Preview Pane Entities, Relations, Groups, Pathways 에 대한 Summarizes information 미리보기 pane Entities, Relations, Groups, Pathways 에 대한 Summarizes information 미리보기 pane

5. 5 New Tools for Pathway Building and Visualization (1) Advanced build pathway wizard 에서 사용할 수 있는 더욱 다양해진 filter 옵션

6. 6 New Tools for Pathway Building and Visualization (2) Selected and Unselected 사이의 Relation 에 대한 network building 기능

7. 7 New Tools for Pathway Building and Visualization (3) Align 버튼으로 통합된 정렬 기능 선택된 Relations 들을 정리하는 기능

8. 8 Updated Quick Start Guides 새로운 사용자들의 신속한 분석을 위한 업데이트된 Quick Start Guides 제공

9. 9 New Enrichment Analysis Features (1) Find Pathways/Groups/Sub-Network 결과 테이블에 overlap 과 overlapping entities 정보 제공 Find Pathways/Groups/Sub-Network 결과 테이블에 overlap 과 overlapping entities 정보 제공 Version 6 Version 7

10. 10 New Enrichment Analysis Features (2) Gene Set Enrichment Analysis 와 Sub-Network Enrichment Analysis 결과 테이블에 Measured entitie 의 list 와 Up regulated, Down regulated trend 를 빠르게 확인하기 위한 Median fold change 값 정보 제공 Gene Set Enrichment Analysis 와 Sub-Network Enrichment Analysis 결과 테이블에 Measured entitie 의 list 와 Up regulated, Down regulated trend 를 빠르게 확인하기 위한 Median fold change 값 정보 제공 Median fold change value provides information on the distribution of the fold change for the group and can be used to more quickly identify groups that are more up regulated or more down regulated in the results set.

11. 11 New Enrichment Analysis Features (3) Version 6 Experiment data import Wizard 에서 Sample Type 에 Signed fold-change 값 추가 Experiment data import Wizard 에서 Sample Type 에 Signed fold-change 값 추가 Version 7

12. 12 New Enrichment Analysis Features (4) Experiment data 에서 Highlight Probes by Value 를 기준으로 Filter 할 수 있는 기능 Experiment data 에서 Highlight Probes by Value 를 기준으로 Filter 할 수 있는 기능

13. 13 New Enrichment Analysis Features (5) Gene Set Enrichment Analysis 를 수행할 때 Filter 된 값들만 사용할 수 있는 “Limit the analysis to the probes remained after filtering” 옵션 기능 추가 Gene Set Enrichment Analysis 를 수행할 때 Filter 된 값들만 사용할 수 있는 “Limit the analysis to the probes remained after filtering” 옵션 기능 추가

14. 14 New Enrichment Analysis Features (6) Experiment Data 에서 다시 import 하지 않고 바로 삭제 가능한 “Delete Sample” 기능 추가 Experiment Data 에서 다시 import 하지 않고 바로 삭제 가능한 “Delete Sample” 기능 추가

15. URL HTTP://WWW.INSILICOGEN.COM PHONE 031.278.0061 FAX 031.278.0062 E-MAIL INFO@INSILICOGEN.COM ADDRESS #909, VENTURE VALLEY, 958, GOSAEK-DONG, GWONSEON-GU,SUWON, GYEONGGI-DO, KOREA 441-813 Copyright ⓒ Insilicogen, Inc. 2009. All rights reserved. What’s New in the ResNet 7 2 2

16. 16 New Metabolic Pathways (1) Enrichment Algorithms 에서 사용할 수 있는 새로운 New Metabolic Pathway 추가

17. 17 New Metabolic Pathways (2) Version 6 Version 7 Enrichment Algorithms 에서 사용할 수 있는 새로운 New Metabolic Pathway 추가

18. 18 New Ariadne Ontology groups Version 6 Ariadne Ontology groups 에 Oncogenes 와 Tumor suppressors 추가 Molecular function 에는 miRNAs 추가 Ariadne Ontology groups 에 Oncogenes 와 Tumor suppressors 추가 Molecular function 에는 miRNAs 추가 Version 7

19. 19 Application of New Technology 더욱 쉽고 빠르게 pathway building 할 수 있는 ResNet 7 Database 의 Curator Before ResNet Curator After ResNet Curator

20. 20 Support for miRNA miRNA relations (miRNAEffect) 정보 제공

21. 21 감사합니다.