1. Lehninger Principles of Biochemistry
David L. Nelson and Michael M. Cox
Lehninger Principles of Biochemistry
Fourth Edition
Part II:
Bioenergetics and Metabolism
Copyright © 2004 by W. H. Freeman & Company

2. Hringrás kolefnis í náttúrunni

3. Hringrás niturs í náttúrunni

4. Orka, niðurbrot og nýsmíð

5. Efnaskiptaferli
Flest efnaskiptaferli eru ógagnhverf
Ferli niðurbrots og nýsmíðar eru ólík
Ferlin hafa skuldbindingarskref
(committed steps)
sem eru ógagnhverf stýriskref
Ferlunum er stýrt
Ferlin eru staðsett í ólíkum frumuhlutum

6. Nafngiftir og flokkun ensíma
Oftast eru ensím kennd með stuttnefnum við hvörfin
sem þau hvetja (alkóhóldehýdrógenasi)
eða þau hafa eldri, hefðbundin nöfn (pepsín)
Reynið að tengja saman efnahvörfin sem ensím hvetur
og nafn þess
Ensímum er skipt í sex flokka og þau bera flókin,
kerfisbundin nöfn
Oxídóredúktasar
Transferasar
Hýdrólasar
Lýasar (sýnþasar)
Ísómerasar
Lígasar (sýnþetasar)

7. Efnaskiptaferli stefna saman (a), greinast (b), eru hringlaga (c)

8. Einnig má flokka ensímhvött efnahvörf
með öðrum hætti
Oxun/afoxun
Tengi rofin milli kolefnisatóma
Brottnám, ísómerisering
Flutningur hópa
Stakeindahvörf (free radical reactions)

9. Rof tengja milli kolefnisatóma

10. Oxunarstig lífrænna sameinda

11. Oxunar- og afoxunarhvörf

12. Myndun og rof C-C tengja

13. Flutningur hópa

14. Brottnám og álagning vatns

15. Ísómerisering - hverfun

16. Resonansmyndir fosfats - vok

17. Resonansmyndir fosfats 2

18. Flutningur fosfathóps frá ATP á glúkósa

19. Pentakóvalent millistig myndast

20. Hvarfagangar í lífefnafræði og lífrænni efnafræði
Oftast eru ensímhvattir hvarfagangar svipaðir
og í lífrænni efnafræði
Nokkrir hvarfagangar verða teknar sérstaklega fyrir
Þekking á hvarfagöngum ensíma nýtist við hönnun lyfja
eða í erfðatækni
Hvarfagangur serínpróteinasa er gott dæmi
Fjölmargir aðrir hýdrólasar hafa svipaðan hvarfagang
(esterasar, lípasar)

21. Nokkrir áhugaverðir hvarfagangar í efnaskiptaferlum
Glýkólýsa; Fosfóglúkóísómerasi, fosfóglýserómútasi
Þessir hvarfagangar koma endurtekið fyrir í öðrum ferlum
Glýseraldehýð-3-fosfatdehýdrógenasi
Sítrónusýruhringur
Pýrúvatdehýdrógenasakomplex
og alfaketóglútaratdehýdrógenasakomplex
(berið saman við glýseraldehýð-3-fosfatdehýdrógenasa)

22. Nokkrir áhugaverðir hvarfagangar í efnaskiptaferlum 2
Meginatriði ATP-sýnþasa
Virkjun fitusýra og lípasar
Sýklóoxýgenasi
Transamination (lauslega)
MeþýlmalónýlCoA-mútasi (lauslega)
Ríbónúkleotíðaredúktasi (lauslega)
Í báðum hvarfagöngum koma stakeindir (free radicals)
fyrir sem millistig
Samanburður á skrefum í sítrónusýruhring og oxun fitusýra
Samanburður á skrefum í sítrónusýruhring og þvagefnishring