1. Нахождение ориджинов в последовательности нуклеотидов Выполнил: Ромашкин Амир, 445 гр. Руководитель: Профессор АФТУ, Порозов Юрий

2. Основные понятия ДНК – последовательность нуклеотидов(сиквенс): А, G, C, T Репликация – процесс синтеза дочерней молекулы ДНК Ориджины(ORI) – место(<50 нуклеотидов) начала репликации.

3. Мотивация Есть гипотезы о влиянии некоторых факторов на положение ORI Знания о положении ориджинов позволят:  Регенерировать клетки и управлять ростом организмов  Найти ключи к понимаю лечения рака Современные экспериментальные методы трудоемки, затратны, неточны Нет реальных вычислительных методов!

4. Гипотеза: Факторы Температура плавления(Tm) CpG-острова(CpG) Палиндромы(Pal) Геометрические факторы(Banana) Факторы транскрипций(Tfs)

5. Цели работы Изучить проблему нахождения ORI  Сформулировать варианты решения Написать приложение для упрощение анализа сиквенсов на наличие факторов  Уметь удобно получать сиквенсы и вычислять все факторы  Исследовать зависимость ORI от факторов Попробовать с “хорошей” вероятностью определять, есть ли в последовательности ориджин

6. Используемые технологии Python, BioPython lib..Net, Neurodotnet lib.

7. Проблемы Нетронутость проблемной области  Нет доказанных теорий  Все с нуля Неоднозначность факторов  Неясная интерпретация Гипотетичность темы

8. Двумя способами:  Количественно, на весь сиквенс количество Cpg-островов, средняя темп. плавления, количество палиндромов и тд  По окнам размером в 30 нуклеотидов Cpg, палиндромы, транскр.: сумма 3х минимальных расстояний до факторов. Темп. плавления, геом. факторы: среднее значение на окне. Обучение нейронной сети

9. Результаты(1\2) Практический вклад Сформирована база для дальнейшего исследования Был написано приложение, которое позволяет:  Получить последовательности  Вычислить все 5 факторов Вручную: Темп. плавления, Транскрипции Используя eMboss: остальные  Посмотреть результаты вычисления факторов  Посмотреть сосредоточение факторов в сиквенсе в виде графиков В нем реализована нейронная сеть, которая обучалась 2 вариантами:  Факторы на сиквенс  Факторы по окнам(30 нукл.)  Результаты обоих вариантов неудовлетворительны.

12. Результаты(2\2) Теоретический вклад Известные “сильные” ORI-содержащие сиквенсы не отличаются от обычных по количеству или сосредоточению факторов => эти факторы слабо определяют, либо вовсе не определяют ORI

13. Контакты Email: my.name.is.amirk@gmail.commy.name.is.amirk@gmail.com Skype: berezovaya_brunka Спасибо за внимание!