1. 序列分析工具:MDDLogo
謝勝任
林宗慶
指導教授:李宗夷 教授

2. 動機
現今生物序列不斷被解碼，我們可以在各個生物資料庫中抓到序列資訊,但生物序列資料量龐大，我們應先將其做簡易分群，方便後續觀查。

3. 目的
使用一種統計方式來將序列分群，並以網頁方式呈現，使用者亦可下載source code使用。

4. 使用工具
1.Weblogo
2.CHI-square

5. 使用工具(1)
Weblogo ：一個將序列圖像化的網站，
用其呈現分類後的
　樹狀圖，方便使用
　者觀查分類後序列
　群的特性。

6. 使用工具(2)
CHI-square公式:
fi=觀察次數
ei=期望次數

7. 使用工具(2)

8. 分析流程 Step1:選擇分類特性，將各特性做成集合。
Step2:輸入序列長度、Central Position、Cluster Size。
Step3:輸入計算特徵分數方法(1.出現次數2.CHI-square)。
Step4:讀入FASTA格式的序列資料。
Step5:將序列依特性做CHI-square 計算，並得到序列各個位置的分數。
Step6:在最高分的位置上，依選擇的特徵計算方式找出特徵集合。
Step7:將找出的位置和特徵集合當作分類依據來分類。
Step8:將分類後的序列儲存。
Step9:重覆step4~Step8 直到序列數量小於Cluster Size。
Step10:程式結束。

9. 分析流程圖

10. 研究結果
分群內容
序列分類樹狀圖

11. 網址