1. Statistička obradba podataka – uvodna razmatranja
Biologija novotvorina
Analiza medicinskih podataka
Statistička obradba podataka – uvodna razmatranja
Mladen Petrovečki
2006./07.

3. Nastava

4. Nastavnici prof. dr. sc. Mladen Petrovečki, dr. med.
Katedra za medicinsku informatiku Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Rijeci
Klinički zavod za laboratorijsku dijagnostiku Kliničke bolnice Dubrava u Zagrebu
mr. sc. Ivica Lukšić, dr. med.
Katedra za maksilofacijalnu kirurgiju sa stomatologijom Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu
Klinika za kirurgiju čeljusti i lica Kliničke bolnice Dubrava u Zagrebu

5. Raspored nastave Petak, 4. svibnja
16-17:30h (2P) Uvodna razmatranja o statističkoj obradi
(15 min.)
17:45-18:30 (1S) Baze podataka u kliničkoj medicini
Subota, 5. svibnja
9-10:30 (2V) Temeljne spoznaje i usporedba uzoraka
(30 min.)
11-12:30 (2V) Analiza kvalitativnih podataka
12:45-14:15 (2V) Korelacija, regresija, ROC-krivulje
Nedjelja, 6. svibnja
9-10:30 (2S) Analiza preživljenja
11-12:30 (2S) Multivarijatni postupci obradbe podataka
12:30-13:15 (1S) Rasprava

6. Ovo predavanje...
mi.medri.hr (E-prilozi  predavanja)

7. Program MedCalc computer program for statistic in biomedicine
Copyright, Medcalc Software Mariakerke, Belgija

8. Program

9. Literatura
Dawson-Saunders B, Trapp RG. Basic & Clinical Biostatistics. Prentice-Hall Int. Inc., London, 2001.
Petrie A, Sabin C. Medical statistics at a glance. Blackwell Science, Oxford, 2000.
Marušić M. Uvod u znanstveni rad u medicini. III. obnov. izd. Medicinska naklada, Zagreb, 2004.
Petz B. Osnovne statističke metode za nematematičare. III. dopunjeno izd. Naklada Slap, Jastrebarsko, 1997.
StatSoft Inc. Electronic Statistics Textbook. Tulsa, OK: StatSoft, (
Moher D, Schulz KF, Altman DG, for the CONSORT Group. The CONSORT statement: revised recommendations for improving the quality of reports of parallel group randomized trials. Lancet 2001;357: ( revisedstatement.htm)

10. Literatura

11. Ispit
kritička raščlamba statističkih postupaka objavljenog znanstvenog rada
pismeno (elektronički)
poslati desetak dana prije usmene obrane
časopis – citiran u Current Contents
rad:
cjelokupno istraživanje (ne osvrt na drugi objavljeni rad!)
najmanje dva priloga (tablica, slika)
jasan opis statističkih postupaka

12. Nastavak...

16. ?
nesreća… sreća…
svaki puta… desetak puta…
nemoguće… nevjerojatno…

17. Pregled metodologija znanstvenog istraživanja postupci istraživanja
neznanstveni i znanstveni postupci

18. Metodologija znanstvenog istraživanja
znanost kao način razmišljanja
znanstveno djelovanje
privremeno tumačenje
hipoteza
zaključak
provjerljivost
postavke ® činjenice ® znanje
TVRDNJA
OBRAZLOŽENJE
PROVJERA

19. Neznanstveni postupci istraživanja
ustrajnost (navika, stav, vjerovanje, inercija)
autoritet
intuicija (očiglednost)

20. Pokus pokus – istraživanje / dio istraživanja planiranje pokusa
randomizacija
maskiranje

21. Maskiranje
jednostruko
dvostruko
trostruko
četverostruko

22. Istraživačka logika deterministički model sustava
probabilistički model sustava
vjerojatnost događaja – p(D) 0  p(D)  1

23. Uzorak i populacija populacija mjereno obilježje
SPOZNAJA O
POPULACIJI
populacija mjereno obilježje
uzorak statistička obrada
podataka
UZORKOVANJE
PROCJENA
SPOZNAJA O
UZORKU

24. Mjerno obilježje Mjerne ljestvice NOMINALNA ORDINALNA INTERVALNA
OMJERNA

25. Uzorak reprezentativan mjerljiv slučajni (probabilistički)
jednostavni slučajni
sustavni slučajni
slojevit (stratificirani) slučajni
skupovni (klasterirani) slučajni

26. Uzorak – zavisnost
ZAVISNI
NEZAVISNI

27. Uzorak – odrednica dio populacije pojmovna odrednica
vremenska odrednica
prostorna

28. Hipoteza
znanstvena hipoteza
statistička hipoteza

29. Statistička hipoteza elementarna tvrdnja
točna (istinita) ili netočna (neistinita)
provjera hipoteze = traženje istine
istina – stvarno, objektivno stanje
probabilistički sustav: istina  vjerojatnost
značajno – ono što se ostvaruje na svaki drugi način osim slučajno iskaz vjerojatnosti  razina značajnosti

30. Dokazivanje statističke hipoteze
CD Kontrolna Ispitanici s Statistika
skupina PTSD H p
CD3 39,0 (15,1 – 61,1) 44 (32,3 – 57,7) 0,59 0,442
CD4 3,5 (2,1 – 5,8) 10,3 (6,5 – 17,4) 15,9 0,018
Razlikuje li se razina CD4 u ispitanika u istraživanju?
Škarpa I et al. Croat Med J 2001;42:551-5.

31. 1. postavljanje hipoteze
nulta – H0-hipoteza: razlike nema!
“Nema razlike u razinama CD4.”
suprotna – H1-hipoteza: razlike ima!
“Razine CD se razlikuju.”
samo jedna može biti istinita
samo jedna može biti prihvaćena, dok će ona druga biti odbačena

32. 2. Odabir testa testovi dokazivanja statističkih hipoteza ovisnost
osobine obilježja - mjerne ljestvice
osobine uzoraka
veličina
povezanost
osobine raspodjele
parametrijski
neparametrijski
broj obilježja - uni/bi/multivarijatni testovi

33. (nastavak) Ljestvica Jedan uzorak Dva uzorka Tri i više uzoraka
Ovisni Neovisni Ovisni Neovisni
Nominalna binomni test McNemara Cohran
hi-kvadrat Fisher hi-kvad
hi-kvadrat/
Ordinalna Kol/Smir. Wilcoxon Friedman
homologni MW p/medijan
Moses KW
Intervalna
Omjerna . . .

34. 3. Određivanje razine značajnostip
a ako se p određuje prije izračunavanja
a – vjerojatnost odbacivanja H0 kad je ona stvarno točna i istinita
tzv. a-pogrješka (pogrješka I. vrste)
što manja!
uobičajene vrijednosti, npr. p<0,05

35. (nastavak) zašto upravo to: p<0,05? POKUS
bacanje novčića: pismo/glava
2x isto uzastopce = 0,5
3x = 0,25
4x = 0,125
5x = 0,0625
...
zašto upravo to: p<0,05?

36. 4. Izračunavanje
matematički račun
primjer...
MedCalc

37. 5. Zaključivanje
mala vrijednost “p” = mala vjerojatnost da ne prihvaćama ono što je istinito
zaključivanje:
p < a
vjerojatnost istinitosti H0 je mala
odbacujemo (ne prihvaćamo) nultu hipotezu
prihvaćamo alternativnu, H1
potvrdimo je, iskažemo, uz p=...

38. (nastavak – zaključak)
CD Kontrolna Ispitanici s Statistika
skupina PTSD H p
CD3 39,0 (15,1 – 61,1) 44 (32,3 – 57,7) 0,59 0,442
CD4 3,5 (2,1 – 5,8) 10,3 (6,5 – 17,4) 15,9 0,018
Razlikuje li se razina CD4 u ispitanika u istraživanju?
Škarpa I et al. Croat Med J 2001;42:551-5.

39. Pogrješke testiranja hipoteze
PRAVO STANJE ZAKLJUČENO
RAZLIKA RAZLIKA
POSTOJI (H1) NE POSTOJI (H0)
ISPRAVAN a pogrješka RAZLIKA
ZAKLJUČAK (I. vrste) POSTOJI
(H0 odbac.)
b pogrješka ISPRAVAN RAZLIKE
(II. vrste) ZAKLJUČAK NEMA
(H0 prihvat.)

40. WWW… http://faculty.vassar.edu/lowry/VassarStats.html

41. Na kraju…

42. Pogrješka temeljne prosudbe
Kahneman D, Tversky A. On prediction and judgement. Oregon Res Inst Bull 1972;371:100.

43. Osjetljivost testa = TP / (TP + FN)
Stanje
Postupak postoji (npr. bolestan) ne postoji (npr. zdrav)
pozitivan ISPRAVNO POZITIVNI LAŽNO POZITIVNI
nalaz (TP) (FP)
negativan LAŽNO NEGATIVNI ISPRAVNO NEGATIVNI
nalaz (FN) (TN)
Osjetljivost testa = TP / (TP + FN)
Specifičnost testa = TN / (FP + TN)
Pozitivna prediktivna vrijednost = TP / (TP + FP)
Negativna prediktivna vrijednost = TN / (FN + TN)

44. OSPORAVA SE IZJAVA, TESTIRANJE NOĆNE VIDLJIVOSTI
RAZLUČIVANJA BOJA: PREPOZNAVANJE 80%, GRIJEŠI 20% (OBJE) p(zeleni) = ?
OČEVIDAC NEZGODE: “ZELENI TAXI”
p(zeleni) = ?
15%
85%
PROMETNA NEZGODA, NOĆ, VOZAČ POBJEGNE
p(zeleni) = ?
p = 0,15 (15%)
Osjetljivost testa = 80%, Specifičnost testa = 80%
p = 1 (100%)
p = 0,8 (80%)

45. Osjetljivost testa = 80%, Specifičnost testa = 80%
Stvarna boja vozila
Svjedok
vidi
zeleno
plavo
ukupno
Osjetljivost testa = 80%, Specifičnost testa = 80%
Poz. PV = 12/(12+17) = 12/29 = 0,41
p = 0,41 (41%)

46. Mudrost zaključivanja!
ZNANOST  obradba podataka
p = 0,41 (41%)

47. E-pošta: mladenp@medri.hr
Priopćavanje
E-pošta:
Klinička bolnica Dubrava
Klinički zavod za laboratorijsku dijagnostiku
Avenija G. Šuška 6, Zagreb 
Katedra za medicinsku informatiku
Medicinski fakultet Sveučilišta u Rijeci
Ulica braće Branchetta 20, Rijeka 