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4. RNA polymerases RNA polymerase I synthesizes rRNA in the nucleolus.
RNA polymerase II synthesizes mRNA in the nucleoplasm.
RNA polymerase III synthesizes small RNAs in the nucleoplasm.
All eukaryotic RNA polymerases have ~12 subunits and are aggregates of >500 kD.
Some subunits are common to all three RNA polymerases.
The largest subunit in RNA polymerase II has a CTD (carboxy- terminal domain) consisting of multiple repeats of an eptamer.

5. I geni per gli rRNA sono ripetuti in tandem nei genomi eucariotici
ETS
18S
ITS
28S
NTS
RNA
RNA
DNA
DNA
gene
promoter
60/81 bp
repeats
spacer
other repetitive
elements
DNA

6. I PRECURSORI DEGLI rRNA SONO PIU' LUNGHI
DELLA SOMMA DEI DUE rRNA MATURI

7. rRNA genes
Ribosomal RNA is coded by a large number of identical genes that are tandemly repeated to form a cluster(s).
Each rDNA cluster is organized so that transcription units giving a joint precursor to the major rRNAs alternate with nontranscribed spacers.

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14. Gene reporter

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18. SV40 (promotore precoce)
Alcuni promotori eucariotici 1
-20
-40
-60
-80
-100 10
-120
-140
Ottamero
CAAT GC
TATA
SV40 (promotore precoce)
Timidina kinasi
Istone H2B

20. ELEMENTI DI RISPOSTA Agente regolatore Modulo Consensus Fattore
Grandezza
(dalton)
Shock termico
Glucocorticoidi
Cadmio
TPA
Siero
HSE
GRE
MRE
TRE
SRE
CNNGCCNNTCCNNG
TGGTACAAATGTTCT
CGNCCCGGNCNC
TGACTCA
CCATATTAGG
HSTF
Recettore ?
AP1
SRF
93,000
94,000
39,000
52,000

21. Response elements
Response elements may be located in promoters or enhancers.
Each response element is recognized by a specific transcription factor.
A promoter may have many response elements, which may activate transcription independently or in certain combinations.

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25. Enhancers
Similar sequence elements are found in enhancers and promoters.
Enhancers form complexes of transcription factors that interact directly or indirectly with the promoter.

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37. LCR and insulators
An LCR is located at the 5 end of the domain and consists of several hypersensitive sites.
Insulators are specialized chromatin structures that have hypersensitive sites.
All known insulators are able to block passage of any activating or inactivating effects from enhancers, silencers, or LCRs.
In some cases, insulators have directionality, and may stop passage of effects in one direction but not the other.

38. Possono essere distinti in: - Fattori generali - Fattori a monte
FATTORI DI TRASCRIZIONE NEGLI EUCARIOTI
( trans-acting factors = fattori che agiscono in trans )
Possono essere distinti in:
- Fattori generali
- Fattori a monte
- Fattori inducibili

39. Assemblaggio del complesso di inizio su un promotore Pol II Pol Pol II
TATA -1 -2 -3 -4 -5 1 2
TFII D
TFII A
TFII B
Pol II
TFII E
1 TBP +
vari TAF
TFIIF

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42. Le tre RNA polimerasi sono posizionate a livello di tutti i promotori da un fattore che contiene la TBP

43. Initiation at pol II promoters
Binding of TFIID to the TATA box is the first step in initiation.
Other transcription factors bind to the complex in a defined order, extending the length of the protected region on DNA.
When RNA polymerase II binds to the complex, it initiates transcription.

44. Later events of pol II initiation
TFIIE and TFIIH are required to melt DNA to allow polymerase movement.
Phosphorylation of the CTD may be required for elongation to begin.
Further phosphorylation of the CTD is required at some promoters to end abortive initiation.
The CTD may coordinate processing of RNA with transcription.