1. 1A 1B 1D Supplementary figure 1. A DArT-based genetic map of wheat
wPt
wPt
wPt-4811
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wPt-0196
wPt-2527
wPt-3198
wPt-4676
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt-3347
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt _ML1
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wPt
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wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt-5411
wPt-3698
wPt
wPt
wPt-8172
wPt
wPt-1709
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt-9429
wPt
wPt
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wPt
wPt
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wPt
wPt
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wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
wPt _ML1
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
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wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt _ML1
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wPt
wPt-0864_ML1
wPt
wPt-7215
1.3
1.5
2.4
2.5
2.7
3.1
3.7
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7.5
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12.0
12.4
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13.7
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18.4
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145.1 1A 1B
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wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt-1387
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
rPt-4471
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wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt-3743
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
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wPt
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wPt-2019
wPt
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wPt
wPt
wPt-1684
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wPt
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wPt
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wPt _ML2
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wPt
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wPt
wPt
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10.9
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12.3
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wPt
14.5
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14.9
14.5
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17.7
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17.7
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23.7
23.3
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23.7
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30.6
30.6
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31.1
30.9
30.9
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31.6
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34.1
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34.7
34.6
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38.4
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44.3
44.9
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83.8
88.2
88.2
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95.9
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106.5
111.2
111.2
111.8
111.8
111.8
Supplementary figure 1. A DArT-based genetic map of wheat

2. 2B 2A 2D Supplementary figure 1.Continued wPt-8132_ML1 wPt-3565_ML1
tPt-5584
wPt-0115
wPt-6570
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wPt
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wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt _ML1
wPt-4394
wPt _ML1
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wPt
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wPt
wPt
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wPt
wPt
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110.1 2A
tPt-4248
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wPt
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wPt _ML1
wPt _ML1
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wPt _ML2
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wPt _ML1
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wPt
wPt
0.0
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wPt-6311
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wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt-6704
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt-4144
wPt
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wPt
wPt
wPt
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wPt
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wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt _ML1
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt-1991
wPt
wPt
wPt
wPt-6452
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt _ML2
wPt _ML2
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
wPt
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wPt
wPt
wPt
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wPt-5195
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wPt
wPt
wPt-3949
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tPt-7321
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wPt-8072
wPt
wPt-3983
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wPt
wPt _ML2
wPt-0408_ML1
wPt-6477
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wPt
wPt-2430
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wPt
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wPt
wPt
wPt-0079
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wPt-7161
Supplementary figure 1.Continued

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213.3 3A
Supplementary figure 1. Continued

4. 4B 4A 4D Supplementary figure 1.Continued wPt-4537 wPt-4280 wPt-744595
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Supplementary figure 1.Continued

5. 5B 5A 5D Supplementary figure 1. Continued wPt-1432 wPt-7240 wPt-1302
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6. 6D 6A 6B Supplementary figure 1.Continued wPt-0864_ML2 wPt-730591
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Supplementary figure 1.Continued

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224.3
224.8
225.5
227.5
227.6
228.4
233.4
234.8 7B
Supplementary figure 1. Continued

8. Supplementary figure 2. PAUP generated dendrogram of the germplasm set.

9. (a)
Supplementary figure 3. Germination % arising from STGs conducted in 1978, 1998 and 2008 of (a) the whole germplasm collection, (b) Q1 accessions, (c) Q2 accessions, (d) Q3 accessions, (e) Q4 accessions, (f) Q5 accessions, (g) Q6 accessions, (h) ‘Mixed’ accessions, (i) accessions from Asia, (j) accessions from southern Europe, (k) accessions from the rest of Europe, (l) accessions from the Americas, (m) var. aestivum accessions, (n) var. lutescens accessions (o) var. ferrugineum accessions, (p) var. ‘others’ accession, (q) spring type accessions, (r) winter type accessions.

10. (b)
Supplementary figure 3. Continued

11. (c)
Supplementary figure 3. Continued

12. (d)
Supplementary figure 3. Continued

13. (e)
Supplementary figure 3. Continued

14. (f)
Supplementary figure 3. Continued

15. (g)
Supplementary figure 3. Continued

16. (h)
Supplementary figure 3. Continued

17. (i)
Supplementary figure 3. Continued

18. (j)
Supplementary figure 3. Continued

19. (k)
Supplementary figure 3. Continued

20. (l)
Supplementary figure 3. Continued

21. (m)
Supplementary figure 3. Continued

22. (n)
Supplementary figure 3. Continued

23. (o)
Supplementary figure 3. Continued

24. (p)
Supplementary figure 3. Continued

25. (q)
Supplementary figure 3. Continued

26. (r)
Supplementary figure 3. Continued

27. 1.3
1.5
2.4
2.5
2.7
3.1
9.8
17.5
18.3
19.7
19.8
22.2
22.3
23.8
35.7
35.9
36.9
44.1
53.8
56.5
59.9
60.7
74.5
87.8
111.2
135.6 1A
wPt , 1978*, 2008
wPt , 1978*
wPt-4811, 2010
wPt-8455, PHS
wPt-6358, PHS
wPt , 1978*
wPt , 1978*
wPt-4735_ML1, 2008*
wPt _ML1, 2008
(wPt-4666, -6122), 1978
wPt-5776, 2010
(wPt , ), PHS
wPt , 2010
wPt-3698, 1978
wPt , AA
wPt-1709, CD
wPt , PHS
wPt-1426, 2010
wPt-4886, PHS*
wPt-5941, DI, PHS
wPt , 1978
wPt-4801, CD
wPt , 1978, 2008*
wPt-0497, AA
wPt-0196, 1978
(wPt-8770, ), 1978
wPt-6709, CD, PHS
wPt-9317, 1978*, 2008, DI, PHS*
wPt-4177, 2008
wPt , AA
(wPt-2527, -6280), 1978*
wPt , 1978
wPt , CD*
wPt-9490, 1978
wPt-6442, 1978
tPt-0283, 1978
wPt , PHS*
wPt-3465, 2008
wPt-4863_ML1, 1978*, 2008*
wPt-4735_ML2, 2008*
wPt , AA*, CD
wPt-7242_ML1, PHS
wPt-1726, 2008, AA
wPt-3787, PHS
(wPt , ), 2008, AA
wPt-3103, 2008
(wPt-5246, -8622), 2008
wPt , 1978, 2008*
wPt-5485, 2008*
wPt-8280, 2008
wPt-0705, PHS
wPt , AA
wPt-9032, 2010
wPt-7066, 2010
wPt-5034, 1978*
wPt-5061, 1978, 2010
wPt-3950, 2010, DI*, PHS*
wPt734314, 2010, DI 1B
4.8
11.7
12.3
13.5
14.2
16.2
18.0
28.4
29.5
31.1
31.6
34.1
38.4
40.2
44.9
54.4
57.2
61.8
72.9
76.4
96.7
98.9
9.7
34.7
83.8
wPt-4971, 2010
wPt , CD
wPt-3738, 1978*
wPt-7953, 1978
wPt-4735_ML3, 2008
wPt _ML2, 2008
wPt-2206, AA
wPt-1387, 2010
wPt , AA
wPt , AA
rPt-4471, CD
wPt-5320, CD
wPt-5503, 2010, CD
10.7
17.9
36.0
41.5
45.6
50.4
50.9
51.3
59.0
60.6
66.3 1D
Supplementary figure 4. Markers in significant association (p<0.05) or highly significant association (p<0.01) (bold with asterisk) with 1978 (purple), 2008 (red), 2010, RAA (AA in green), RCD (CD in blue), DI (brown) and PHS (navy blue). Red regions on chromosomes indicate areas where 2008 and AA or CD MTAs lie within 5 cM on either side of each other. Black squares are approximate centromere positions where known. Trait descriptions are provided in text.
12.1
15.3
17.6
18.8
20.0
20.5
28.8
37.0
43.1
45.9
62.4
65.4
77.7
79.0
81.1
95.0
108.9
109.4 2A
wPt-6207, DI*, PHS*
wPt-8490, PHS
wPt-0003, 2010
wPt-5029, PHS
(wPt -0568, -6711, -8068), 2008*
wPt-5245, DI
wPt , CD
wPt-6570, 1978
(tPt-1041, wPt-5647), 2008
wPt , 1978
wPt-4394, 1978
wPt-8596, 1978, DI, PHS
wPt-5251, AA*
wPt-3244, CD
wPt-7024_ML1, 1978
wPt-9586, 1978
wPt-0071, AA
wPt-9277, AA
wPt-7306, 1978, DI
(wPt-6687, -6775_ML1), 1978
wPt _ML1, 1978

28. 2B 2D 3A 3B Supplementary figure 4. Continued wPt-6271, 2010*
wPt-1919, AA, DI
wPt-8424, 1978
wPt-4350, 1978
tPt-4602, 1978
wPt , 2010, DI
wPt-4453, 2008*
tPt-4627, CD
wPt-5250, DI*
wPt , AA
wPt , 2008
wPt-4134_ML1, 2008
wPt-8349, AA
wPt-4301, DI
wPt-7320, PHS
wPt , 2010
wPt-0408_ML1, 2010*, CD
tPt-9065, 2008
wPt-6174, AA, CD
wPt-8548, AA
wPt , 2008, 2010
wPt-2430, 2008*, CD*
wPt-9350, PHS
wPt , 1978*, PHS*
wPt , 1978, PHS*
wPt-8460, 1978, PHS*
wPt , AA, CD
wPt , 1978, 2008*
wPt-7200, PHS
wPt-0473, 2008
wPt-0189, PHS
tPt-4125_ML1, 2008
wPt-0489, 2010
wPt-7305, PHS
wPt-0906, PHS*
wPt-8693, 2008, AA, CD*
wPt-1646, 2010,
wPt-5128, DI, PHS
wPt-5989, 2010
tPt-5438, AA, PHS
wPt-9190, PHS
wPt , 1978
wPt , 1978*
wPt-2397, 1978
wPt-0948, 1978
(wPt-0471, ), DI
wPt _ML1, 1978*, DI
wPt _ML1, 1978*
wPt-6775_ML2, 1978
wPt _ML2, 1978
(wPt-3695, ), 1978*, DI
wPt , DI
0.2
4.2
5.2
10.6
14.5
24.7
29.3
31.1
31.7
34.1
44.3
47.0
52.3
59.7
63.2
64.6
72.8
74.8
74.9
76.6
77.1
80.4
81.3
82.0
85.1
86.5
86.9
87.8
89.1
89.3
96.5
97.2
97.6
101.6
102.7
106.4
106.6
107.3
118.6
123.3
125.2
126.9
129.9
Supplementary figure 4. Continued
48.9
60.2
69.0
73.0
80.3
82.2
95.6
98.1
99.0
101.0
101.2
101.3
102.6
103.5
104.2 2D
wPt , 2010*
wPt , 2008
wPt-6574, PHS
(wPt , ), PHS
wPt , 2010, PHS*
wPt , PHS
wPt-6847, PHS*
wPt , PHS*
wPt , AA
wPt-6452, PHS
wPt , PHS
wPt , PHS
wPt , 1978*, DI
wPt _ML2, 1978*
wPt _ML2, 2008
wPt , PHS
wPt , 2010*, AA
(wPt , , ), PHS
wPt-8319, PHS
wPt , 2010*
wPt , 2010
wPt , PHS*
wPt-5586, PHS*
wPt , PHS*
(wPt-4329, -6064),PHS 3A
33.5
35.1
35.8
40.7
44.1
46.7
50.4
56.2
56.9
71.0
79.7
80.8
98.8
132.2
158.4
176.4
186.0
188.9
213.2
213.3
52.2
wPt-7217, 2010
wPt , 2010
wPt-2253, 2010, DI
wPt-9634, 1978
wPt-6854, AA
wPt-2748_ML1, CD
wPt-8855_ML1 , CD
wPt-10311_ML1, AA
wPt-9928, AA*
wPt-1464, AA*
wPt-7341, CD
wPt-0951, 2008
wPt-0714, AA*, CD
wPt ,AA, CD
wPt-4407, 2010
wPt-8593, 2010
(wPt-1681,-2755, -7756), 2010, DI*
wPt-7608_ML1, DI*, PHS
wPt-2202_ML1, 2010, CD, PHS*
wPt , DI
wPt-7340, CD
wPt-8892_ML1, 2010, AA, CD
(tPt-9901, wPt-4128), 1978, 2008
wPt-0398, 2008
wPt-9160, 2008 3B
133.2
20.3
24.9
34.6
37.2
39.0
49.0
51.5
53.1
53.7
54.3
56.5
57.7
58.3
67.5
75.0
75.4
79.0
79.2
85.4
86.0
132.1
135.5
58.7
136.8
136.3
94.7
wPt , 2010, PHS
wPt-10311_ML2, AA
wPt-2748_ML2, CD
(wPt-0013, -0895, -2298, -2766, ), AA, CD
(wPt-2193, ), CD
wPt-6239, 2008
wPt , 2008, PHS
wPt-7486, AA, CD
wPt-10005, 1978
wPt-1191, 2010
(wPt-1484, -6216, -9579), 2008
tPt-1366, CD, PHS
wPt-5105, 2008, PHS
wPt-6945, PHS*
wPt- 7015, 2008, PHS
wPt-9170, 2008, 2010, PHS*
wPt-1158, AA, CD, PHS
wPt-0327, AA*, CD
(wPt-5939, -7152), AA*
wPt-9432_ML2, 1978
wPt-10458, CD
wPt-7024_ML2, 1978
wPt-2372, DI, PHS
wPt-5786, 2010, CD, DI, PHS
wPt-2202_ML2, 2010, CD, PHS*
wPt-0644_ML1, 1978
wPt-7688, PHS*
(wPt-10276_ML1, ), 2008
wPt-0065, AA
wPt-3725, DI
wPt-5704, PHS
(tPt-4541, wPt-10071), AA
wPt-4412, DI
wPt , AA*
wPt-8352, AA
wPt-8412_ML1, CD
wPt-9788_ML1, CD
wPt-8855_ML2, CD
wPt , 2008, PHS
wPt-6973, 2008, PHS

29. 3D 4A 4B 4D 5A Supplementary figure 4. Continued 11.0 16.5 18.5 26.2
37.5
39.4
41.2
43.0
49.8
50.9
52.6 3D
wPt-1516, 2008
wPt-9810, 2010
wPt , 2010
wPt , 2010
wPt , 2010
wPt , CD
(wPt , ), CD
wPt , CD
wPt , CD
wPt , CD
wPt , CD
wPt , CD
(wPt-4292, -5215), CD
wPt-4476, CD
wPt-7334, CD
68.1
83.1
84.4
84.7
87.8
90.6
91.1
100.9
102.7
103.0
103.4
104.6
105.8
106.9 4A
tPt-9400, 2008, DI
wPt-2903, PHS
wPt , PHS
wPt-2909_ML1, DI
(wPt , -5003), PHS
wPt-2780_ML1, 2010*
wPt-9305, DI, PHS*
wPt _ML1, 2010*, CD
(wPt-6390, -7876), 2010
wPt _ML1,1978, 2010
wPt-0023, 2010
wPt-0447, 1978, 2010
rPt-0238, 2010
wPt , AA
wPt-1161, 1978
14.9
15.5
16.6
57.8
61.3
67.8
68.7
94.1
97.0 4B
(wPt-4280, ), AA
wPt-9118, AA
(wPt-1272, , ), AA
wPt-8892_ML2, 2010, AA, CD
wPt , 2008
tPt-4125_ML2, 2008
wPt-6209, PHS
wPt , DI, PHS*
wPt-5303, 2010
(wPt , ), AA
wPt-4572, 1978
6.2 4D
23.3
35.6
40.6
40.8
41.1
42.3
45.3
50.5
112.4
122.8
123.7 5A
wPt-9748, DI
wPt , PHS
wPt , 2008*, AA
wPt , 2008*
wPt-7769, 2008*
wPt-3187, 1978, 2010
wPt-3509, 1978*
wPt-8226, DI
wPt-8794, 2008
wPt-3334_ML1, 1978, CD
wPt-5096, CD
wPt , 2008*
wPt-1200, 1978*
wPt-2873, 1978
Supplementary figure 4. Continued

30. 5D 5B 6A 6B Supplementary figure 4. Continued wPt-7323, 1978, CD
wPt-2256, DI
wPt-9788_ML2, CD
30.1
57.8
161.7 5D
29.4
37.5
43.2
44.5
53.5
54.2
60.3
69.3
69.9
73.0
73.9
76.4
93.7
97.3
150.5
154.7
155.3
156.3
162.3 5B
(wPt-5120, -7029), PHS
tPt-0228, 2008
wPt-6498_ML1, DI
(wPt , ), AA
wPt-5514, 1978*
tPt-7755, PHS
wPt , 1978*
wPt-4628, DI*, PHS*
wPt-2607 , DI*, PHS
wPt-7101 , DI
wPt-3457, PHS
wPt-4246, AA, CD
wPt-6135, DI*, PHS
wPt-5896, PHS
wPt-3763, DI
(wPt-2804, -4091, ), PHS
wPt-7238, 1978, PHS
wPt-7665, 1978
wPt-9116, 1978
(wPt-4551, -7400, ), 2008*
wPt-8449, DI
(wPt-5604, -5928), DI*
1.3
3.2
6.3
10.8
15.5
15.6
16.2
17.0
20.2
22.7
23.5
24.1
27.0
30.3
31.5
36.7
36.9
45.3
48.2
48.7
49.1
50.0
92.3
93.0
96.3
99.7
104.0
105.5
107.7
107.9
108.3 6A
wPt , CD*
wPt , 2010
wPt-9832, DI
wPt-7840, CD
wPt , AA
wPt-8719, 2010
(rPt-9065, , ), 2008*
wPt-9679, 2008*; wPt , 2008
wPt , CD
(tPt-2833, wPt ), 2008, 2010
wPt-3605_ML1, 2008, DI, PHS*
(wPt-2822, -3965), 1978
(wPt , ), 1978
wPt-9132, DI*, PHS*
wPt , 1978
wPt , 2010, DI, PHS
wPt , DI, PHS*
wPt , PHS
wPt , DI, PHS
wPt , DI, PHS
wPt , DI, PHS*
wPt , CD, PHS
wPt , 2010
(wPt-0902, -7857), DI
(wPt , , ), DI
tPt-8557, PHS
wPt , 2010
wPt _ML2, 2010*, CD
(wPt-5696, ), 2010
wPt , AA*, CD*
(wPt , ), 2010
(wPt , -9976), 2010
wPt , 2010
wPt-4229, 2010, CD*
wPt-8124, 2008, AA, CD*
wPt _ ML1, ), AA
tPt-6661, 2010*, CD
wPt-1661, CD
wPt , DI*, PHS*
(wPt-8539, -9131_ML2), 1978*
9.2
11.7
12.0
12.8
15.9
21.2
23.4
33.9
36.1
37.6
50.5
51.5
57.2
64.4
65.7
66.4
68.7
82.2
83.0
100.7
111.9
113.9
117.1
119.8
127.8
133.1 6B
wPt-5971, 2008
wPt-7711, 2010
(wPt , _ML1), 2010
wPt-1756, CD, PHS
wPt-4900, PHS
wPt-4706, 2010
wPt-6674, 2010, CD
wPt-4119, 1978
wPt-3605_ML2, 2008, DI, PHS *
(wPt-4858, -7576), DI
wPt-5333, 2010
(wPt-5408, _ML2), CD
(wPt-8721, -9195), 2008*
wPt-9784, PHS
wPt-0644_ML2, 1978
wPt-3581, 2010
wPt-3168, 2008*, 2010
wPt-9881, 2010, DI
wPt-8892_ML3, 2010, AA, CD
wPt-10276_ML2, 2008
wPt-10455_ML2, 2008
wPt , 2010
wPt _ML2, AA
wPt-4164, 2008
wPt-9952, 2008
wPt-0406, 1978
wPt-1761_ML1, 2008, DI*
wPt-4662, 2008
wPt , 2008
Supplementary figure 4. Continued

31. 6D 7A 7B 7D Supplementary figure 4. Continued 3.1 3.2 97.2 102.4 106.9
108.2
128.4 6D
wPt-2864, 1978, 2008
wPt , 1978, 2008
wPt-1314, CD
wPt-3334_ML2, 1978, CD
wPt , CD*
wPt-6978, CD
(wPt , ), CD
wPt-1761_ML2, 2008, DI*
wPt , AA
wPt-3350, CD* 7A
wPt-6417, 2008
tPt-9405_ML2, PHS
wPt-6967, 1978
(wPt-7113_ML1, -8149), 1978*
wPt _ML2, 1978*, 2010
wPt-2371, , 2010
wPt-0303_ML1, 2008
wPt-7608_ML2, DI*
wPt , 1978
wPt-4515, CD, DI, PHS
wPt-0321, 1978
wPt , 1978
tPt-2230, DI
(wPt-2100, -4637), DI
(wPt-4796, -6083), DI
wPt-0205, CD
wPt-0514, 2010
wPt-0275, CD
wPt-4009, PHS
wPt-7053, CD*
wPt-4831, 2010
wPt-6620, 2010
wPt , 2008
wPt- 8043, 1978*
wPt-2780_ML2, 2010*
9.7
10.3
10.5
10.6
10.8
11.5
12.0
52.4
55.1
67.2
68.1
85.8
86.5
90.1
91.8
110.2
122.3
158.3
87.5
13.0
69.6
106.8
137.6
145.4
147.6
149.4
155.1
158.0
185.5
190.9
201.6
210.9
212.6
212.8
214.1
214.2
214.8
218.2
218.3
219.3
220.3
221.7
233.4 7B
wPt-6936, 1978
wPt-7318, 2010, PHS
wPt-4863_ML2, 1978*, 2008*
wPt-2737, DI
wPt-6498_ML2, DI
wPt-7242_ML2, PHS
wPt-8981, DI
wPt-6463, 2010, DI, PHS*
(wPt-2273, -2994), 2008*, DI*
wPt-4045, PHS
wPt-9987, 2008*, CD
wPt-3093, 1978
wPt-7720, AA
wPt-0408_ML2, 2010*, CD
wPt-3190, CD
wPt-6484, CD*
wPt , CD
wPt-1957, CD
wPt-5462, CD
wPt-8246, AA
wPt-8803, AA
wPt-2933 , AA
wPt-7113_ML2, 1978*
(wPt-4134_ML2, -7471), 2008
wPt _ML2, 2010
1.0
4.0
4.5
5.0
55.9
115.0 7D
wPt , AA
wPt-0303_ML2, 2008
wPt-0934, 2008
wPt , 2008
wPt , 2010
wPt , 2010
wPt-0789, 1978
(wPt-0231, ), CD
Supplementary figure 4. Continued