1. Hľadanie motívov v reťazcoch DNA
Róbert Cuprik
Vedúci práce: Návrat Pavol, prof. Ing. PhD.

2. DNA motív Krátky podreťazec Normálne 5 – 20 bázových párov (bp)
Opakuje sa v rôznych génoch alebo v rámci génu
Mutácie – insertion/deletion/substitution

3. DNA motív
Mutácie – insertion/deletion/substitution

4. DNA motív

5. DNA motív

6. DNA motív

7. Rojová inteligencia Multiagentový systém Nie je riadený centrálne
Agent alebo jeho poloha predstavuje jedno možné riešenie problému
Agenti interagujú a menia svoj stav

8. MOABC Comparing multiobjective swarm intelligence metaheuristics
for DNA motif discovery ́
David L. Gonzalez-Alvarez n, Miguel A. Vega-Rodrıguez, Juan A. Gomez-Pulido, Juan M. Sanchez-Perez

9. MOABC Opposition based lévy flight artificial bee colony
Harish Sharma · Jagdish Chand Bansal · K. V. Arya

10. MOABC Objectives : Constraints : Length of motif Support Similiarity
Motif length
Minimum Support value
Complexity
Comparing multiobjective swarm intelligence metaheuristics
for DNA motif discovery ́
David L. Gonzalez-Alvarez n, Miguel A. Vega-Rodrıguez, Juan A. Gomez-Pulido, Juan M. Sanchez-Perez

11. MOABC Comparing multiobjective swarm intelligence metaheuristics
for DNA motif discovery ́
David L. Gonzalez-Alvarez n, Miguel A. Vega-Rodrıguez, Juan A. Gomez-Pulido, Juan M. Sanchez-Perez

12. MOABC Objectives : Constraints :
Length of motif – dané zdrojom potravy
Support – v koľkých sekvenciách sa nachádza
Similiarity – z PFM
Constraints :
Motif length
Minimum Support value
Complexity
Comparing multiobjective swarm intelligence metaheuristics
for DNA motif discovery ́
David L. Gonzalez-Alvarez n, Miguel A. Vega-Rodrıguez, Juan A. Gomez-Pulido, Juan M. Sanchez-Perez

13. Dominancia
v1 = (0.9, 0.8, 0.9)
v2 = (0.8, 0.9, 0.8)
v3 = (0.5, 0.5, 0.5)
v1 > v3
v2 > v3
2* > 2*

14. MOABC

15. MOABC Opposition based lévy flight artificial bee colony
Harish Sharma · Jagdish Chand Bansal · K. V. Arya

16. OBOM Vyrobíme op včely Zoradíme ich spolu s originálmi
Vrátime n najlepších

17. Evaluácia http://bio.cs.washington.edu/assessment/
Human, mouse, fly, yeast
Real
Generic
Markov chain

20. Ďakujem za pozornosť