2. ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek

4. START לפי החוק השני של מנדל

6. ANIMATION 5.1B

7. לא לפי החוק השני של מנדל

13. “They are linked” or “pr is linked to vg” or "הם בתאחיזה" And… The farther the genes are from each other, the more likely that a crossover occurs between them. The testcrossed dihybrids’ offspring ratio diverges from ¼ : ¼ : ¼ : ¼ and from 50% paternal, 50% recombinant

14. A B The farther the genes are from each other, the more likely that a crossover occurs between them.

18. מרחק גנטי תדירות רקומביננטים 10.7 cM

19. With genetic distances, we can build ‘Genetic Maps’ for an organism

21. Map distances are additive To resolve between 2 possibilities, do cross with B and C OR, do 3-point test cross of A, B, and C

22. Recomb: sc - ec? 56=12+14+14+16

23. Recomb: sc - vg? 502=241+231+14+16 sc and vg -unlinked

24. Recomb: ec - vg? 498=241+231+14+12 sc and vg -unlinked ec and vg -unlinked

29. B A a b

31. ALSO Fig 5.15 Map with 356 cM

32. P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e F1 trihybrid is test-crossed A D E 380 a d e 405 a D E 40 A d e 35 a d E 65 A D e 70 a D e 3 A d E 2 1000 Recomb: a - d? 80=40+35+3+2 A 8.0 D

33. P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e F1 trihybrid is test-crossed A D E 380 a d e 405 a D E 40 A d e 35 a d E 65 A D e 70 a D e 3 A d E 2 1000 Recomb: d - e? 140=70+65+3+2 A 8.0 D D 14.0 E D A E A D E D E A ?

34. P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e F1 trihybrid is test-crossed A D E 380 a d e 405 a D E 40 A d e 35 a d E 65 A D e 70 a D e 3 A d E 2 1000 Recomb: a - e? 210=40+35+65+70 A 8.0 D D 14.0 E A 21.0 E

35. P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e F1 trihybrid is test-crossed A D E 380 a d e 405 a D E 40 A d e 35 a d E 65 A D e 70 a D e 3 A d E 2 1000 Recomb: a - e? 210=40+35+65+70 A 8.0 D D 14.0 E A D E a d e A D E 220=40+35+65+70 +3+3+2+2 X A 8.0 D 14.0 E  22.0 

37. Recomb: cv - ct? 93/1448=45+40+3+5 ct 6.4 cv

39. P pure lines: (v + ) cv ct X v (cv + ct + )

42. A D E 380 a d e 405 a D E 40 A d e 35 a d E 65 A D e 70 a D e 3 A d E 2 1000 A 8.0 D 14.0 E  22.0 

43. Recomb: v - ct+? 191/1448=89+94+3+5 ct 6.4 cv v 13.2 ct

44. Recomb: v - cv+? 284/1448=45+40+89+94 +3+3+5+5 ct 6.4 cv v 13.2 ct 19.6

45. A D E 380 a d e 405 a D E 40 A d e 35 a d E 65 A D e 70 a D e 3 A d E 2 1000

46. Fruitfly (Drosophila melanogaster)

47. Tomato

51. S A Meta-analysis II.D. Beyond mapping +? -?

52. Interference (I) = 1 - c.o.c. = In our example Interference:

53. 1. Calculate recombinant frequencies for each pair of genes: 2. Represent linkage relations in a linkage map: 3. Determine the double recombinant classes. 4. Calculate the frequency and number of double recombinants expected if there is no interference: 5. Calculate interference: Interference :

54. onward

55. IA תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית IB שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן' II "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית – 2  III התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function” IV טטרדות – מיוזות בודדות, ומיפוי בין גן לצנטרומר שיטות מיפוי נוספות

56. מרחק גנטי תדירות רקומביננטים 10.7 cM

58. Choose to do F1 self cross? pr vg 0.0535 pr+ vg 0.4465 pr vg+ 0.4465 pr+ vg+ 0.0535 תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית Self cross ! 0.0535 0.4465 0.4465 0.0535 (0.0535) 2 ( ) … … … … etc. 0.0535 X 0.4465 How does it work?... Do a thought experiment

59. תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית pr vg 0.0535 pr+ vg 0.4465 pr vg+ 0.4465 pr+ vg+ 0.0535 0.0535 0.4465 0.4465 0.0535 (0.0535) 2 ( ) … … … … etc. 0.0535 X 0.4465 Can’t do F1 test cross?… must SELF-CROSS the dihybrids z=0.024

60. תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית Can’t do F1 test cross?… must SELF-CROSS the dihybrids z=0.024

61. Can’t do F1 test cross?… must SELF-CROSS the dihybrids

62. תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן' שיטות מיפוי נוספות

63. X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן'

64. X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ Human שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן' Гемофилия?

65. Human X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן'

66. Human X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן'

68. IA תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית IB שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן' II "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית – 2  שיטות מיפוי נוספות

69. 40% board "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית – 2 X

71. 44%

72. "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית – 2 X assume they are unlinked ההשערה (היפותיזה) שאנחנו בודקים: " A & B אינם בתאחיזה"

73. "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית – 2 X

74. P~0.007 ואומרים ש -A ו -B כן בתאחיזה ש -A ו -B לא בתאחיזה התוצאות "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית – 2 X / היפותזה

76. R/_ Y/_

79. התוצאות התוצאות בהחלט החזיקו את ההשערה שלEpistasis 0.975 > P > 0.9