1. 第三节 丙酮酸氧化脱羧与三羧酸循环 Chapter 3 The pyruvate oxidization and citric acid cycle

2. 在有氧条件下，丙酮酸氧化脱羧形成乙酰 CoA ，后 者可进入三羧酸循环彻底氧化。 一、丙酮酸氧化脱羧 丙酮酸的氧化脱羧的部位：线粒体 The oxidative decarboxylation of pyruvate in mitochondria: the overall chemical transformation, involving five cofactors and three enzymes.

3. 一、丙酮酸氧化脱羧

4. E 1 —— 丙酮酸脱氢酶 (pyruvate dehydrogenase PDH) 。催化丙酮酸的脱羧及脱氢，形成二碳单位乙酰 基。具有辅基 TPP 。 E 2 —— 二氢硫辛酸转乙酰基酶 (dihydrolipoyl transacetylase TA) 。催化二碳单位乙酰基的转移。具 有辅基硫辛酸。 E 3 —— 二氢硫辛酸脱氢酶 (dihydrolipoyl dehydrogenase DLD) 。催化还原型硫辛酸 → 氧化型。 具有辅基 FAD 。 催化此过程的是丙酮酸脱氢酶复合体，它由 3 种酶有 机地组合在一起： 一、丙酮酸氧化脱羧

5. 整个过程涉及到的 6 个辅因子： TPP( 焦磷酸硫胺素 ) 、 SSL( 硫辛酸 ) 、 FAD 、 NAD + 、 CoA 、 Mg 2+ 等。 丙酮酸脱氢酶复合体呈圆球形，每个复合体含有： 6 个 PDH 、 24 个 TA 、 6 个 DLD 其中 TA 为复合物的核心，它的一条硫辛酸臂可以旋转。 一、丙酮酸氧化脱羧

7. Pyruvate dehydrogenase complexes from E. coli: the electron micrograph a huge multimeric assembly of three kinds of enzymes, having 60 subunits in bacteria and more in mammals.

8. pyruvate dehydrognase A model of the E. coli pyruvate dehydrognase complex complex showing the three kinds of enzymes and the flexible lipoamide arms covalently attached to E 2 E 2 (dihydrolipoyl transacetylase): consisting the core, 24 subunits; E 1 (pyruvate dehydrogenase): bound to the E 2 core, 24 subunits; E 3 (dihydrolipoyl dehydrogenase): bound to the E 2 core, 12 subunits. Pyruvate E2E2 E3E3 Hydroxyethyl-TPP CO 2 Acetyl-CoA

9. Coenzyme A (CoA-SH): discovered in 1945 by Lipmann, delivers activated acyl groups (with 2-24 carbons) for degradation or biosynthesis.

10. 三羧酸循环 (tricarboxylic acid cycle) ，又叫做 TCA 循环，是由于该循环的第一个产物是柠檬酸，它 含有三个羧基，故此得名。 该循环的提出的主要贡献者是英国生化学家 Krebs ，所以又称 Krebs 循环。 该循环还叫做柠檬酸循环。 1. 化学反应过程 二、 TCA 循环

12. Step 1. 乙酰 CoA 与草酰乙酸缩合成柠檬酸 1. 化学反应过程 二、 TCA 循环

13. An aldol condensation The methyl carbon of acety-CoA joins the carbonyl carbon of oxaloacetate; citroyl-CoA is a transient intermediate ; hydrolysis of the thioester bond releases a large amount of free energy.

14. Step 1. 乙酰 CoA 与草酰乙酸缩合成柠檬酸 这步反应由 C 4 → C 6 。 1. 化学反应过程 Citrate synthase. Citrate is shown in green and CoA pink 二、 TCA 循环

15. Step 1. 乙酰 CoA 与草酰乙酸缩合成柠檬酸 反应的能量由乙酰 CoA 的高能硫酯键提供，所以使 反应不可逆。此为醇醛缩合反应，先缩合成柠檬酰 CoA ，然后水解。 这步反应由 C 4 → C 6 。 1. 化学反应过程 二、 TCA 循环

16. Step 2. 柠檬酸异构化成异柠檬酸 1. 化学反应过程 Iron-sulfur (red), cysteines (yellow) and isocitrate (white) 二、 TCA 循环

17. Step 3. 异柠檬酸氧化脱羧 1. 化学反应过程 二、 TCA 循环

18. 这阶段放出了 1 分子 CO 2 ，由 C 6 → C 5 ；产生 1 分子 NADH Step 3. 异柠檬酸氧化脱羧 1. 化学反应过程 NADP + (gold); Ca 2+ (red)) 二、 TCA 循环

19.   - 酮戊二酸脱氢酶复合体与丙酮酸脱氢酶复合 体非常相似，也包含三种酶、五六种辅因子。 Step 4.  - 酮戊二酸氧化脱羧 1. 化学反应过程 二、 TCA 循环

20. TPP lipoate FAD (E 1, E 2, E 3 ) Decarboxylated first, then oxidized; the carbon released as CO 2 is not from the acetyl group joined; The  -ketoglutarate dehydrogenase complex closely resembles the pyruvate dehyrogenase complex in structure and function (the two E 1 s and two E 2 s are similar, the two E 3 s are identical). Reaction 4

21. Step 4.  - 酮戊二酸氧化脱羧 1. 化学反应过程 这阶段又放出了 1 分子 CO2 ，由 C5 → C4 ； 又产生 1 分子 NADH ；形成 1 个高能硫酯键。 二、 TCA 循环

22. 这阶段合成了 1 分子高能磷酸化合物 GTP Step 5. 由琥珀酰 CoA 生成高能磷酸键 1. 化学反应过程 Malonate ( 丙二酸 ) is a strong competitive inhibitor 二、 TCA 循环

23. Step 6. 琥珀酸氧化成延胡索酸 这一阶段的反应为 C4 的变化； 产生 1 分子 FADH2 、 1 分子 NADH 。 1. 化学反应过程 二、 TCA 循环

24. 这阶段需要经历三步反应 —— 脱氢、加水、脱氢 Step 7. 延胡索酸至苹果酸 这一阶段的反应为 C4 的变化； 产生 1 分子 FADH2 、 1 分子 NADH 。 1. 化学反应过程 二、 TCA 循环

25. Step 8. 苹果酸至草酰乙酸（再生） 1. 化学反应过程 Oxaloacetate is regenerated! 二、 TCA 循环

26. The active site of malate dehydrogenase. Malate is shown in red; NAD + blue. 1. 化学反应过程 Step 8. 苹果酸至草酰乙酸（再生） 二、 TCA 循环

27. 2. TCA 循环的总反应 二、 TCA 循环

28. 每经历一次 TCA 循环 有 2 个碳原子通过乙酰 CoA 进入循环，以后有 2 个 碳原子通过脱羧反应离开循环。 有 4 对氢原子通过脱氢反应离开循环，其中 3 对 由 NADH 携带， 1 对由 FADH 2 携带。 产生 1 分子高能磷酸化合物 GTP ，通过它可生成 1 分子 ATP 。 消耗 2 分子水，分别用于合成柠檬酸（水解柠檬 酰 CoA ）和延胡索酸的加水。 2. TCA 循环的总反应 二、 TCA 循环

29. 由 TCA 循环产生的 NADH 和 FADH 2 必须经呼吸 链将电子交给 O 2 ，才能回复成氧化态，再去接受 TCA 循环脱下的氢。 产物 NADH 和 FADH 2 的去路 : 所以， TCA 循环需要在有氧的条件下进行。否则 NADH 和 FADH 2 携带的 H 无法交给氧，即呼吸链氧 化磷酸化无法进行， NAD + 及 FAD 不能被再生，使 TCA 循环中的脱氢反应因缺乏氢的受体而无法进行 。 2. TCA 循环的总反应 二、 TCA 循环

30. 乙酰 CoA 通过 TCA 循环脱下的氢由 NADH 及 FADH 2 经呼吸链传递给 O 2 ，由此而形成大量 ATP 碳 源碳 源乙酰 CoA → 2CO 2 能 量能 量 1GTP → 1ATP 共 12ATP 3NADH → 3ATP×3 = 9ATP 1FADH 2 → 2ATP×1 = 2ATP 由乙酰 CoA 氧化产生的 ATP 中，只有 1/12 来自底物 水平的磷酸化，其余都是由氧化磷酸化间接产生 3. 能量 的化学计量 二、 TCA 循环

31. 碳 源碳 源丙酮酸 → 乙酰 CoA + CO 2 → 3CO 2 能 量能 量 丙酮酸氧化脱羧： 1NADH → 3ATP 共 15ATP TCA 循环： 12ATP 3. 能量 的化学计量 二、 TCA 循环

32. 碳 源碳 源葡萄糖 → 2 丙酮酸 → 6CO2 能 量能 量 葡萄糖有氧酵解： 2ATP + 2NADH → 8 ATP 共 38ATP 丙酮酸有氧氧化： 15×2 = 30 ATP 葡萄糖彻底氧化经由的途径： EMP 途径、丙酮酸氧化脱羧、 TCA 循环、呼吸链氧化磷酸化 。 对于原核生物： 3. 能量 的化学计量 二、 TCA 循环

33. 对于原核生物： 由于在 EMP 途径中生成的 NADH 在线粒体外，其磷氧 比为 2 ，所以 1 分子葡萄糖彻底氧化只能合成 36 ATP 。 对于真核生物（高等植物、真菌、动物的肌细胞） : 3. 能量 的化学计量 二、 TCA 循环

34. The complete oxidation of one glucose may yield as many as 32 ATP All the NADH and FADH 2 will eventually pass their electrons to O 2 after being transferred through a series of electron carriers. The complete oxidation of each NADH molecule leads to the generation of about 2.5 ATP, and FADH 2 of about 1.5 ATP.free energy changes in cells.

36. 线粒体 1. 定位：线粒体 A 柠檬酸合酶 : 该酶有负变构剂 ATP ，它使酶与底物的 亲和力下降，从而 K m 值增大。 B 异柠檬脱氢酶 : 该酶有正变构剂 ADP ，它使酶与底物 的亲和力增加。此外， NAD+ 、底物异柠檬酸使酶活 升高； NADH 、 ATP 使酶活下降。 C  - 酮二酸脱氢酶 : ATP 、 NADH 及产物琥珀酰 CoA 抑 制酶的活性。 2. 不可逆反应与调节： 4. 注意点 二、 TCA 循环

37. Inhibited by products and high energy charge; Activated by a low energy charge or a signal for energy requirement (Ca 2+ ). Rate of the citric acid cycle is controlled at three exergonic irreversible steps catalyzed by: Citrate synthase, isocitrate dehydrogenase and  - ketoglutarate dehydrogenase

38. 1. 为生物体提供能量，是体内主要产生 ATP 的途径 ； 2. 循环中的中间物为生物合成提供原料； 如草酰乙酸、  - 酮戊二酸可转变为氨基酸，琥珀酰 CoA 可用于合成叶绿素及血红素分子中的卟啉。 3. 糖类、蛋白质、脂类、核酸等代谢的枢纽。 5. TCA 循环的生物学意义 二、 TCA 循环

39. 三、 TCA 的回补反应 三羧酸循环的一个重要作用是它的中间物可以为 生物合成提供原料，但这些中间物必须得到补充， 以保证 TCA 循环运转。尤其是起始物草酰乙酸，缺 乏它乙酰 CoA 就不能进入循环。 生物体中存在着及时补充草酰乙酸的反应，称为 回补反应。 1. 回补反应含义：

40. 1. 丙酮酸羧化 2. 回补反应的途径： 丙酮酸羧化酶需要生物素作为其辅酶。 这是动物中最重要的回补反应，在 线粒体中 进行。 三、 TCA 的回补反应

41. 2. PEP 羧化酶（细胞质） 2. 回补反应的途径： 三、 TCA 的回补反应

42. 3. 苹果酸酶（细胞质） 2. 回补反应的途径： 三、 TCA 的回补反应

43. 4. PEP 羧激酶（液泡） 2. 回补反应的途径： 三、 TCA 的回补反应 The phosphoenolpyruvate carboxykinase reaction