Download presentation
Presentation is loading. Please wait.
1
Gena- og gagnasöfn (GEG1103) Fyrirlestrar 31-32 Umritamengi DNA-flögur (microarrays)
2
Umritamengi Genamengi (genome): Hvað getur lífveran gert? Umritamengi (transcriptome): Hvað er lífveran að gera? Breytilegt milli vefja og með tíma Geta verið mjög praktískar upplýsingar Þúsundir gena tjáðar samtímis óhentugt að einangra hvert umrit fyrir sig þurfum aðferð sem getur skimað mikinn fjölda umrita samtímis
3
DNA-flögur (microarrays) Box bls. 68-69 í Lesk http://www.sciencemag.org/feature/e-market/benchtop/chips_030405.shl http://www.sciencemag.org/feature/e-market/benchtop/chips_030405.shl Nýleg tækni. Fyrst lýst af Schena et al. 1995 (Science 270, 467-470) Lesum tjáningu þúsunda gena samtímis Berum saman tjáningu milli tilraunaaðstæðna
4
Kjarnsýra ýmist “spottuð” (array) eða “prentuð” á glerflögu með photolithography (chip) Tækni fengin úr hálfleiðara-iðnaðinum Oftast cDNA oligonucleotide (~ 25- 500 basar) Prentunartækni Affymetrix við gerð GeneChip ® DNA-flagna http://www.affymetrix.com DNA-flögur (microarrays)
5
–mRNA einangrað úr vef –mRNA merkt, t.d. með flúrljómandi efni –mRNA-ið binzt (basaparast) við samsvarandi röð á flögunni http://www.transcriptome.ens.fr
6
DNA-flögur (microarrays) Einlitar flögur: –eitt sýni, merkt með einu litarefni –hver depill táknar eitt gen –því dekkri depill, þess meira magn af mRNA umriti Þurfum gagnabanka sem segir hvaða gen er í hverjum punkti
7
Tvílitar DNA-flögur ( two channel microarrays ) Tvö mismunandi sýni: –Kontról (grænn litur – t.d. Cy3) –Sample (rauður litur – t.d. Cy5) Bæði sýnin látin á sömu flöguna og basapörun látin eiga sér stað –Hver depill getur nú fengið einn af 4 mögulegum litum http://www.bsi.vt.edu
8
Tvílitar DNA-flögur ( two channel microarrays ) 4 litir: –Grænn –Grænn: tjáning hærri í kontról-sýni –Rauður –Rauður: tjáning hærri í tilrauna-sýni –Gulur –Gulur: jöfn tjáning í báðum sýnum –Svartur –Svartur: engin tjáning Magngreinum tjáninguna afstætt Getum flokkað gen eftir tjáningarmunstri
9
Hierarchical Clustering http://cfpub.epa.gov/ncer_abstracts/index.cfm/fuseaction/display.abstractDetail/abstract/975/report/2001 Getum stillt upp mörgum tilraunum og flokkað gen eftir tjáningu við mismunandi aðstæður
10
Krol & Becker 2004 Sinorhizobium meliloti – -proteobaktería –vex í samlífi með baunaplöntum –myndar rótarhnúða (root nodules) –Rm1021 tjáir phoD óskilyrt (constitutive), en í Rm2011 er phoD aðeins tjáð við fosfatskort –RmH406: phoB stökkbrigði http://soils.usda.gov/sqi/soil_quality/soil_biology/images/
11
Krol & Becker 2004 “Pho regulon” –PhoB og PhoR stýra tjáningu fjölda gena (a.m.k. 31 gen í E. coli), þ.m.t. S –Virkjast við fosfórskort –phoCDET operon (tjáir fosfat-ferju) er stýrt af PhoB/R í S. meliloti, tjáning eykst við fosfatskort –Tjáning pit operons minnkar við fosfatskort http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
12
Krol & Becker 2004 DNA-flögur búnar til: 6223 fákirni (70-liður) smíðuð skv. S. meliloti genamengi á NCBI Rm1021, Rm2011 & RmH406 ræktaðar í æti með 100 mM Pi 2 mM Pi 0,1 mM Pi mRNA safnað og cDNA búið til og merkt með Cy3 og Cy5 Tjáning pit og phoC er eins og við mátti búast DNA- flögurnar virka rétt
13
Krol & Becker 2004 http://www.genetik.uni-bielefeld.de/~abecker
14
Krol & Becker 2004 http://www.genetik.uni-bielefeld.de/~abecker
15
Krol & Becker 2004 Hierarchical clustering sýnir 3 megin-hópa gena sem fosfórskortur og/eða phoB hafði áhrif á –I: Tjáning eykst við fosfórskort og er háð phoB –II: Tjáning óháð phoB, en er samt aukin við fosfórskort –III: Tjáning minnkuð við fosfórskort, óháð phoB
Similar presentations
© 2025 SlidePlayer.com. Inc.
All rights reserved.