1. Analiza cenzuriranih podataka i krivulje preživljenja
PDDS Biologija novotvorina
Analiza medicinskih podataka, akad.g /2008.
Analiza cenzuriranih podataka i krivulje preživljenja
Ivica Lukšić, Mladen Petrovečki
Klinika za kirurgiju čeljusti i lica, Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu
Katedra za medicinsku informatiku, Medicinski fakultet Sveučilišta u Rijeci
Klinička bolnica Dubrava, Zagreb

2. probrano za objavu na mrežnim stranicama

3. Analiza preživljenja temeljni pojmovi
izračun vjerojatnosti preživljenja
tablice preživljenja
Kaplan-Meierov postupak
rizik umiranja
programska potpora
usporedba podataka o preživljenju
statističko zaključivanje
regresijska analiza cenzuriranih podataka

4. Svako istraživanje u kliničkoj onkologiji je studija o preživljenju!!
Analiza preživljenja
satističke metode kojima se prikazuju podaci o preživljenju
podaci iz laboratorijskih ispitivanja na životinjama ili kliničkih i epidemioloških studija
podaci o preživljenju mogu se odnositi na akutne ili kronične bolesti
Svako istraživanje u kliničkoj onkologiji je studija o preživljenju!!

5. Prvo kliničko istraživanje
James Lind
1747. prvo kliničko istraživanje u povijesti medicine:
12 mornara oboljelih od skorbuta u 6 skupina:
1 – jabučni ocat
2 – ulje vitriola (sumporna kiselina)
3 – vinski ocat
4 – morska voda
5 – 2 naranče i 1 limun
6 – ječam začinjen mirodijama

6. Prvo kliničko istraživanje
James Lind
1747. prvo kliničko istraživanje u povijesti medicine:
12 mornara oboljelih od skorbuta u 6 skupina:
1 – jabučni ocat - poboljšanje
2 – ulje vitriola (sumporna kiselina)
3 – vinski ocat
4 – morska voda
5 – 2 naranče i 1 limun - izlječenje za 6 dana!!
6 – ječam začinjen mirodijama
kiseline spriječavaju truljenje tkiva (vitamini još nepoznati)
agrumi preveniraju skorbut

7. Obrada podataka o preživljenju
analiza preživljenja (survival analysis)
ponekad
analiza tablica preživljenja
analiza osiguravateljskih (aktuarskih) podataka (actuarial analysis)

8. Aktuarske tablice preživljenja (tablice smrtnosti)

9. Analiza preživljenja
analiza podataka vezanih uz vremensko praćenje događaja
dvije točke praćenja:
početak (P) (time origin)
kraj (K) (end point)
P K
vrijeme praćenja (follow-up)
vrijeme

10. Početak praćenja rođenje pojava znaka bolesti postavljanje dijagnoze
početak liječenja
dan operacije
P K
vrijeme praćenja
vrijeme

11. Kraj praćenja smrt od osnovne bolesti smrt (svi ostali uzroci)
ponovno javljanje bolesti
postizanje učinka liječenja
gubitak iz uzorka (ispitne skupine)
P K
vrijeme praćenja
vrijeme

12. Vrijeme praćenja raspodjela u pravilu nije simetrična
podaci su nepotpuni, praćenje je nepotpuno, “cenzurirano” (censored data)
vrijeme praćenja je varijabla precizno određena svojim početkom i točno definiranim krajem (početak istraživanja, datum operacije ili sl. do točno definiranog kraja perioda istraživanja)

13. Vrijeme praćenja podaci za primjere:
istraživanje karcinoma usne šupljine, Klinika za kirurgiju čeljusti i lica KB Dubrava, Zagreb
n = 52;
1. siječnja – 31. prosinca 2004.
reprezentativni probrani uzorak
dio populacije tog razdoblja
prva dg. karcinoma, bez regionalnih metastaza, itd.

14. Vrijeme praćenja
raspodjela u pravilu nije simetrična

15. Vrijeme praćenja potpuni podaci (potpuno praćenje) P1 K1 P2 K2 vrijeme
vrijeme istraživanja

16. Vrijeme praćenja
podaci su nepotpuni, praćenje je nepotpuno, “cenzurirano”
cenzurirano vrijeme praćenja = jedinka tijekom praćenja ne dostiže očekivani događaj
P K1
P2 K2
vrijeme
vrijeme istraživanja

17. Vrijeme praćenja
podaci su nepotpuni, praćenje je nepotpuno, “cenzurirano”
cenzurirano vrijeme praćenja = jedinka tijekom praćenja ne dostiže očekivani događaj
P K1
P gubitak (K2 = ?)
vrijeme
vrijeme istraživanja

18. Cenzuriranje događaj se ostvaruje = 1
sve ostalo = 0 (cenzurirani podaci)
kraj istraživanja (end of the study)
gubitak iz praćenja (lost to follow-up)
ostali događaji

19. “Izgubljen iz praćenja”
Figure 3. Outcome
The mean length of survival for our patients was 7 months. Patient 3 was lost to follow up.

20. Cenzuriranje: bolesnici s postavljenom dijagnozom (P) u zadanih pet godina
P K1 1 X
P K2 P3
P ??? (gubitak)
P smrt ≠ K5
vrijeme
1. siječnja vrijeme istraživanja prosinca 04.

21. Cenzuriranje: bolesnici liječeni u zadanom petogodišnjem razdoblju
P K1 1
P K2 P3
P ??? (gubitak)
P smrt ≠ K5
vrijeme
1. siječnja vrijeme istraživanja prosinca 04.

22. Cenzuriranje: bolesnici liječeni u zadanom petogodišnjem razdoblju
danas
P K1 1
P K2
P kraj istraživanja
P gubitak
P ostalo
vrijeme
vrijeme praćenja bolesnika (patient time)

23. Cenzuriranje nije lijevo neinformativno (non informative)
desno (right censoring)
nije lijevo
nije intervalno
neinformativno (non informative)
nije “informativno”
vrijeme preživljenja neke jedinke neovisno je od svakog mogućeg mehanizma koji može uzrokovati da ista jedinka bude cenzurirana (npr. cenzuriranje bolesnika s pogoršanjem zdravstvenog stanja)

24. Zaključak: podaci o preživljenju
vjerojatnost preživljenja
S(t)
rizik umiranja
H(t) = - log S(t)

25. Izračunavanje preživljenja
neparametrijski postupci
Cutler - Edererov postupak (tablice preživljenja)
Kaplan - Meireov postupak
parametrijski

26. Tablice preživljenja
osiguravateljske tablice
tablice smrtnosti

27. Kako do preživljenja? upis podataka preuređenje podataka
izračun podataka

28. Kaplan-Meierov postupak
nema zadane intervale praćenja
vjerojatnost preživljenja se izračunava za svakog bolesnika koji umre
cenzurirani ispitanici nisu dio izračunavanja vjerojatnosti
dugotrajno izračunavanje kod velikih skupina ispitanika

29. Preživljenje generalno: preživljenje (survival) praćenje početak
smrt od osnovne bolesti
posebno: preživljenje bez znakova bolesti (disease-free survival - DFS)
relaps bolesti ili smrt od osnovne bolesti

30. Literatura External links The International Biometric Society
BIOREL resource for quantitative estimation of the gene network bias in relation to available database information
The American Statistical Association
The Royal Statistical Society
The Collection of Biostatistics Research Archive
The American Association of Schools of Public Health
Journals
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology
Statistics in Medicine
The International Journal of Biostatistics
Journal of Biopharmaceutical Statistics
Biostatistics
Biometrics
Biometrika
Biometrical Journal
Retrieved from "
Take Out