1. Speaker: Shih-Chieh Lin An Integrated Tool of Bioinformatics-Vector NTI 成功大學生物資訊中心

4. Why should I use Vector NTI ? User friendly Consistent Multi-Interface Pane Interface in All Applications Easy to understand Easy to manage Powerful Illustration Tools for Publication Quality Graphics

5. What can Vector NTI help you ? Sequence annotation Compare sequence results Help you design primer Verify your original sequence result Map construction

6. Sequence Annotation

7. Forward 1 & Reverse 1 : amplify Wild type & Variant 1 (113 & 229 bp) Forward 2 & Reverse 2 : amplify Wild type & Variant 2 (504 & 162 bp )

8. Application of AlignX

10. Map Construction

12. Introduction How to use Vector NTI How to annotate and analyze your sequence ? Primer design and Oligo analyze AlignX Contig Express How to construct your map

13. Function of Vector NTI BioAnotator AlignX Contig Express Blast Search PubMed Search Citation Viewer 3-D Mol

14. Vector NTI web-resource http://www.basic.northwestern.edu/VectorN TI/Documentation/VectorNTI/http://www.basic.northwestern.edu/VectorN TI/Documentation/VectorNTI/ http://www.invitrogen.com/content.cfm?pag eid=10352http://www.invitrogen.com/content.cfm?pag eid=10352

15. 打開 : 開始 → 程式集 → InforMax → Vector NTI Suite 8.0 →Vector NTI Explorer

16. 顯示 Database 所含的資料 個人專屬的 Subbases 功能選項區 快捷功能鍵

17. 1. 按滑鼠右鍵  選擇 add Separator  可建立你個人的專屬資料區 2. 在個人專屬區  按滑鼠右鍵  選擇 New Subbase  可再建立子資料區

18. 如何輸入你有興趣的 Sequence file 至 Vector NTI Database Method One :Copy & Past 滑鼠點選 Vector NTI Explorer 左上角 ”Table”  選擇 ”New”  再點選 ”Molecule”

19. 按下 Molecule 之後會出現此畫面  輸入 Sequence 名稱  再點選 DNA/RNA Molecule

20. 選擇此序列之特性  接著點選 Sequences andMaps

21. 再點選 Edit Sequence

22. 將你的 Sequence 貼上此處  再按 OK  再按確定即成功建立此 Sequence file

23. Method Two : Retrieve from NCBI 至 NCBI Search 選擇 Nucleotide  打入欲搜尋之序列名稱  點入結果

24. 將網頁下拉至 Genomic region, transcripts, and products  點選 NM ID  點選 GENEBANK 接著按下即可

25. 接著點選 Download  選擇 GenBank  接著按下儲存即可

26. 接著到 Vector NTI Explorer 點選 Import  選擇 Molecule from Text file  選擇 GenBank  按 OK

27. 接著點選剛剛存取的 file  按下 開啟  接著選取你欲放入的 Subbase

28. 接著選取你欲放入的 Subbase  按下 OK  再確定名稱之後按下確定即可

29. 如何使用 Vector NTI 圖型區 註解區註解區 序列區序列區 工具區

30. 只要是圖形檔按此鍵 可將圖形貼至 PPT or Word 預覽列印 Text pane Picture pane Sequence pane Molecule Setup 按了之後執行的功能為 該 pane 所有 Add feature 圖形 Setup Find Sequence 按此鍵後可以移動圖 形上文字的部分

31. How to annotate your sequence ? 1. 首先找到你想要 Annotate 的區域 點選 Edit  再選擇 Find Sequence ( 記得滑鼠要先點在 Sequence 區域,Find Sequence 此功能才會出現 )

32. 將 sequence 貼上  再按下 Find Next  即可找到你要的區域 ( 記得滑鼠要先點在 Sequence 區域,Find Sequence 此功能才會出現 )

33. 再點選 Edit  選擇 New  再選 add Feature To Map  按下左鍵

34. 可選擇此區域的特徵 此區域的名稱 Rrverse 可勾選此 顯示箭頭方向為反向 2. 再來將 Annotate 的區域特性及名稱填上

35. 建立完成, 當你點選圖上 annotate 的部分, 同時會顯示序列出來以及其位置所在

36. 當你在 sequence 上做了顏色或是字型格式的改變之後  如果你要保存請選擇儲存方式 為 Save As Files 存在電腦上而不要選擇存在 Vector NTI database ( 因為只有另存在電腦硬碟上才會保存你所做的變更, 但是 add feature 則沒有此項限制 )

37. 儲存方式 點選 Save As File  此時儲存是儲存在電腦硬碟上 ( 此法適用於當你在 sequence 上做了顏色或是格式的 modify)

38. 如何 Insert Sequence 首先先找到你想要 Insert 的位置  選擇 New  再點選 Insert Sequence  按下左鍵 Ex: 欲 insert region

39. 打上欲 Insert 的 sequence  按下 OK 即可

40. Predict Restriction Site in your sequence 首先進入 Vector NTI Explorer  左上角選擇 Enzymes  此時會 list 出所有的 RE Enzymes  可以自己建立目前 lab 最常用的 vector RE subbase  滑鼠按住 左鍵往左拉至 subbase 內即可

41. 再來點選 Vector NTI 上的 Analyzes  Restriction Analyzes  Restriction sites

42. 按下 add  此時出現右邊視窗, 滑鼠案指示處  可自點選 enzymes database 或是 選擇先前建構的 Vector RE subbase 按 select all 來做分析 滑鼠按此

43. 在圖上以及序列上即可顯示出會切此序列的 Restriction Enzymes

44. How to analyze your sequence? 點選 Analyzes  BioAnnoator  Analyze Selected Molecule

45. 此時跳出一個新視窗  點選 Analyzes  再選擇 Analyzes List

46. List 內建八種分析模組可自行選擇  點選之後按框框所指之處  分析結果顯示在右上角

47. Primer Design 首先先將欲設計 Primer 的 region 圈選出來  再來點選 Analyzes  Primer Design  Find PCR Primers

48. 此時出現一新視窗  根據個人需求更改參數值  按框框所指之處會出現進階選項  按箭頭所指之處可將 Primer 在 5 端加上 Restriction site

49. 結果會顯示在左邊 Text pane 內, 可自行挑選喜歡的 Primer

50. Design Sequencing primer 首先先將欲設計 Primer 的 region 圈選出來  再來點選 Analyzes  Primer Design  Sequenceing Primers

51. 框框所指之處為更改 sequencing region 的長短  再按下 OK  結果ㄧ樣會顯示在左邊 Primer 參數更改之處

52. How to analyze your primer ? 在 PCR primer result 中按右鍵  選擇 Analyzes 分析一

53. 按下箭頭所指之處 Analyzes  結果會顯示在框框處

54. 分析二 ( 此方法適用於分析 Paired Primer or oligo) 在 PCR primer result 中按右鍵  選擇 Add To Oligo List

55. 將 Primer 名稱命名  按下 確定 ( 同樣也把 Reverse 的 Primer 也加入 )

56. 接著打開 Oligo List  按下框框所指之鍵  但有時會看不到 List  此時將箭頭所指之處往下拉 ( 綠色線條之處 )

57. 接著點選欲分析之 Primer  按下 Analyzes  此時只分析單一 Primer

58. 也可同時分析 Primer 先點選其中之一, 再按 Shift 此時可同時選擇兩個  按下 Duplexes  此時會出現 Oligo Duplexes 視窗  按下 Analyzes

59. 此時結果會顯示在框框所指之處  顯示這對 Primer 會產生多少種的 Primer Dimer 下一個

60. How to use AlignX ? 到 Vector NTI Explorer  點選想要作 align 的序列資料  然後點選 Align  AlignX-Align Selected Molecule

61. 自行選擇 align 的個數  點選 Align  Align Selected Sequences

62. 在結果區按滑鼠右鍵  選擇 Camera 可將美美的結果貼至 PPT or Word  選擇 Display Setup 可更改 Alignment 的參數值  選擇 Feature Type Color Scheme 可更改結果顏色

63. 在結果區按滑鼠右鍵  選擇 Find Sequence 可搜尋你想要找尋的區域或序列

64. 此時會跳出一視窗, 在此視窗打入欲搜尋之序列  藍色區域即為搜尋之結果

65. 選擇 Align  再點選 Show Similarity Tables

66. 即顯示出 Similarity 的結果  此結果依樣可列印出來或貼至 PPT or Word 上

67. How to use Contig Express ? 首先到 Vector NTI Explorer  點選 Assemble  再點選 ContigExpress-Open New Assemble Project

68. 將核心實驗室 E-mail 給你的 Sequence result file 先存至你的電腦  再用 ContigExpress 打開  點選 Project  再點選 add Fragments  再選 From ABI file

69. 檔案類型選擇 All Files  點選 Sequence result files  按下開啟

70. 此時會問你是否想用原來的檔案名稱輸入  點選 是

71. 按滑鼠右鍵  選擇 Edit  即可更改你的檔案名稱

72. 按滑鼠右鍵  選擇 Open  即可打開你的 sequence result file

73. Signal of sequence result Sequence result 可搜尋無法辨別之處 可直接在結果上搜尋序列

74. 按滑鼠右鍵  選擇 Copy  再到 Vector NTI Explorer  Paste

75. 點選結果按滑鼠右鍵  點選 Make reverse complement  即可得到 Reverse 的結果

76. 接著點選結果按滑鼠右鍵  點選 Copy  再到 Vector NTI Explorer

77. 接著按 Paste  再來用 Align 就可以跟原來的序列作比對,Check sequence 的結果

78. How to Construct your Map ? 首先將你的 Vector Sequence import 至 Vector NTI explorer( 也有內建的 Vector, 如果沒有你想要的 自行上網抓取 ), 再根據 Data sheet 對 Vector 作 Annotation, 並且可同時建立此 Vector 的 Restriction site 的 Subbase

79. 再來將你的 Primer 在 5 端加入欲 insert Vector 上的 Restriction site  用 Edit 內的 Insert 功能 ( 要注意必須選擇在你 Insert sequence 上沒有的 Restriction Enzyme)

80. 接著點選圖形上你所 insert 的 RE site  Ex : 先點選 Kpn I 再按住 shift 點選 Bgl II, 即可 點選整段 insert sequence

81. 接著點選圖形上框框所指之處  add Fragment to Goal List First select Second select

82. 接著直接點選完成  此時 insert 的 Fragment List 內 ( 框框所指之處 )

83. 接著回到 Vector 部分  先點選 Bgl II 再按住 Shift 在點選 Kpn I ( 要注意點選 RE site 的順序要跟 Insert sequence 的順序相反才可選到空的 Vector 部分 ) First select Second select

84. 再來點選框框所指之處

85. 接著直接點選完成  此時空 Vector 的 sequence 也會在 Fragment List 內 ( 框框所指之處 )

86. 接著下拉綠色線所指之處  點選之前所加入的兩個 Fragment  再按下 Run( 框框所指之處 )

87. 此時會跳出一視窗  在 Name 的地方打上名稱, 此名稱會顯示在 Map 圖上  再按下 Construct

88. 此時會再跳出一視窗  選擇你要放置此新的 Vector 的 subbase 位置  按下 OK

89. 即完成一個新的 Construct Map  圈選的部分為 Insert sequence  可再自行作 Annotation

90. 在圖的部分按下滑鼠右鍵  點選 Camera 可將此 Map 圖形貼至 PPT or Word 上  點選 Graphics Display Setup 可更改 annotate 上的格式  點選 Edit picture 可更改圖形格式

91. 因為此序列資料為新建立的所以必須做儲存  點選 Molecule  再選 Save as

92. 可點選 Save in DNA/RNA Molecule Databases  看下箭頭所指之處可選擇欲儲存的 subbase 儲存方式一

93. 儲存方式二 也可點選 Save As File  此時儲存是儲存在電腦硬碟上 ( 此法適用於當你在 sequence 上做了顏色或是格式的 modify)

94. Thank you for your attention