1. Molekulárně taxonomický software

2. Získávání taxonomických programů Základní zdroj - Internet freeware shareware firmware servery – zpracovávání dat na vzdáleném počítači

3. FAQ (Frequently asked questions) Více nebo méně organizovaná a udržovaná datatabáze informací týkajících se určitého tématu Databáze (WWW stránky) nabízející přehled programů pro molekulární fylogenetiku, včetně odkazů na servery, odkud je možno příslušné programy získat: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software. html http://bio.img.cas.cz/links/ http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/software/software.html http://www.helpdesk.hik.se/handledning/advanced/bioinfo rm/BIOINFORMATICS_2001version26.html

4. Programové balíky Phylip -distanční i znakové metody, pomocné programy, freeware PAUP –parsimonie, mnoho metod, cca. 100$ MEGA 2 -distanční (NJ,ME), parsimonie, bootstraping, některé testy Molevol -parsimonie i distance, pomocné programy, freeware

5. Programové balíky II VOSTROG -alignment, parsimonie, distance Fitch Programs -asi 20 programç, manipulace s sekvencemi, dendrogramy, freeware

6. Parsimonie PAUP Hennig86 -rychlé programy, řada metod, 50$ NONA -umožňuje zadat váhu mutacím Freqpars -parsimonie na podklad frekvencí alel, freeware WTPARS -vážen< parsimonie, freeware

7. 7

8. Distanční metody MacT -počítá distance a NJ, freeware ODEN -počítá distance DNA a proteinç TREECON -počítá stromy a maluje RAPDistance -různé distance, freeware RSVP -distance z restrikčních map

9. Maximální věrohodnost FastDNAml -freeware MOLPHY 2.2 -DNA i proteiny PAML 1.0 - proteiny i DNA -freeware PUZZLE -kvartetová metoda, freeware

10. Manipulace s daty ClaDos -manipulace se stromy, freeware MacClade -pro Macintosh BioEdit

11. Bootstrapping a spol. Random Cladistics -potřebuje Hannig86 Zharkikh programs pro bootstrapping ABLE -testuje i konstantnost evoluce v jednotlivých větvích, freeware CLINCH -comptatibilita dat, freeware SplitTree, Quarted puzle – protichůdný signál

12. 12

13. Alignment Malign -freeware TreeAlign freeware, multiple alignment Macaw -interaktivně Clustal (W,X) – freeware, multiple alignment Dialign – server (nejlepší ale nejpomalejší) Bioedit – freeware (Clustal algoritmus), mnoho funkcí Seaview - freeware (Clustal algoritmus), mnoho funkcí

14. FreeTree Volně šířitelnv program pro výpočet distancí na podklad binárních dat např. (DNA-fingerprinting), konstrukci dendrogramů metodami UPGMA a N-J a pro bootstrapping a jackknifing analýzu jejich spolehlivosti. http://www.natur.cuni.cz/~flegr/PROGRAM Y/freetree

15. 15

16. 16

17. 17

18. 18

19. Populační genetika Cervus – metoda ML, počítá pravděpodobnost rodičovství, frekvence alel v populaci, FW MLT – DOS, ML, frekvence oucrossingu, inbreeding koeficient AREQUIN – genová a nukleotidová diversita, frekvence haplotypů, HW rovnováha, testy neutrality FSTAT – podobné, navíc počítá C.I. Pomocí resampling testů.

20. Závěry Programů je dost, je třeba vědět kde je hledat Je třeba vědět co hledat Nemá cenu se učit zacházet s programem „naslepo“, je třeba si to vlastnoručně osahat na počítači.