1. Ген-ориентированные базы данных и геномные браузеры Что такое ген-ориентированные базы данных? Самые простые примеры таких БД Примеры геном-ориентированных баз данных и геномные браузеры Human Genome Browser

2. Что такое ген-ориентированные базы данных? Единица исследования – ген (а не экспериментальная последовательность) Призваны снабжать информацией по конкретному гену, а не “последовательностям, относящимся ко данному конкретному гену” – интегрируют все такие части в единое целое за Вас

3. Первый пример – Gene Entrez (бывший LocusLink) в NCBI Единица – генетический локус – конкретное место на хромосоме, кодирующее данный белок и/или соответствующее данному гену

4. DUT ген человека

5. Продолжение записи: Bibliography –Related Articles in PubMed –GeneRIFs: Gene References Into Function Interactions General gene information –Markers –Genotypes –Pathways –Homology GeneOntology General protein information (Names, ECs, ACs) NCBI Reference Sequences (RefSeq) –mRNAs and proteins –Reference assembly + Alternate assembly: Genomic Related Sequences (links between ACs of different types) Additional Links (OMIM, PharmGKB, HRDP, UniGene)

6. MapViewer

7. Геномные базы данных Объект – полный геном Возможность одновременно изучать все гены одного генома Сравнение друг с другом целых геномов – сравнительная геномика (comparative genomics) Интеграция всей доступной информации о данном геноме Основная информация о генах, но в геномном контексте Геномные браузеры – графическое представление всей интегрированной информации NCBI -> Genomic Biology (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/

8. Вирусные геномы http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/VIRUSES/viruses.html Под таблицей – поиск (точное название генома или любого другого уровня таксономии)

9. HIV2 геном

10. Sequence Viewer

11. “Protein coding genes” link

12. gMap (comparative genomics) Zoom in, zoom- out Выбрать подмножество геномов Или кластер (!) Графическая схема в каждом окне своя!

13. Бактериальные геномы на сайте NCBI Tools legend: T - TaxMap; P - ProtTable; C - COG Table; D - 3-D neighbors; L - BLAST; S - CDD search; G - GenePlot; X - TaxPlot; M - gMap; F - FTP; R - Publications

14. COG Table

15. COG Table – регион (Overview)

16. TaxMap Каждая точка – ген Положение – слева направо, сверх вниз Цвет соответствует таксону лучшего BLAST-хита Только выше выставленного порога Распределение всех бласт хитов – нижняя диаграмма Click на точку – список бласт хитов к сегменту

17. Genomes in progress

18. TIGR Comprehensive Microbial Resources Стратегия – от инструмента, а не от генома http://cmr.tigr.org/tigr- scripts/CMR/CmrHomePage.cgi

19. Все геномы на TIGR

20. Эукариоты NCBI – Map Viewer, FTP для полной последовательности, таксономические группы, ссылки на специализированные базы данных MapViewer – подобно LocusLink

21. Human Два основных браузера: Ensembl (http://www.ensembl.org) – EBI & Sanger Institute, использует свои IDs, 35 эукариотических видовhttp://www.ensembl.org Human Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/) – UCSC, USAhttp://genome.ucsc.edu/ использует GenBank IDs, 41 эукариотический вид

22. Ensembl Ensembl Tutorials and Worked Examples: http://www.ensembl.org/info/helpdesk/tutorials/index.html

23. Human Genome Browser RefSeq ID Chr Band Gene name Coords

24. DUT gene (dUTPAse)

25. Анализ RefSeq трека

26. Provided tracks (types)

27. Custom Track Возможность визуализировать свою собственную аннотацию: места локализации каких-либо своих свойств Upload – в BED, GFF, GTF, WIG или PSL формате: Напр., chr11500319498name11+ chr15895459871name21+ chr1321669332669name31-

28. Как это выглядит?

29. BLAT BLAT = BLAST с параметрами, оптимизированны ми на поиск локализации последовательно- стей в родном геноме

30. Table Browser