Výročný seminár ÚEF SAV

Výročný seminár ÚEF SAV
Oddelenie biofyziky Prehľad výsledkov 2017 Oddelenie biofyziky,

OBF - Personálne zloženie
VP – 13 FTE ~ 11.86 Vedeckí pracovníci Antalík Marián - 0.5 Antošová Andrea - od 09/2017- návrat po MD Bednáriková Zuzana, Schwarzov fond Fedunová Diana Gažová Zuzana Kubacková Jana Keša Peter (01-08/2017), réžia/APVV Marek Jozef Musatov Andrey Pudlák Michal Šipošová Katarína, Schwarzov fond Tomori Zoltán – 0.5 (PN) Valušová Eva Doktorandi SAV D Miroslav Gančár SAV D Vladimír Vaník UPJŠ D Matej Nikorovič APVV ZT UPJŠ D Katarína Uličná UPJŠ D Veronika Lysáková Laborantky-techničky Sedláková Dagmar Švarcbergerová Dana Ostatní zamestnanci Ivančáková Martina Vedecko-technický pracovník - 1 Hrmo Igor Oddelenie biofyziky,

OBF – výskumné skupiny Stabilita proteínov – metamateriály – nanočastice Amyloidné štruktúry proteínov Bioenergetika bunky a oxidačný stres – Interakcia proteínov a fosfolipidov Biomedicínska analýza obrazu mikro/nanorobotika Transport elektrónov vo fotosyntetických reakčných centrách – Grafén Antalík M. Gažová Z. Musatov A. Tomori Z. Pudlák M. Oddelenie biofyziky,

Počet WOS publikácií 2017, klasifikácia podľa SCIMAGO
Oddelenie – OBF Vysvetlivky: všetko sa vzťahuje na celé oddelenie. H – počet vysokoškolákov (V – vedci, riešitelia projektov, T – technický prac. S VŠ), J – zamestnanci so stredoškolským vzdelaním, K – FTE riešiteľov projektov A B C D E F G H J K Počet WOS publikácií 2017, klasifikácia podľa SCIMAGO Počet APVV A/B Bilateral BAPVV/MAD Počet COST, ...iné Počet EU 2020 R/P Počet PhD Počet VŠ V/T Počet SŠ FTE Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P Oddelenie CELKOVO 11 5 - - 16 7 1+1/0 1x bilateral 1x MAD 1x COST 1x Taiwan 6x VEGA 1x MÚ 0/ 6 podaných 11+ 2 DrSc 18/1 2 11.86 FTE = 11.86 oddelenie / FTE 0.93 1.35 0.6 Najcitovanejší autor oddelenia: Z. Gažová (82 citácií, z toho 45 s afiliáciou ÚEF) Autor s najväčším počtom publikácií: Z. Gažová; 5x Q1 a 2x Q2 Publikácie s počtom citácií: 3x bez afiliácie ÚEF 2x bez afiliácie ÚEF 1x s afiliáciou ÚEF 2x s afiliáciou ÚEF Oddelenie biofyziky,

Stabilita proteínov, metamateriály, nanočastice
Antalík, Keša, Valušová, Hrmo Výsledky skupiny rok 2017 Skupina Meno, vek, FTE Počet WOS publikácií 2017, klasifikácia podľa SCIMAGO Počet APVV A/B Bilateral BAPVV/MAD Počet COST ...iné Počet EU 2020 R/P Počet PhD Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P Stabilita proteínov, metamateriály, nanočastice 1* - 2* 1A spoluriešitelia 1 VEGA 3 FTE = 1.55 Skupina / FTE -- 1.3 vek FTE celk WOS publ. Publikácie za rok 2017 (sumárne-individuálne príspevky) Počet PhD 2017 Celkový počet citácií Počet citácií 2016 h-index WOS Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P M. Antalík 65 0.5 115 1 2 3 867 31/53 19 P. Keša 29 0.22 5 5 E. Valušová 45 13 35 6 I. Hrmo 59 0.33 - 15 *Celkový počet publikácií 1+ 1 Oddelenie biofyziky,

Stabilita proteínov – metamateriály - nanočastice
Antalík, Keša, Valušová, Hrmo Publikácie – kategória ADCA 1) Dosiahnuté výsledky a iné aktivity v tomto období: 1) Vedecké výstupy, publikácie (aj zaslané a ich status): 2 (2017) + 2 (2018) Peter Keša, Marián Antalík (2017) „Determination of pKa constants of hypericin in aqueous solution of the anti-allergic hydrotropic drug Cromolyn disodium salt“ Chemical Physics Letters 676, 112–117; Q2 Peter Kesa, Mangesh Bhide, Veronika Lysakova, Andrej Musatov (2017) „Subunit analysis of mitochondrial cytochrome c oxidase and cytochrome bc1 by reversed-phase high-performance liquid chromatography“ Analytical Biochemistry 516, 6-8; Q2 E. Demkovičová, L. Bauer, P. Krafčíková, K. Tlučková, A. Halaganová, E. Kicková, P. Tóthová, E. Valušová, V. Víglasky – Telomeric G-quadruplexes: from Human to Tetrahymena repeats. In: Journal of Nucleic Acid; Q3 accepted 5 December 2017 P. Keša, D. Jancura, J. Kudláčová, E. Valušová, M. Antalík – Excitation of triplet states of hypericin in water mediated by hydrotropic cromolyn sodium salt. In: Spectrochimica Acta A. Q2 accepted 1 December 2017 Oddelenie biofyziky,

Antalík, Keša, Valušová, Hrmo 2) Ohlasy na vedecké výstupy, citácie: uviesť počet citácií WoS, SCOPUS resp. iných – za rok 2016 – bez samocitácií ktoréhokoľvek z autorov M. Antalík – 53 citácií, z toho 22 bez ÚEF E. Valušová – 5 citácií Najcitovanejší autor skupiny: M. Antalík Autor s najväčším počtom publikácií: M. Antalík Publikácie s počtom citácií: 100+ Koneracka, M, Kopcansky, P, Antalik, M, Timko, M, Ramchand, CN, Lobo, D, Mehta, RV, Upadhyay, RV - Immobilization of proteins and enzymes to fine magnetic particles. JMMM, (1999), Vol. 201, ; 169 citácií; s ÚEF Minarik, P, Tomaskova, N, Kollarova, M, Antalik, M - Malate dehydrogenases - Structure and function. Gen. Phys. And Biophys. (2002), Vol. 21 (3), ; 129 citácií, bez ÚEF 50+ - žiadne Oddelenie biofyziky,

Antalík, Keša, Valušová, Hrmo 3) Pozvané prednášky na medzinárodných a domácich vedeckých podujatiach: uviesť tiež orálne prezentácie a prezentované postery SSB, 2017, Košice Valušová E., Antalík M., Uličný, Kožár T. - CADD of Gold – core Nanoparticles for Biomedical Application. 10th International Conference: Structure and Stability of Biomacromolecules SSB 2017, september 2017, Košice; prednáška Suváková Mária, Kvaková Monika, Keša Peter, Antalík Marián - Antioxidation Properties of Disodium Cromoglicate and Its Utilization in Photodynamic Therapy with Hypericin. In: 10th International Conference: Structure and Stability of Biomacromolecules SSB 2017, september 2017, Košice; poster (In: Book of Contributions ISBN ) E.Valušová, M. Antalík, J. Uličný, T. Kožár: Theranostics for biomedical applications – CADD and CAND modeling, In: New trends in chemistry. Trends in chemistry, research and education at Faculty of Sciences of P. J. Šafárik University, Košice 2017, November 10, 2017. (In: Book of Contributions ISBN ) Oddelenie biofyziky,

Antalík, Keša, Valušová, Hrmo 4) Účasť na výskumných projektoch: uviesť názov projektu a funkciu v rámci projektu, podané projekty Národné projekty: VEGA 2/0038/16 „Supramolekulárne komplexy biomakromolekúl ” (2016 – 2019) Zodpovedný riešiteľ projektu: E. Valušová APVV „Nanočastice v anizotrópnych systémoch“ ( – ) Zodpovedný riešiteľ projektu: Doc. RNDr. Kopčanský P., CSc. Spoluriešitelia: M. Antalík, E. Valušová, P. Keša „Obrazová analýza mikroskopických častíc pri automatizácii optických manipulačných techník aplikovateľných v mikro/nanorobotike“ Zodpovedný riešiteľ projektu: Doc. Ing. Tomori, Z., CSc. Oddelenie biofyziky,

Antalík, Keša, Valušová, Hrmo 5) Pedagogická činnosť: uviesť vedenie doktorandov , diplomantov resp. Bc. prác (meno študenta), prednášky resp. cvičenia na vysokej škole (názov predmetu, počet hodín za semester) PhD práce: Roland Sůra - Integrácia kovových nanoklastrov do biopolymérov; Školiteľ: Prof. Ing. M. Antalík, DrSc. Mária Suváková - Štúdium vlastností aktívnych farmaceutických prídavkov na zvýšenie rozpustnosti liečiv; Monika Kvaková - Interakcie biopolymérov s nano- a mikročasticami; Diplomové práce: Roland Sůra, Využitie rýchlych kinetických metód pri štúdiu biochemických procesov PF UPJŠ, (obhájený 2017) Bakalárske práce: Katarína Korlová - Karotenoidy Jakub Olajoš - Biochémia konjugovaných molekúl obsahujúcich karboxylové skupiny Oddelenie biofyziky,

Antalík, Keša, Valušová, Hrmo 5) Pedagogická činnosť: uviesť vedenie doktorandov , diplomantov resp. Bc. prác (meno študenta), prednášky resp. cvičenia na vysokej škole (názov predmetu, počet hodín za semester) Pedagogická činnosť – výučba: Biochémia I - 2. ročník bakalárske š. ZS/2 hod./týždeň Biochémia II - 2. ročník bakalárske š. LS/2 hod./týždeň Biofyzikálna chémia I - 4. ročník magisterské š. Biofyzikálna chémia II - 4. ročník magisterské š. Biofyzikálna chémia - cvičenia 4. ročník magisterské š. 7) Vedecko-organizačná činnosť a iné: uviesť organizáciu konferencií (názov, úloha pri ich organizácii), recenziu článkov (uviesť časopis), recenziu projektov (druh projektu, napr. medzinár. projekty, VEGA, APVV, AVČR), oponovanie prác, účasť v rôznych orgánoch a komisiách (funkcia), administratívno-organizačné práce v rámci ústavu, riadenie činnosti a pod. M. Antalík: Garant doktorandského štúdia v odbore biochémia, garant magisterského štúdia v odbore biochémia, člen VR PF UPJŠ, recenzia projektov ( VEGA), oponovanie prác dizertačných, habilitačných, účasť v rôznych orgánoch a komisiách Oddelenie biofyziky,

Amyloidné štruktúry proteínov
Gažová Z., Fedunová D., Bednáriková Z., Kubacková J., Antošová A., Marek J., Hrmo I., Uličná K., Gančár M., V. Vaník Výsledky skupiny rok 2017 Skupina Meno, vek, FTE Počet WOS publikácií 2017, klasifikácia podľa SCIMAGO Počet APVV A/B Bilateral BAPVV MAD Počet COST ...iné Počet EU 2020 R/P Počet PhD Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P Amyloidné štruktúry proteínov Skupina celkovo 5 3 - 8 4 1A spoluriešitelia BAPVV-1 MAD-1 COST-1 TW 1 VEGA 2x MÚ dohoda 1x 0/5 FTE = 5.04 Skupina / FTE 1.0 0.6 - 1.6 0.8 Oddelenie biofyziky,

(sumárne-individuálne príspevky)
Amyloidné štruktúry proteínov Gažová Z., Fedunová D., Bednáriková Z., Kubacková J., Antošová A., Marek J., Hrmo I., Uličná K., Gančár M., V. Vaník vek FTE celk WOS publ. Publikácie za rok 2017 (sumárne-individuálne príspevky) Počet PhD 2017 Celkový počet citácií Počet citácií 2016 h-index WOS Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P Z. Gažová 56 1 52 5 2 7 4 2 678 82 14 D. Fedunová 46 17 - - - 1 130 13 6 Z. Bednáriková 29 15 3 0 0 36 11 J. Kubacková 33 0.67 45 A. Antošová 0.33 18 139 28 8 J. Marek 57 0.89 84 17 I. Hrmo 59 0.1 5 15 K. Uličná – D 27 0.05 M. Gančár – D 25 V. Vaník - D 24 Oddelenie biofyziky,

Gažová Z., Fedunová D., Bednáriková Z., Kubacková J., Antošová A., Marek J., Hrmo I., Uličná K., Gančár M., V. Vaník 1) Dosiahnuté výsledky a iné aktivity v tomto období: 1) Vedecké výstupy, publikácie (aj zaslané a ich status): Publikácie – kategória ADCA - 8 (2017) + 1 (2018) Bystrenova, E., Bednarikova, Z., Barbalinardo, M., Valle, F., Gazova, Z., Biscarini, F. Insulin amyloid structures and their influence on neural cells (2018) Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 161, (IF ) Q1P Ponikova, S., Kubackova, J., Bednarikova, Z., Marek, J., Demjen, E., Antosova, A., Musatov, A., Gazova, Z. Inhibition of lysozyme amyloidogenesis by phospholipids. Focus on long-chain dimyristoylphosphocholine (2017) BBA-General Subject 1861, (IF ) Q1P Huy, P.D.Q., Thai, N.Q., Bednarikova, Z., Phuc, L.H., Linh, H.Q., Gazova, Z., Li, M.S. Bexarotene Does Not Clear Amyloid Beta Plaques but Delays Fibril Growth: Molecular Mechanisms (2017) ACS Chemical Neuroscience, 8 (9), (IF ) Q1P Holas, O., Korabecny, J., Gazova, Z., Siposova, K., Musilek, K., Opletalova, V., Gorecki, L., Nepovimova, E., Spilovska, K., Mezeiova, E., Kuca, K. Alzheimer's Disease Drugs - In Vitro Comparison of Cholinesterase Inhibition and beta-amyloid Modulation (2017) Letters in Drug Design & Discovery, 14, 2017, (IF ) Q2 Siposova, K., Pospiskova, K., Bednarikova, Z., Safarik, I., Safarikova, M., Kubovcikova, M., Kopcansky, P., Gažová, Z. The molecular mass of dextran used to modify magnetite nanoparticles affects insulin amyloid aggregation (2017) JMMM, 427, (IF ) Q1P Ferrari, E., Benassi, R., Saladini, M., Orteca, G., Gazova, Z., Siposova K. In vitro study on potential pharmacological activity of curcumin analogues and their copper complexes (2017) Chemical Biology and Drug Design, 89, (IF ) Q2 Gazova, Z., Soukup, O., Sepsova, V., Siposova, K., Drtinova, L., Jost, P., Spilovska, K., Korabecny, J., Nepovimova, E., Fedunova, D., Horak, M., Kaniakova, M., Wang, Z.J., Hamouda, A.K., Kuca, K. Multi-target-directed therapeutic potential of 7-methoxytacrine-adamantylamine heterodimers in the Alzheimer's disease treatment (2017) Biochim Biophys Acta - Molecular Basis of Disease, 1863, (IF ) Q1P Schadow, S.- Simons, V.S.- Lochnit, G.- Kordelle, J.- Gazova, Z.- Siebert, H.-C.- Steinmeyer, J.Metabolic response of human osteoarthritic cartilage to biochemically characterized collagen hydrolysates. In: Intern. Journal of Molecular Sciences, 2017, Vol. 18, Article number 207 (3.213 – IF 5 years) Q1 Marek Jozef – Demjén Erna . Is autocorrelation image analysis the proper method in nanoparticle sizing? In: Journal of Nanoparticle Research, 2017, 19:208, (2,5 - IF 5years) doi: /s Q2 Oddelenie biofyziky,

Gažová Z., Fedunová D., Bednáriková Z., Kubacková J., Antošová A., Marek J., Hrmo I., Uličná K., Gančár M. 2) Ohlasy na vedecké výstupy, citácie: uviesť počet citácií WoS, SCOPUS – za rok 2016 – bez samocitácií ktoréhokoľvek z autorov Z. Gažová – 82 citácií/z toho 37 bez afiliácie ústavu D. Fedunová – 13 citácií Z. Bednáriková – 11 citácií J. Kubacková – 14 citácií A. Antošová – 28 citácií J. Marek – 17 citácií 93 citácií/2016 Najcitovanejší autor skupiny: Z. Gažová Autor s najväčším počtom publikácií: Z. Gažová Publikácie s počtom citácií: 100+: 2 - bez afiliácie ÚEF Pickhardt M., Gazova Z., Von Bergen M., Khlistunova I., Wang Y., Hascher A., Mandelkow E.-M., Biernat J., Mandelkow E. Anthraquinones inhibit tau aggregation and dissolve Alzheimer's paired helical filaments in vitro and in cells, 2005, Journal of Biological Chemistry, 280, 5, ; 180 citácií Khlistunova I., Biernat J., Wang Y., Pickhardt M., Von Bergen M., Gazova Z., Mandelkow E., Mandelkow E.-M. Inducible expression of tau repeat domain in cell models of tauopathy: Aggregation is toxic to cells but can be reversed by inhibitor drugs, 2006, Journal of Biological Chemistry, 281, 2, 1205 – 1214; 175 citácií 50+: 1 - bez afiliácie ÚEF Pickhardt, M., von Bergen, M., Gazova, Z., Hascher, A., Biernat, J., Mandelkow, E.-M., Mandelkow, E. Screening for inhibitors of tau polymerization. Current Alzheimer Research, Volume 2, Issue 2, April 2005, Pages Oddelenie biofyziky,

3) Pozvané prednášky na medzinárodných a domácich vedeckých podujatiach: uviesť tiež orálne prezentácie a prezentované postery Abstrakty z príspevkov z medzinárodných konferencií: TALKS - 4 Z. GAZOVA, Z. BEDNARIKOVA, K. ULICNA, J. KUBACKOVA, M. GANCAR, D. FEDUNOVA, J. MAREK, A. ANTOSOVA. Interference of small molecules with amyloid aggregation of Abeta peptide: Structure – activity relationship, 2017, 3rd NGP-Net Symposium, 41. selected talk E. BYSTRENOVA, Z. BEDNARIKOVA, M. BARBALINARDO, F. VALLE, Z. GAZOVA, F. BISCARINI. Amyloid Structures and Their Influence to Neurall Cells. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, – invited talk Z. BEDNÁRIKOVÁ, Z. GAŽOVÁ, P. KOŹMIŃSKI, I. KRIZBAI, D. NIEDZIAŁEK, M. SÁNTHA, G. WIECZOREK, I. WILHELM. Structure and Dynamics of β-amyloid Proto-fibrills as a Basis for Rational Drug Design against Alzheimer’s Disease. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, invited talk Z. BEDNARIKOVA, N. Q. THAI, P. D. Q. HUY, Z. GAZOVA, M. S. LI. Bexarotene cannot Directly Destroy Aβ Plaques but Influence Aβ Processing: Possible Mechanism. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, POSTERS - 15 A. ANTOSOVA, K. SIPOSOVA, Z. BEDNARIKOVA, A. LASIKOVA, J. DOHANOSOVA, T. GRACZA, Z. GAZOVA. Inhibition of Aβ peptide Amyloid Fibrillization by Natural Tetrahydrofuran Derivatives. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, M. GANCAR, Z. BEDNARIKOVA, J. KUBACKOVA, Z. GAZOVA. Tacrine-benzothiazole Derivatives Affect Amyloid Aggregation of Lysozyme. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, 95. Z. GAZOVA, Z. BEDNARIKOVA, M. GANCAR, D. FEDUNOVA, R. WANG, L. MA, Y. TANG, L. SUN, B.-B. ZENG. Extracts from Chinese Herbs Affect Depolymerization of Aβ42 Amyloid Fibrils. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, 96. J. KUBACKOVA, K.ULICNA, Z. BEDNARIKOVA, Z. GAZOVA. Tacrine-benzothiazole Derivatives Inhibit Aβ Peptide Amyloid Fibrillization. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, 97. K. ULICNA, Z. BEDNARIKOVA, W.T. HSU, S.S.-S. WANG, S. HAMULAKOVA, M. HOLZTRAGEROVA, Z. GAZOVA. Inhibition of Lysozyme Amyloid Fibrillization by Tacrine/Acridine-coumarin Derivatives. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, 100. N. POPOVYCH, Z. BEDNARIKOVA, D. SEDLAKOVA, J. KUBACKOVA, M. GANCAR, K. ULICNA, Z. GAZOVA. Inhibition of amyloid fibrillization of hen egg white lysozyme by nucleobases and tacrine derivatives. Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, 101. D. FEDUNOVA, J. MAREK, Z. BEDNARIKOVA, A. ANTOSOVA, J. KUBACKOVA, Z. GAZOVA. Stability and Aggregation of Lysozyme in Water- Miscible Ionic Liquids – Cation vs. Anion Role, Structure and Stability of Biomacromolecules, 2017, 103 – 104. Oddelenie biofyziky,

Abstrakty z príspevkov z medzinárodných konferencií: Z. BEDNARIKOVA, M. GANCAR, D. FEDUNOVA, R. WANG, L. MA, Y. TANG, L. SUN, B.-B. ZENG, Z. GAZOVA. Destroying effect of extracts from traditional Chinese herbs on Aβ42 amyloid fibrils, 2017, 3rd NGP-Net Symposium, 87. K. ULICNA, J. KUBACKOVA, Z. BEDNARIKOVA, Z. GAZOVA. Tacrine derivatives vs. amyloid aggregation of Aβ peptide, 2017, 3rd NGP-Net Symposium, 100. Z. BEDNARIKOVA, G. ORTECA, E. FERRARI, M. ASTI, M. C. MENZIANI, Z. GAZOVA. Curcumin derivatives as a potential theranostic agents for Alzheimer’s disease. 19th IUPAB and 11th EBSA Congress, Eur Biophys J (2017) 46(Suppl 1): 237. M. GANCAR, Z. BEDNARIKOVA, R. WANG, L. MA, D. FEDUNOVA, Y. TANG, B.-B. ZENG, Z. GAZOVA. An effect of small compounds from traditional Chinese herbs on Aβ42 aggregation in AD. 19th IUPAB and 11th EBSA Congress, Eur Biophys J (2017) 46(Suppl 1): 238. Z. GAZOVA, Z. BEDNARIKOVA, S. HAMULAKOVA, M. VALKO, K. KUCA. Multifunctional tacrine-coumarin hybrid molecules as a potential therapeutics of Alzheimer´s disease. 19th IUPAB and 11th EBSA Congress, Eur Biophys J (2017) 46(Suppl 1): 238. J. KUBACKOVA, S. PONIKOVA, Z. BEDNARIKOVA, J. MAREK, E. DEMJEN, Z. GAZOVA. Inhibition of lysozyme amyloid fibrillization by phospholipids. Focus on long-chain DMPC. 19th IUPAB and 11th EBSA Congress, Eur Biophys J (2017) 46(Suppl 1): 239. K. ULICNA, Z. BEDNARIKOVA, W.-T. HSU , S.-S.-S. WANG ,S. HAMULAKOVA, M. HOLZTRAGEROVA, Z. GAZOVA. Structure of coumarin derivatives affects amyloid aggregation of lysozyme. 19th IUPAB and 11th EBSA Congress, Eur Biophys J (2017) 46(Suppl 1): 353. D. FEDUNOVA, J. MAREK, Z. BEDNARIKOVA, A. ANTOSOVA, J. KUBACKOVA, Z. GAZOVA. Stability and aggregation of lysozyme in watermiscible ionic liquids. 19th IUPAB and 11th EBSA Congress, Eur Biophys J (2017) 46(Suppl 1): 362. Abstrakty z príspevkov z domácich konferencií: 2 Z. BEDNÁRIKOVÁ, K. ULIČNÁ, M. GANČÁR, J. KUBACKOVÁ, Z. GAŽOVÁ. Amyloid aggregation of proteins - hunt for theranostics. Book of Abstracts, 2017, 1st annual meeting of PhD students in Biophysics and Biochemistry, 27-28, Herľany, M. GANČÁR, Z. BEDNÁRIKOVÁ, D. FEDUNOVÁ, L. MA, Y. TANG, L. SUN, B.-B. ZHENG, R. WANG, Z. GAŽOVÁ. Derivatives of Tanshinone IIA isolated from Salvia miltiorrhiza disrupt Aβ42 fibrils. Book of Abstracts, 2017, 1st annual meeting of PhD students in Biophysics and Biochemistry, 27-28, Herľany V. VANÍK, G. FABRICIOVA, D. JANCURA: Thermodynamic stability of human serum albumin in the presence of low-molecular ligands. 1st annual meeting of PhD students in Biophysics and Biochemistry, 27-28, Herľany Oddelenie biofyziky,

4) Účasť na výskumných projektoch: uviesť názov projektu a funkciu v rámci projektu, podané projekty EÚ projekty: 1 COST Neglobulárne proteíny - od sekvencie ku štruktúre, funkcii a aplikácii v molekulárnej normálnej a patologickej fyziológii (NGP- NET) (2015 – 2019) Zodpovedný riešiteľ projektu za SR: Z. Gažová Zástupca: D. Fedunová Národné projekty: 2 VEGA Samousporiadanie poly/peptidov do amyloidných agregátov - mechanizmus, inhibícia a cytotoxicita (2017 – 2020) Zodpovedný riešiteľ projektu: Z. Gažová Štúdium stability a agregácie natívne rozbalených proteínov (2014 – 2017) Zodpovedný riešiteľ projektu: D. Fedunová Bilaterálne projekty: 3 SAV – MOST Taiwan Účinok malých molekúl a nanočastíc na amyloidnú agregáciu poly/peptidov (2016 – 2018) Spolupracujúca inštitúcia: National Taiwan University Zodpovedný riešiteľ projektu: Z. Gažová APVV SK – CN Využitie multitargetových nízkomolekulových látok z tradičných čínskych bylín pri liečbe Alzheimerovej choroby (2016 – 2017) Spolupracujúca inštitúcia: East China University of Science and Technology, Šanghaj, Čína Oddelenie biofyziky,

4) Účasť na výskumných projektoch: uviesť názov projektu a funkciu v rámci projektu, podané projekty Bilaterálne projekty: MAD: SAV-CNR Taliansko Amyloidná agregácia proteínov na hybridných povrchoch (2013 – 2017) Spolupracujúca inštitúcia: National Research Council, Taliansko Zodpovedný riešiteľ projektu: Z. Gažová Medziústavná dohoda s Psychiatrickým centrom v Prahe Study of the amyloid aggregation in vitro and in cerebrospinal fluid Oddelenie biofyziky,

4) Účasť na výskumných projektoch: uviesť názov projektu a funkciu v rámci projektu, podané projekty Podané projekty: EÚ projekty: Twinning Advanced Scanning Probe Microscopy: beyond amyloid topographic imaging Koordinátor projektu: Z. Gažová EU Joint Programme – Neurodegenerative Disease Research - JPND 1. Uncovering Diagnostic tools for Early Recognition of Amyloid B plaques in Neurodegenerative Diseases Zodpovedný riešiteľ projektu za SR: Z. Gažová 2. Multifunctional nanovehicles for monitoring and treatment of Alzheimer´s disease 3. Intrinsically disordered proteins in neurodegenerative diseases: from computational biology to the identification of druggable protein targets MERA-NET Dissociation of amyloid aggregates with photoswitchable molecular levers Domáce projekty: APVV Amyloidná agregácia poly/peptidov - štúdium mechanizmov tvorby, inhibície a detekcie Zodpovedný riešiteľ projektu: Z. Gažová VEGA Nadmolekulárne komplexy proteínov - konformačné prechody, stabilita a agregácia Zodpovedný riešiteľ projektu: D. Fedunová Oddelenie biofyziky,

5) Pedagogická činnosť: uviesť vedenie doktorandov , diplomantov resp. Bc. prác (meno študenta), prednášky resp. cvičenia na vysokej škole (názov predmetu, počet hodín za semester) PhD práce: Katarína Uličná – Interakcia amyloidných agregátov proteínov s bunkami Školiteľ: Z. Gažová Miroslav Gančár – Amyloidná agregácia proteínov Vladimír Vaník – Vplyv vlastností solventov na konformačné prechody proteínov Školiteľ: D. Fedunová Mgr. práce: Lucia Berníková - Štúdium vplyvu solí na tvorbu amyloidných agregátov Andrea Kováčová - Inhibítory amyloidnej agregácie, nová stratégia pre terapiu amyloidóz Školiteľ: Z. Gažová, Konzultant: M. Gančár Nikola Karaffová - Neurodegeneratívne amyloidné ochorenia - vplyv polymorfizmu proteínových amyloidných agregátov na ich cytotoxicitu Školiteľ: Z. Gažová; Konzultant: K. Uličná Renáta Micenková - Charakteristika amyloidných komplexov proteínov Školiteľ: Z. Bednáriková Pedagogická činnosť – výučba: Prednášky v rámci PhD štúdia: (Gažová, Fedunová) Experimentálne metódy štúdia proteínov Biofyzika proteínov a supramolekulárnych komplexov Oddelenie biofyziky,

7) Vedecko-organizačná činnosť a iné: uviesť organizáciu konferencií (názov, úloha pri ich organizácii), recenziu článkov (uviesť časopis), recenziu projektov (druh projektu, napr. medzinár. projekty, VEGA, APVV, AVČR), oponovanie prác, účasť v rôznych orgánoch a komisiách (funkcia), administratívno-organizačné práce v rámci ústavu, riadenie činnosti a pod. Organizovanie konferencií: COST meeting 3rd Symposium on Non-globular proteins NGP-NET 2017, Košice Hlavný organizátor, 86 účastníkov z 28 krajín Z. Bednáriková, K. Uličná, M. Gančár, D. Fedunová, Z. Gažová,J. Kubacková, I. Hrmo 10th International Conference Structure and Stability of Biomacromolecules – SSB2017, Košice Hlavný organizátor, 68 účastníkov z 10 krajín Edičná činnosť SSB th International Conference Structure and Stability of Biomacromolecules : Book of contributions, September 4 - 7, 2017, Košice, Slovakia. Editors: V. Lysáková, D. Fedunová, Z. Bednáriková, M. Nikorovič, M. Gančár, K. Uličná, K. Šipošová. Košice: Institute of Experimental Physics, Slovak Academy of Sciences, p. ISBN (SSB 2017 : International Conference Structure and Stability of Biomacromolecules). 3rd NGP-Net SYMPOSIUM ON NON-GLOBULAR PROTEINS, August 28–September 1, 2017,Košice, Slovakia. Editors: Zuzana Gazova, Zuzana Bednarikova, Rostislav Skrabana, Katarina Ulicna and Miroslav Gancar © Institute of Experimental Physics, Slovak Academy of Sciences, ISBN: EAN: Recenzie článkov: BioMed Research International, J Biomolec Struct Dynamic, ACS Applied Materials & Interfaces, Food and Function Recenzie projektov: MAD-SAV Gažová 1x VVGS projekty – Z. Gažová 2x, D. Fedunová 1x Oddelenie biofyziky,

7) Vedecko-organizačná činnosť a iné: uviesť organizáciu konferencií (názov, úloha pri ich organizácii), recenziu článkov (uviesť časopis), recenziu projektov (druh projektu, napr. medzinár. projekty, VEGA, APVV, AVČR), oponovanie prác, účasť v rôznych orgánoch a komisiách (funkcia), administratívno-organizačné práce v rámci ústavu, riadenie činnosti a pod. Oponovanie habilitačných prác: Z. Gažová 1x Oponovanie rigoróznych prác: D.Fedunová 1x, Z. Gažová 1x Oponovanie diplomových prác: D. Fedunová 2x Z. Bednáriková, K. Uličná, M. Gančár, D. Fedunová, Z. Gažová, A. Antošová, J. Kubacková – členovia Slovenskej biofyzikálnej spoločnosti a Európskej asociácie biofyzikálnych spoločností – členovia Slovenskej spoločnosti pre biochémiu a molekulárnu chémiu Z. Gažová - členka výboru SKBS - členka komisie pre obhajoby PhD. dizertačných prác v odbore Biofyzika (PF UPJŠ) členka Vedeckej rady ÚEF SAV členka komisií pre obhajobu diplomových /PhD./habilitačných prác - spolugarant doktorandského štúdia v odbore Biofyzika (ÚEF SAV – PF UPJŠ) - členka vedeckého kolégia SAV pre matematiku a fyziku Popularizácia: STV2 – informácia o amyloidných ochoreniach, propagácia konferencie COST2017 Oddelenie biofyziky,

XII. Seminár doktorandov venovaný pamiatke akademika Boďu, Košice 2017
Amyloidné štruktúry proteínov - ocenenia XII. Seminár doktorandov venovaný pamiatke akademika Boďu, Košice 2017 10th International Conference Structure and Stability of Biomacromolecules – SSB2017, Košice Young Student Travel Awards: Z. Bednáriková, M. Gančár, J. Kubacková - IUPAB young student awards K. Uličná - EBSA - young student awards Z. Bednáriková - COST NGP-Net action BM NGP-net Winter School on Experimental Methods for Protein Disorder & Aggregation Oddelenie biofyziky,

Interakcia proteínov a fosfolipidov
Bioenergetika bunky a oxidačný stres. Interakcia proteínov a fosfolipidov Musatov, A., Šipošová K., Lysáková V. - D Výsledky skupiny rok 2017 Skupina Meno, vek, FTE Počet WOS publikácií 2017, klasifikácia podľa SCIMAGO Počet APVV A/B Bilateral BAPVV/MAD Počet COST ...iné Počet EU 2020 R/P Počet PhD Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P Bioenergetika bunky a oxidačný stres Interakcia proteínov a fosfolipidov 3 1* 4* 1 spoluriešitelia 2 podané SK-TW APVV VEGA 1 EuronanoMed podaný FTE = 2.05 Skupina / FTE 1.46 0.49 - 1.95 vek FTE celk WOS publ. Publikácie za rok 2017 (sumárne-individuálne príspevky) Počet PhD 2017 Celkový počet citácií Počet citácií 2016 h-index WOS Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P A. Musatov 61 1 48 4 5 570 24/38 14 K. Šipošová 35 33 3 2 - 105 34 7 V. Lysáková 26 0.05 Lysáková V. PhD. študentka (PF UPJŠ) Celkový počet publikácií 9; z toho 4 priamo výsledky skupiny; Oddelenie biofyziky,

Bioenergetika bunky a oxidačný stres; Interakcia proteínov a fosfolipidov
Musatov, A., Šipošová K., Lysáková V. - D Publikácie – kategória ADCA 1) Dosiahnuté výsledky a iné aktivity v tomto období: 1) Vedecké výstupy, publikácie (aj zaslané a ich status): Siposova, K., Kozar, T., Musatov, A. (2017) “Interaction of Nonionic Detergents with the Specific Sites of Lysozyme Amyloidogenic Region − Inhibition of Amyloid Fibrillization” Colloids and Surface B: Biointerfaces, 150, ; (IF5 year 4.295); Q1P Musatov, A., Sedlák, E. (2017) “Role of Cardiolipin in Stability of Integral Membrane Proteins” Biochimie 142, ; (IF5 year 3.156); Q1P Sedlák, E., Musatov, A. (2017) “Inner Mechanism of Protection of Mitochondrial Electron-Transfer Proteins Against Oxidative Damage. Focus on Hydrogen Peroxide Decomposition” Biochimie 142, ; (IF5 year 3.156) Q1P Kesa, P., Bhide, M., Lysakova, V., Musatov, A. (2017) “Subunit Analysis of Mitochondrial Cytochrome c Oxidase and Cytochrome bc1 by Reversed-Phase High-Performance Liquid Chromatography” Analytical Biochemistry, 516, 6-8; (IF5 years 2.474); Q2 Oddelenie biofyziky,

Musatov, A., Šipošová K., Lysáková V. - D Publikácie – kategória ADCA 1) Dosiahnuté výsledky a iné aktivity v tomto období: 1) Vedecké výstupy, publikácie (aj zaslané a ich status): Participácia na iných projektoch/témach: Ponikova, S., Kubackova, J., Bednarikova, Z., Marek, J., Demjen, E., Antosova, A., Musatov, A., Gazova, Z. (2017) “Inhibition of lysozyme amyloidogenesis by phospholipids. Focus on long-chain dimyristoylphosphocholine” Biochim Biophys Acta-General Subject 1861, ; (IF5 year 4.826) Holas, O. - Korabecny, J. - Gazova, Z. - Siposova, K. - Musilek, K. - Opletalova, V. - Gorecki, L. - Nepovimova, E. - Spilovska, K. - Mezeiova, E. - Kuca, K. Alzheimer's Disease Drugs-In Vitro Comparison of Cholinesterase Inhibition and beta-amyloid Modulation. In Letters in Drug Design & Discovery, 2017, Vol. 14, 2017, pp (IF ) Siposova, K.- Pospiskova, K.- Bednarikova, Z.- Safarik, I.- Safarikova, M.- Kubovcikova, M.- Kopcansky, P.- Gažová, Z. The molecular mass of dextran used to modify magnetite nanoparticles affects insulin amyloid aggregation. In JMMM, 2017, Vol. 427, p (IF5 year 2.234) Ferrari, E.- Benassi, R.- Saladini, M.- Orteca, G. - Gazova, Z., Siposova K. - In vitro study on potential pharmacological activity of curcumin analogues and their copper complexes. In Chemical Biology and Drug Design, 2017, Vol. 89, p (IF5 year ) Gazova, Z.- Soukup, O.- Sepsova, V, - Siposova, K. - Drtinova, L. - Jost, P. – Spilovska, K. – Korabecny, J. – Nepovimova, E. – Fedunova, D. – Horak, M. – Kaniakova, M. – Wang, Z.J. – Hamouda, A.K. – Kuca, K. Multi-target-directed therapeutic potential of 7-methoxytacrine-adamantylamine heterodimers in the Alzheimer's disease treatment. In Biochim Biophys Acta– Molecular Basis of Disease, 2017, Vol. 1863, p (IF5 year 5.36) Oddelenie biofyziky,

Musatov, A., Šipošová K., Lysáková V. - D 2) Ohlasy na vedecké výstupy, citácie: uviesť počet citácií WoS, SCOPUS resp. iných – za rok 2016 – bez samocitácií ktoréhokoľvek z autorov A. Musatov – 38/24 citácií na práce s adresou ÚEF K. Šipošová – 34 citácií V. Lysáková – 1 citácia 72 citácií/ 2016 Najcitovanejší autor skupiny: A. Musatov Autor s najväčším počtom publikácií: A. Musatov Publikácie s počtom citácií: žiadna 50+ s afiliáciou ÚEF Musatov, A., Carroll, C.A., Liu, Y-C., Henderson, G. I., Weintraub, S.T., & Robinson, N.C. (2002) “Identification of 4- Hydroxynonenal-Modified Subunits of Bovine Heart Cytochrome c Oxidase” Biochemistry 41, ; 67 citácií Musatov, A and Robinson, N. C. (2012) “Susceptibility of Mitochondrial Electron-Transport Complexes to Oxidative Damage. Focus on Cytochrome c Oxidase” Free Radic. Res. 46, ; 62 citácií bez afiliácie ÚEF Zoldák, G., Zubrik A., Musatov, A., Stupák, M., & Sedlák, E. (2004) “Irreversible Thermal Denaturation of Glucose Oxidase from Aspergillus niger is the Transition to the Denatured State with Residual Structure” J. Biol. Chem. 279, ; 77 citácií Oddelenie biofyziky,

3) Pozvané prednášky na medzinárodných a domácich vedeckých podujatiach: uviesť tiež orálne prezentácie a prezentované postery Abstrakty príspevkov z domácich konferencií V. Lysáková, N. Tomášková, E. Sedlák, A. Musatov - The role of mitochondrial electron – transport proteins in regulation of mitochondrial oxidative stress. Structure and Stability of Biomacromolecules, Košice (Slovak Republic), September 2017 K. Siposova, V. Huntosova, S. Tomkova, T. Kozar, A. Musatov - Universal Effect of Rottlerin on Amyloidogenic Proteins Inhibition of Amyloidogenesis and Disassembly of Fibrils. Structure and Stability of Biomacromolecules, Košice (Slovak Republic), September 2017 (In: Book of Contributions ISBN: ). V. Lysáková, N. Tomášková, E. Sedlák, A. Musatov - Inner Mechanism of Protection of Mitochondrial Electron-Transfer Proteins Against Oxidative Damage Prednáška počas1st annual meeting of PhD students in Biophysics and Biochemistry, Herľany, október 2017 Abstrakty príspevkov z medzinárodných konferencií A. Musatov, K. Siposova, O.I. Ivankov, V.I. Petrenko. - A small-angle neutron scattering study of bicelles and proteobicelles with incorporated mitochondrial cytochrome c oxidase. CMR Conference, Dubna, 2017 K. Siposova, O.A. Kyzyma, O.I. Ivankov, V.I. Petrenko. - Structural study of protein amyloid fibrils upon interaction with fullerene aqueous solutions using small angle scattering. CMR Conference, Dubna, 2017; poster ocenený cenou – “the best poster presentation” Oddelenie biofyziky,

4) Účasť na výskumných projektoch: uviesť názov projektu a funkciu v rámci projektu, podané projekty Národné projekty: VEGA „Oxidačný stres a fosfolipidovo-proteínové interakcie: funkčné a štrukturálne dôsledky” (2017 – 2020) Zodpovedný riešiteľ projektu: A. Musatov Zástupca vedúceho projektu: K. Šipošová APVV „Nanočastice v anizotrópnych systémoch“ ( – ) Zodpovedný riešiteľ projektu: Doc. RNDr. Kopčanský P., CSc. Spoluriešitelia: A. Musatov, K.Šipošová Podané projekty: SK-TW Dynamical study of formation/destruction of protein amyloid aggregatess targeted by magnetic zeolite nanocomposites; Zodpovedný riešiteľ: Doc. RNDr. P. Kopčanský, CSc.; APVV bilateral – SK-TW Study of orientation ordering and self-assembly in biopolymer and liquid crystal (SOOSA); Zodpovedný riešiteľ: Ing. RNDr. K. Šipošová, PhD 8th JTC EuroNanoMed III New MAGnetic Biomaterials for Brain Repair and Imaging after Stroke – MAGBBRIS; Zodp. Riešiteľ za SVK, Doc. RNDr. P. Kopčanský, CSc Oddelenie biofyziky,

5) Pedagogická činnosť: uviesť vedenie doktorandov, diplomantov resp. Bc. prác (meno študenta), prednášky resp. cvičenia na vysokej škole (názov predmetu, počet hodín za semester) PhD práca: 09/2015 – súčasnosť RNDr. Veronika Lysáková - Úloha mitochondriálnych elektrón-transportných proteínov v oxidatívnom strese (PF UPJŠ ) Školiteľ: Dr. A. Musatov, DrSc. Diplomové práce: Bc. Michaela Štupáková, Interakcia proteínov s fosfolipid-detergentnými micelami (PF UPJŠ ) Školiteľ: Dr. K. Šipošová, PhD. Konzultant: Dr. A. Musatov, DrSc. Bc. Barbora Rindošová, Štruktúrne a funkčné dôsledky amyloidnej agregácie cytochrómu c (PF UPJŠ ) Bc. Ivana Pavlinská, Rottlerín a jeho účinok na proces amyloidogenézy proteínov (PF UPJŠ ) Anastasia Mashovec (UA), Vnútorný obranný mechanizmus mitochondriálnych elektrón-transportných proteínov voči oxidačnému stresu. (PF UPJŠ ) Školiteľ: Dr. A. Musatov, DrSc. Konzultant: RNDr. V. Lysáková Oddelenie biofyziky,

5) Pedagogická činnosť: uviesť vedenie doktorandov, diplomantov resp. Bc. prác (meno študenta), prednášky resp. cvičenia na vysokej škole (názov predmetu, počet hodín za semester) Bakalárske práce: Kristína Komorová, Interakcie detergentov s membránovými proteínmi (PF UPJŠ) Školiteľ: Dr. A. Musatov, DrSc. Konzultant: RNDr. V. Lysáková Ivana Pavlinská, Štrukturálna a funkčná úloha fosfolipidov v mitochondriálnej bioenergetike (PF UPJŠ) – obhájená, jún 2017 Konzultant: Dr. K. Šipošová, PhD. Silvia Kratochwillová, Úloha lipidov v neurodegeneratívnych ochoreniach (PF UPJŠ) – obhájená, august 2017 Školiteľ: Dr. K. Šipošová, PhD. Konzultant: Dr. A. Musatov, DrSc. Pedagogická činnosť – výučba: V. Lysáková - ÚCHV/PF UPJŠ; Praktikum z biochémie, LS, 6 hod /týž Oddelenie biofyziky,

Deň Otvorených Dverí ÚEF SAV
Bioenergetika bunky a oxidačný stres; Interakcia proteínov a fosfolipidov 7) Vedecko-organizačná činnosť a iné: uviesť organizáciu konferencií (názov, úloha pri ich organizácii), recenziu článkov (uviesť časopis), recenziu projektov (druh projektu, napr. medzinár. projekty, VEGA, APVV, AVČR), oponovanie prác, účasť v rôznych orgánoch a komisiách (funkcia), administratívno-organizačné práce v rámci ústavu, riadenie činnosti a pod. A. Musatov - Garant doktorandského štúdia v odbore Biofyzika (ÚEF SAV - PF UPJŠ) - člen Slovenskej komisie pre obhajoby doktorských (DrSc.) dizertačných prác v odbore Biofyzika - člen komisie pre obhajoby PhD dizertačných prác v odboroch Biofyzika a Biochémia (PF UPJŠ) člen komisie VEGA (komisia č. 3), oponentúra projektov VEGA člen Atestačnej komisie ÚEF SAV vedecký redaktor (editor) v časopise “Chemical Papers“ - člen Slovenskej Biofyzikálnej Spoločnosti oponent diplomových a PhD. prác PF UPJŠ člen „scientific committee“ SSB 2017, Košice K.Šipošová oponovanie Mgr. práce PF UPJŠ členka Slovenskej Biofyzikálnej Spoločnosti členka organizačného výboru konferencie SSB 2017, Košice vedecký tajomník ÚEF V. Lysáková – členka Slovenskej Biofyzikálnej Spoločnosti - členka organizačného výboru SSB 2017; editor Popularizácia: Deň Otvorených Dverí ÚEF SAV

- ocenenia International Conference "Condensed Matter Research at the IBR-2" Dubna, Russia Súťaž Mladých Vedeckých Pracovníkov SAV do 35r.; I. odd. vied; apríl 2017 Oddelenie biofyziky,

Biomedicínska analýza obrazu mikro/nanorobotika
Tomori Z., Keša P., Kubacková J., Nikorovič M., Hrmo I. Výsledky skupiny rok 2017 Skupina Meno, vek, FTE Počet WOS publikácií 2017, klasifikácia podľa SCIMAGO Počet APVV A/B Bilateral BAPVV/MAD Počet COST ...iné Počet EU 2020 R/P Počet PhD Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P Biomedicínska analýza obrazu mikro/nanorobotika 1 1A 1x VEGA FTE = 1.77 Skupina / FTE 0.6 vek FTE celk WOS publ. Publikácie za rok 2017 (sumárne-individuálne príspevky) Počet PhD 2017 Celkový počet citácií Počet citácií 2016 h-index WOS Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P Z. Tomori 61 0.5 35 1 257 37 11 I. Hrmo 59 0.33 5 15 P. Keša 29 0.45 2 5 M. Nikorovič- D 28 J. Kubacková 33 0.16 4 - Oddelenie biofyziky,

Tomori Z., Keša P., Kubacková J., Nikorovič M., Hrmo I. Publikácie – kategória ADCA 1) Dosiahnuté výsledky a iné aktivity v tomto období: 1) Vedecké výstupy, publikácie (aj zaslané a ich status): Matiasova, A., Sevc, J., Tomori, Z., Gombalova, Z., Gedrova, S., and Daxnerova, Z.: ‘Quantitative Analyses of Cellularity and Proliferative Activity Reveals the Dynamics of the Central Canal Lining During Postnatal Development of the Rat“; J. Comp. Neurol., 2017, 525, (3), pp ; Q1 2) Ohlasy na vedecké výstupy, citácie: uviesť počet citácií WoS, SCOPUS resp. iných – za rok 2016 – bez samocitácií ktoréhokoľvek z autorov Z. Tomori – 37 citácií M. Nikorovič – 2 citácie Najcitovanejší autor skupiny: Z. Tomori Autor s najväčším počtom publikácií: Z. Tomori Publikácie s počtom citácii: žiadna žiadna Oddelenie biofyziky,

Tomori Z., Keša P., Kubacková J., Nikorovič M., Hrmo I. Účasť na výskumných projektoch: uviesť názov projektu a funkciu v rámci projektu, podané projekty Národné projekty: VEGA „Prirodzené užívateľské rozhranie na báze algoritmov spracovania RGB-D obrazu s využitím v biomedicíne“ Zodpovedný riešiteľ projektu: Z. Tomori ( ) APVV „Obrazová analýza mikroskopických častíc pri automatizácii optických manipulačných techník aplikovateľných v mikro/nanorobotike” ( – ) Zodpovedný riešiteľ projektu: : Z. Tomori Podané projekty: SK-CZ Dvojfotónová polymerizácia a jej využiie v mikrorobotike Zodpovedný riešiteľ: Z. Tomori Oddelenie biofyziky,

Tomori Z., Keša P., Kubacková J., Nikorovič M., Hrmo I. 5) Pedagogická činnosť: uviesť vedenie doktorandov , diplomantov resp. Bc. prác (meno študenta), prednášky resp. cvičenia na vysokej škole (názov predmetu, počet hodín za semester) PhD práca: RNDr. Matej Nikorovič - Školiteľ: Ing. Z. Tomori, CSc. Pedagogická činnosť – výučba: „Analýza obrazu“ Tomori Z. Ústav informatiky PF UPJŠ, ZS/ 13 prednášok Nikorovič M. Ústav informatiky PF UPJŠ, ZS/ cvičenia; 2 hod/týždeň Programovanie, algoritmy, zložitosť (PAZ1a, b) Ústav informatiky PF UPJŠ, ZS a LS; 4 hod/ týždeň Oddelenie biofyziky,

Tomori Z., Keša P., Kubacková J., Nikorovič M., Hrmo I. 6) Výstupy do spoločenskej praxe: uviesť výstupy do spoločenskej praxe resp. spoluprácu s praxou, podané a udelené patenty, vývoj nových technologických a meracích experimentálnych zariadení, iná hospodárska činnosť, starostlivosť o zariadenie celoústavného charakteru a pod. Podaný patent PCT: Tomori, Z.: “Method of interactive quantification of digitized 3D objects using an eye tracking camera’ 7) Vedecko-organizačná činnosť a iné: uviesť organizáciu konferencií (názov, úloha pri ich organizácii), recenziu článkov (uviesť časopis), recenziu projektov (druh projektu, napr. medzinár. projekty, VEGA, APVV, AVČR), oponovanie prác, účasť v rôznych orgánoch a komisiách (funkcia), administratívno-organizačné práce v rámci ústavu, riadenie činnosti a pod. Recenzia článku pre časopis „Wireless“ Popularizácia: Matej Nikorovič: RBA (Robotický Battle na Alejovej) je súťaž pre žiakov základných a stredných škôl, ktorí majú záujem o robotiku PALMA je súťaž v programovaní určená študentom stredných škôl; koordinátor Informácie ukryté v obrázkoch (SteelPark) Oddelenie biofyziky,

Transport elektrónov vo fotosyntetických reakčných centrách; Grafén
Transport elektrónov vo fotosytetických reakčných centrách; Grafén Pudlák M. Výsledky skupiny rok 2017 Skupina Meno, vek, FTE Počet WOS publikácií 2017, klasifikácia podľa SCIMAGO Počet APVV A/B Bilateral BAPVV/MAD Počet COST ...iné Počet EU 2020 R/P Počet PhD Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P Transport elektrónov vo fotosyntetických reakčných centrách; Grafén 1 1x VEGA vek FTE celk WOS publ. Publikácie za rok 2017 (sumárne-individuálne príspevky) Počet PhD 2017 Celkový počet citácií Počet citácií 2016 h-index WOS Q1 Q2 Q3 Q4 Σ Q1P M. Pudlák 59 1 32 136 13 10 Publikácie – kategória ADCA Y.B.Martinov,R.G.Nazmitdinov,A.Moia-Pol,P.P.Gladishev,A.R.Tameev,A.V.Vannikov and M.Pudlak, On the efficiency limit of ZnO/CH3NH3PbI3/CuI perovskite solar sells, Phys.Chem.Chem.Phys. 19(2017) 19916; Q1 M.Pudlák -13 citácií Oddelenie biofyziky,

Oddelenie Biofyziky ... rôzne... Oddelenie biofyziky,

Poďakovanie... Antalík Marián Antošová Andrea
Bednáriková Zuzana Fedunová Diana Gančár Miroslav Gažová Zuzana Hrmo Igor Ivančáková Martina Keša Peter Kubacková Jana Lysáková Veronika Marek Jozef Nikorovič Matej Pudlák Michal Sedláková Dagmar Šipošová Katarína Švarcbergerová Dana Tomori Zoltán Uličná Katarína Valušová Eva Vladimír Vaník

Návrh oddelenia biofyziky na najvýznamnejšie výsledky vedeckej práce:
Ponikova, Slavomira - Kubackova, Jana - Bednarikova, Zuzana - Marek, Jozef - Demjen, Erna - Antosova, Andrea - Musatov, Andrey - Gazova, Zuzana. Inhibition of lysozyme amyloidogenesis by phospholipids. Focus on long-chain dimyristoylphosphocholine. BBA-General Subjects, 1861, 2017, Huy, Pham Dinh Quoc - Thai, Nguyen Quoc - Bednarikova, Zuzana - Phuc, Le Huu - Linh, Huynh Quang - Gazova, Zuzana - Li, Mai Suan. Bexarotene does not clear amyloid beta plaques but delays fibril growth: Molecular mechanisms. ACS Chemical Neuroscience, 2017, 8, Schadow, S.- Simons, V.S.- Lochnit, G.- Kordelle, J.- Gazova, Z.- Siebert, H.-C.- Steinmeyer, J. Metabolic response of human osteoarthritic cartilage to biochemically characterized collagen hydrolysates. International Journal of Molecular Sciences, 2017, 18, Article number 207 Oddelenie biofyziky,

nominácia OBF – Amyloidná agregácia proteínov
5- year IF 5 = – Q1, 95th percentile IF 2015 = Q1, 95th percentile IF 2015 = 3.73 – Q1, 95th percentile

5- year IF 5 = 4.826 – Q1, 95th percentile

+ ? + Lysozyme amyloid fibrillization
DMPC: 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine long chain (14 C) DHPC: 1,2-dihexanoyl-3-phosphocholine short chain (6 C) Lysozyme amyloid fibrillization + ? +

Inhibition DMPC – 39 ± 5 μM DHPC – 1223 ± 50 μM
lag time tlag, rate konstant k – dose-dependently changed

koncentrácia DMPC inhibícia tvorby amyloidných štruktúr

DMPC – no effect on lysozyme amyloid fibrils

inhibícia tvorby amyloidných štruktúr
– interference of hydrophobic tails and hydrophilic heads – decreasing of effective concentration of the partially unfolded conformers in amyloidogenic region HEWL (DMPC probably greater conformational flexibility in comparison to DHPC – better adapt to amyloidogenic region – greater inhibitory activity) - inhibition - nuclei formation, primary oliomerization, polymerization (sticky ends occupied) cmc - determinuje usporiadanie molekúl fosfolipidovv roztoku DMPC – 6 nM - individual molecules oriented randomly + liposomes – surface provides area forprotein monomer adsorption – deacrease of the amount of amyloidogenic molecules DHPC – 15 mM – individual molecules oriented randomly Understanding of the role of phospholipid molecules in protein amyloid fibrillogenesis

MECHANISM ? reduce Aβ plaques in AD mice by ~ 50% within just 72 h
IF 2015 = Q1, 95th percentile reduce Aβ plaques in AD mice by ~ 50% within just 72 h Bexarotene restores the mobility of C. elegans models of Abeta42-mediated toxicity MECHANISM ?

Kinetics study of bexarotene on Aβ1-42 amyloid aggregation
10 μM of Aβ1-42 peptide + 10μM, 50 μM and 100 μM bexarotene in 10 mM HCl buffer Habchi et al., 2016 Huy, Bednarikova et al., 2017 bexarotene delays the nucleation phase of Aβ fibrilization, but is not able to decrease overall amount of formed fibrils ThT assay AFM

INTERACTION with β AMYLOID PEPTIDE
Binding of bexarotene to Aβ42 monomer ThT assay AFM 9 models of Aβ1−42 monomer in the best docking mode with bexarotene bexarotene is not able to inhibit formation of Aβ fibrils bexarotene weakly binds to Aβ1-42 monomer major role in binding plays van der Waals interactions Average ΔGbind = kcal/mol the propensity to self-assembly is controlled by the population of the fibril-prone state of monomer or by the β-content of Aβ peptides → ↓ β sheet in monomeric state = delay in self-assembly kinetics

INTERACTION with β AMYLOID FIBRILS
10 μM of Aβ1-42 fibrils + 1 mM – 100 pM bexarotene in 10 mM HCl buffer ThT assay AFM 1 μm Aβ fibrils 5Aβ17-42 24h, 37°C 5Aβ17-42 6Aβ1-42 bexarotene is not able to destroy Aβ fibrils ΔGbind = kcal/mol ∆Gbind for full-lenght and 2 truncated Aβ1-42 fibrils is low → bexarotene weakly binds Aβ1-42 fibrils 10Aβ11-42

INTERACTION with β SECRETASE – in vitro + in silico data
BACE1 FRET Assay Zhang C. Discov Med 2012 (76) In silico calculations (MM-PBSA method) BACE1 + bexarotene impact of bexarotene on proccesing and clearence of Aβ1-42 peptide - in vitro and in silico study: does not influence the BACE1 activity tightly binds to RXR-α and PPAR-γ Bexarotene-induced clearance of amyloid plaques is probably not through inhibition of Aβ production BUT presumably due to enhanced production of ApoE HDL particles that are able to bind and transfer Aβ through blood brain barrier

IF 2015 = 3.73 – Q1, 95th percentile Biofyzikálna charakterizácia hydrolyzátov (MALDI, NMR, AFM, fluorescencia) osteoartritída – chronické ochorenie kĺbov kolagénové hydrolyzáty – zmes peptidov – prísada do jedál – zdravá výživa - 3 typy z rôznych zdrojov amyloidná agregácia nebola pozorovaná

Výročný seminár ÚEF SAV

Similar presentations

Presentation on theme: "Výročný seminár ÚEF SAV"— Presentation transcript:

Similar presentations

About project

Feedback

Log in

Auth with social network:

Výročný seminár ÚEF SAV

Similar presentations

Presentation on theme: "Výročný seminár ÚEF SAV"— Presentation transcript:

Similar presentations

About project

Feedback