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生物資訊的使用 也許您不必將它當成您的研究領域 但您最好知道如何使用這個工具
張猷忠 陽明大學生化所
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何謂生物資訊? 生物資訊有那些? 在不同人眼中的生物資訊(學): 相關文獻資料 核酸及蛋白質序列 分析工具軟體 分子生物學家,遺傳學家
期刊報告、統計數據、醫院病歷、專利資訊、辭典書籍等。 核酸及蛋白質序列 基因體序列、cDNA序列、起動子序列、轉錄因子序列等。 分析工具軟體 GCG, BLAST, FastA, … 在不同人眼中的生物資訊(學): 分子生物學家,遺傳學家 結構生物學家,藥物或藥理學家 資訊學家
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什麼是生物資訊學? Bioinformatics Infomation biology (Infobiology)
Computational biology Biologist Informaticist Statisticist
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瞭解生物資訊的重要性 可以知道有那些資訊是已知的 可以知道在那裏可以找到這些資訊 要知道如何使用這些資訊 還要知道目前的潮流趨勢
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瞭解生物資訊的重要性 Genome projects Post-genomic era
>500 viruses, >25 bacteria, Caenorhabditis elegans, Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogaster; Human, mouse, rice, … Post-genomic era Genomics, Drug discovery, Disease gene finding, Molecular evolution, Biotechnology, … Positional candidate cloning vs functional cloning
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生物資訊的產生及累積 期刊文獻報告 基因體序列 EST(表現序列標幟) 科學期刊總數(ISI): 8,657
hiv (PubMed): 89,174; 12 (1984); 8,235 (1999); 241 (1999, JV) 基因體序列 >800 organisms EST(表現序列標幟) February 19, 1999: 1,270,291 (human); 2,153,771 July 28, 2000: 2,208,221 (human); 5,292,022
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生物資訊的產生及累積 8,604,000,000 bases in 7,077,000 sequence records
June, 2000
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生物資訊的整理及分析: 以RSDB為例 跨領域的合作 (中央、台大及陽明) 資料的蒐集及提供 序列分析程式軟體的開發
演算法的改進及加快電腦運算速度 資料庫的建立 搜尋引擎及查詢介面 資料探採 (基因的表現調節、基因體結構、生物演化及分類)
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生物資訊的獲得 期刊、書籍等各類印刷品 套裝應用軟體程式 各型新聞媒體 各類書報討論會、研習會、研討會或各型學術會議
網路上的各種生物資訊資源
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個人電腦上的生物資訊軟體 免費軟體 付費軟體
ISIS Draw, Array Viewer, Spotfinder, Lucy, ClustalW, Glimmer, Staden (Unix), AAT, MUMmer, Annotator, Assembler, btab, Blast2, … 付費軟體 VectorNTI, MacVector, DNAsis, Plasmid Premier, Primer Premier 5, Array Disigner, Spotfire, …
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網路上的生物資訊 資料庫 生物資訊學分析工具 教學網站,大學系所或公司網頁 搜尋網站
PDB, Genbank, EMBL, SwissProt, dbEST, HTGs, dbSTS, TransFac, PubMed, OMIM, TDB, KEGG, USPTO, … 生物資訊學分析工具 ExPASy, Staden, GCG, BCM launcher, Biology workbench, Deambulum, … 教學網站,大學系所或公司網頁 POST, … 搜尋網站 WebBio, Biohunt, Nee-How, InFoseek, Yahoo, Alta Vista, GAIS, …
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網路上的生物資訊: 基因體計畫相關網站 Sanger Ceter, Genome Research (DOE), Joint Genome Institute (DOE), Human genome center (LLNL), hgsc (BCM), TIGR, Human Genome Projecy (ELSI), Genome Sequencing Ceter (wustl), NHGRI, … Entrez Genome View (NCBI), The Human Transcript Map (NCBI), Genome Catalog (ORNL), … Human Genome Advanced Annotation Tutorial, …
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網路上的生物資訊: 文獻查詢工具 NCBI (National Center for Biotechnology Information): Entrez (PubMed) NHRI (National Health Research Institute): Hint ExPASy: SeqAnalRef Medscape
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網路上的生物資訊: 序列的搜尋及取得 NCBI (National Center for Biotechnology Information): Entrez EBI (European Bioinformatics Institute): SRS GenomeNet (Institute for Chemical Research, Kyoto University): DBGET/LinkDB, STAG DDBJ (DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics): getentry: by accession numbers Sfgate & WAIS: by key words SRS: by key words
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網路上的生物資訊: 序列分析工具 免費使用: 需有帳號: BCM launcher ExPASy DEAMBULUM GCG Staden
網路上的生物資訊: 序列分析工具 免費使用: BCM launcher ExPASy DEAMBULUM 需有帳號: GCG Staden Biology workbench
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網路上的生物資訊: 專利查詢工具 Apipa: IPN, USPTO, EPO: CA-STN, Beilstein:
網路上的生物資訊: 專利查詢工具 Apipa: 工總提供書目式國內專利公報查詢。 無法針對化學結構與DNA序列檢索。 無全文資料。 IPN, USPTO, EPO: 利用網際網路查詢。 無法針對化學結構與DNA序列查詢。 CA-STN, Beilstein: 付費資料庫,檢索費用昂貴。 無中華民國專利資料。
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國內現有生物資訊的資源 生物資訊學教學網站: 生物資訊搜尋網站: 資料庫: 生物資訊學工具網站: 其它: POST
WebBio, Nee-How 資料庫: SRS, RSDB, PDB, SpecInfo, CSD, ICSD, ISIS, TWP, 衛生署中藥資料庫 生物資訊學工具網站: GCG, Staden, ExPASy 其它: Hint, STICNET
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