1. اجزای کمپلکس همانند سازی

3. DnaB and DnaC DnaB همان هلیکاز است
در ویروس SV40 پروتئین T یا همان T antigen
در مخمر ORC
در فاژ لاندا O-protein

4. SSBP Single strand Binding protein ناپایدار کننده مارپیچ تترامر
در یوکاریوتها: RFA
Replication factor A
ترایمر

5. پرایماز و پرایموزوم کمپلکس پرایموزوم آنزیم پرایماز DnaG
پروتئین های n₺,n´,n,i که پروتئین i بنام DnaT
کمپلکس پری پرایموزوم و پرایموزوم؟
پس از تشکیل پری پرایموزوم DnaG آن را شناخته و پرایموزوم شکل می گیرد.

6. پروتئین n´ فعالیت هلیکازی وابسته به ATP دارد و می تواند ssbpها را از DNA جدا کند که جهت ادامه حرکت لازم است
پرایماز تولید RNA به اندازه 3-4 الی نوکلئوتید

7. rep فعالیت مشابه هلیکاز یا همان DnaB اما با سرعت بیشتر
نظریه: این پروتئین روی رشته پیشرو و هلیکاز روی رشته پیرو.

8. متیلازها، استیلازها(بیشتر در رونویسی) و فسفریلازها با اعمال متیلاسیون، استیلاسیون و فسفریلاسیون پروتئینهای هیستونی و شبه هیستونی موجب جدایی آنها از DNA شده و رهایی DNA
پروتئینهای Remodeling در این مرحله وارد عمل می شوند.

9. توپوایزومرازها حالت طبیعی DNA بنام relax که همان فرم واتسون و کریک است
ابرمارپیچ مثبت-S
ابرمارپیچ منفی+S
نوع مثبت در جلو چنگال همانند سازی تشکیل میشود
ابرمارپیچهای مثبت و منفی ایزومرهای توپولوژیک هم هستند و توپوایزومرازها این دو فرم را به هم تبدیل میکنند

11. توپوایزومرازها
توپوایزومراز نوع I توپوایزومراز نوعII توپوایزومراز نوعIII توپوایزومراز نوعIV

12. توپوایزومراز نوع I توپوایزومراز نوع I با نام پروتئین امگا ω
نیاز به منبع انرژی ندارد
حذف سوپرکویل منفی و مثبت و ایجاد ریلکس
اتصال به DNA
قطع زنجیره
اتصال به گروه فسفات DNA واکنش ترانس استریفیکاسیون
لیگاسیون یا لایگیشن

13. توپوایزومراز نوعII تترامرA2B2 DNA gyrase نیازمند ATP و ATPase
ریلکس را به ابرمارپیچ منفی تبدیل میکند
در تبدیل ابرمارپیچ مثبت و منفی به ریلکس
برش در هر دو رشته میزند
زیرواحد A در برش اتصالات فسفو دی استر
زیرواحد B در هیدرولیز ATP

14. توپوایزومراز نوعIII سوپرکویل منفی به ریلکس
مثل نوع یک به انرژی نیاز ندارد

15. توپوایزومراز نوعIV نوعی توپوایزومرازII سوپر کویل منفی به ریلکس
دکاتناسیون Decatenation یا جدا کردن دو مولکول حلقوی از هم

16. Reverse gyrase در آرکی باکترها تبدیل ریلکس به سوپرکویل
در حفظ DNA این باکتریها در مقابل شرایط نامطلوب در دمای بالا و pH پایین

17. مهارکننده توپوایزومرازها
مهارکننده ها خاصیت ضدمیکروبی و ضد توموری
کامتوتسین مهارکننده توپوایزومرازهای باکتریایی
نووبیوسین
نالیدیگزیک
اوروترام و نگرام در درمان عفونت ادراری اشرشیا

18. هلیکازها
در محلی قرار میگیرد که قبلا توپوایزومرازها پیوندها را سست کرده اند(یکی دیگر ازاعمال توپوایزومرازها)
سه گروه I,II,III
پروتئینهای rep نوع سوم هستند که همراه پرایماز عمل می کنند
هلیکاز T4 نوع II
MCM و DnaZ و هلیکاز بتا انواع یوکاریوتی

19. لیگاز برقراری پیوند فسفو دی استر پس از حذف RNA نیازمند انرژی
در باکتری از NAD
در پستانداران و برخی فاژها از ATP

20. DNA پلیمرازها پروکاریوتها 3 تا 5 نوع آنزیم
انواع I,II,IIIخاصیت پلی مرازی و اگزونوکلئازی
توسط خاصیت اگزونوکائازی تصحیح انجام میشودproof reading
انواع IV,V در سال 1999 شناخته شده مسئول تعمییر آسیبهای غیرمعمول

21. DNA polymerase I توسط آرتور کورنبرگ کشف شد
هر مولکول آن یک اتم رویZn دارد
برای عمل نیازمند Mg است
توسط پروتئاز دو قطعه می شود
قطعه کوچک اگزونوکلئاز-ترمیم-حذف پرایمر
قطعه بزرگ کلنو نام دارد-پلیمراز و اگزونوکلئاز

22. DNA polymerase II فعالیت اگزونوکلئازی – ترمیم ضایعات فیزیکی و شیمیایی
در جایگاه فعال خود گروه سولفیدریل دارد
یدواستات آن را متوقف میکند

23. DNA polymerase III
آنزیم اصلی همانند سازی
سرعت بالاتر پلیمریزاسیون

24. DNA polymerases DNA polymerase III DNA polymerase I 1000 bases/second!
Roger Kornberg
2006
DNA polymerase III
1000 bases/second!
main DNA builder
DNA polymerase I
20 bases/second
editing, repair & primer removal
Arthur Kornberg
1959
DNA polymerase III enzyme
In 1953, Kornberg was appointed head of the Department of Microbiology in the Washington University School of Medicine in St. Louis. It was here that he isolated DNA polymerase I and showed that life (DNA) can be made in a test tube. In 1959, Kornberg shared the Nobel Prize for Physiology or Medicine with Severo Ochoa — Kornberg for the enzymatic synthesis of DNA, Ochoa for the enzymatic synthesis of RNA.

25. Editing & proofreading DNA
1000 bases/second = lots of typos!
DNA polymerase I
proofreads & corrects typos
repairs mismatched bases
removes abnormal bases
repairs damage throughout life
reduces error rate from 1 in 10,000 to 1 in 100 million bases

26. DNA polymerase III پلیمرازی و اگزونوکلئازی پلیمریزاسیون و تعمیر
حداقل ده زیرواحد پروتئینی
زیرواحدهای آلفاα اپسیلونε و تتاθ زیرواحد های اصلی

27. DNA polymerase III زیرواحد آلفا پلیمراز زیرواحد اپسیلون اگزونوکلئازی
زیرواحد تتا در تشکیل کمپلکس
دیگر زیرواحدها نقش کمکی یا auxiliary subunit
دیگر زیرواحدها تسریع پلیمراز
هولوآنزیم دارای دو پلیمراز و زیرواحدای دیگر است

28. DNA پلیمرازهای یوکاریوتی
انواع:
آلفا
بتا
دلتا
گاما
اپسیلون
تتا
کای
...

29. DNA پلیمرازآلفا 4 و یا 5 زیرواحد پلیمرازی پرایمازی
زیرواحد p47 ,p55 فعالیت پرایمازی
زیرواحد p180 فعالیت پلیمرازی
ناتوان از تصحیح
ابتدا وارد عمل می شود و سپس نوع دلتا جایگزین میشود

30. DNA پلیمرازدلتا سه زیر واحد بخش عمده سنتز DNA در سلول های یوکاریوتی
فعالیتش وابسته به PCNA است که خود ترایمر است
Proliferation cell nuclear antigen
PCNA در پدیده rolling clampنقش دارد که در ازدیاد پیشروی پلیمراز نقش دارد
خاصیت اگزونوکلئازی
تصحیح

31. Proliferation cell nuclear antigen (PCNA)
جایگاه نشانه برای اتصال لیگاز
نقش در ترمیم بازهای ناجور
نشانه برای برداشته شدن RNA یا همان پرایمر
در chromatin assembly یعنی برای اتصال هیستون PCNA توسط chromatin assembly factor-1 شناسایی می شود

32. DNA پلیمرازاپسیلون چهار زیرواحد پلیمرازی و اگزونوکلئازی
تصحیح اشتباه دارد
در ترمیم به دو صورت مستقل و وابسته به PCNA عمل میکند

33. DNA پلیمرازبتا منومر پلیمرازی عمل در محل گپ های ایجاد شده
Nick translation

34. DNA پلیمرازگاما سه زیر واحد ؟ میتوکندری و کلروپلاست
پلیمرازی و اگزونوکلئازی
تصحیح

35. همانند سازی
آغاز initiation
طویل شدن elongation
پایان termination

36. شروع

37. نکات سنتز DNA از ................آغاز می شود. مبدا همانند سازی
معمولا نواحی همانند سازی AT بیشتری دارند
ژنوم باکتری یک مبدا و انسان مبدا همانند سازی دارند

38. Replication Origin Site where replication begins
1 in E. coli
1,000s in human
Strands are separated to allow replication machinery contact with the DNA
Many A-T base pairs because easier to break 2 H-bonds that 3 H-bonds
Note anti-parallel chains

39. Figure 15.9a Genomes 3 (© Garland Science 2007)

40. رپلیکون: هر جایگاه همانند سازی در یوکاریوت
رپلیکون دومین: مجموع 7 تا 10 رپلیکون با یک مبدا
DnaA
DnaA

41. نواحی 9 و 13 مری
DnaA

42. طویل شدن
جلسه پیش

43. پایان همانند سازی توالیهای termination TerA,TerB,TerC,TerD,TerG,TerF
پروتئین Tus
Terminus Utilization substance

44. Figure 15.21 Genomes 3 (© Garland Science 2007)

45. Figure 15.22a Genomes 3 (© Garland Science 2007)

47. Figure 15.22b Genomes 3 (© Garland Science 2007)

48. در یوکاریوتها
پایان زمانی است که همه رپلیکونها همانندسازی کرده باشند

49. همانند سازی کروماتین همانند سازیDNA و هیستونها
همانند سازی هیستونها در G1 تا G2
پروتئینهای CAF1,پروتئین تجمع هسته ایNAP و نوکلئوپلاسمین NPL و پروتئینهای N1,N2 در انتقال هیستون و تشکیل نوکلئوزوم نقش دارند
CAF1 هیستونهای H3,H4 را از سیتوپلاسم به هسته منتقل میکند
استیلاسیون هیستونها میل آنها را به CAF1 زیاد میکند

50. NAP هیستونهای منتقل شده توسط N1,N2,NPL را گرفته و به DNA منتقل میکند

51. Figure 15.8a Genomes 3 (© Garland Science 2007)

52. Figure 15.8b Genomes 3 (© Garland Science 2007)

53. Figure 15.6 Genomes 3 (© Garland Science 2007)

54. میتوکندری
در اواخر G1 و ابتدای S همانند سازی میکنند و در G2 دوبرابر میتوکندری داریم
روش D-Loop
گاما
کنکاتامر

55. دایره چرخان در پلاسمیدها-برخی ویروسها آندونوکلئاز برش میزند
پلیمراز iii وارد عمل میشود
مدل سیگما هم گفته میشود

56. Figure 15.7 Genomes 3 (© Garland Science 2007)

57. ترمیم DNA ترمیم مستقیم آسیب ترمیم به روش حذف نوکلئوتیدی
سیستمNER پروکاریوتی و یوکاریوتی
ترمیم به روش برش باز
ترمیم به روش جفت ناجور
ترمیم شکست دو رشته
سیستم SOS